+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mc3 | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of a tetrameric DNA fold-back quadruplex | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / quadruplex / fold-back / hexad / non-canonical | 機能・相同性 | DNA | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Chu, B. / Paukstelis, P.J. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Crystal Structure of a Tetrameric DNA Fold-Back Quadruplex. 著者: Chu, B. / Zhang, D. / Hwang, W. / Paukstelis, P.J. 履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 58.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 43.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2796.835 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.69 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 15% PEG400, 120 mM magnesium chloride, 30 mM sodium cacodylate, equilibrated against 20% PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.57→28.42 Å / Num. obs: 16520 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.57→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 3.668 / Num. unique obs: 802 / Rpim(I) all: 1.531 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.605 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.57→28.42 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|