PDB-6mbx: CRYSTAL STRUCTURE OF MUSKMELON ALLERGEN CUC M 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mbx

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF MUSKMELON ALLERGEN CUC M 2

要素

Profilin

キーワード

ALLERGEN / PROFILIN / FOOD ALLERGEN

機能・相同性

機能・相同性情報

actin binding / cytoskeleton / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cucumis melo (マスクメロン)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Kapingidza, A.B. / Hyduke, N.P. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2019
タイトル: Comparative structural and thermal stability studies of Cuc m 2.0101, Art v 4.0101 and other allergenic profilins.
著者: Kapingidza, A.B. / Pye, S.E. / Hyduke, N. / Dolamore, C. / Pote, S. / Schlachter, C.R. / Commins, S.P. / Kowal, K. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2018年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mbx.cif.gz	164.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mbx.ent.gz	130.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mbx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6mbx_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mbx_full_validation.pdf.gz	446.6 KB	表示
XML形式データ	6mbx_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	6mbx_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/6mbx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/6mbx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6b6jC 5em0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zay-2 2cyj-d 1g5u-1 2qlc-4 6iqf-d 3nul-d 5hd3-d 5hdc-d 2zoh-d 1oti-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Profilin

B: Profilin

C: Profilin

49.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Profilin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Profilin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Profilin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.608, 59.237, 82.911
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 131 / Label seq-ID: 26 - 155

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	B	B
2	3	C	C

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Profilin / Pollen allergen Cuc m 2 分子量: 16562.635 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cucumis melo (マスクメロン) / プラスミド: pJExpress411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3)pLySs / 参照: UniProt: Q5FX67
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.49 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.8M sodium acetate trihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 19535 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.037 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.042 / R_sym value: 0.037 / Net I/σ(I): 31.8
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 962 / CC_1/2: 0.876 / R_pim(I) all: 0.368 / R_rim(I) all: 0.607 / R_sym value: 0.309 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
BUCCANEER		モデル構築
HKL-2000		data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5em0

5em0

解像度: 2.4→32.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 32.381 / SU ML: 0.323 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.368 / ESU R Free: 0.254 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2611	990	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23093	-	-	-
obs	0.23256	18524	99.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 94.246 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.99 Å²	0 Å²	1.72 Å²
2-	-	1.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→32.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2889	0	0	24	2913

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.014	2949
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2706
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.294	1.652	4003
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.836	1.638	6334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.132	5	387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.775	25.882	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.667	15	477
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	29.421	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	384
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3331
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	505
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.878	2.148	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.877	2.147	1556
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.493	3.221	1941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.493	3.221	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.854	2.13	1392
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.853	2.13	1392
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.389	3.178	2062
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.219	25.117	3198
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.21	25.082	3197
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3963	0.05
1	2	B	3963	0.05
2	1	A	3964	0.05
2	2	C	3964	0.05
3	1	B	3947	0.04
3	2	C	3947	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.39	76	-
R_work	0.361	1367	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9658	-5.7142	-6.0159	15.8744	0.7035	9.6535	-0.3579	-1.0234	0.9886	-0.403	0.0012	-2.4753	-0.5373	1.7404	0.3567	1.676	-0.0846	-0.2811	0.3258	0.1811	1.3547	33.612	4.295	5.077
2	5.0633	-2.2396	-0.6514	16.1365	0.7878	8.8188	0.358	0.5461	0.4116	-3.0911	-0.8056	1.3745	-0.1645	0.0138	0.4476	1.8301	0.1893	-0.3126	0.1344	0.0682	0.8185	23.016	1.431	-6.068
3	7.1104	-5.7547	-0.2298	15.491	1.6911	8.5377	-0.4463	-0.6012	-0.1053	-1.0666	0.09	0.8267	0.4252	0.4867	0.3563	1.0447	0.1374	0.1071	0.1034	0.0474	0.5377	26.636	-3.963	3.054
4	8.6644	-6.5844	3.2043	13.8654	3.4726	8.2308	-0.969	-0.6609	1.2699	-0.4779	0.6336	-1.7303	-0.9392	1.5537	0.3353	0.6559	0.3474	-0.2037	1.0751	0.0697	1.0129	38.62	-4.785	22.986
5	8.3262	-3.5332	-1.171	9.0339	1.5833	9.3827	-1.4391	-2.2196	-1.2989	1.405	1.1427	0.4985	0.2832	0.2124	0.2964	0.8302	0.7191	-0.0461	0.9926	0.2954	0.7212	30.174	-11.96	33.777
6	8.6055	-5.5864	-0.7772	13.4634	1.2792	8.0961	-0.6654	-1.1002	-0.4843	-0.1364	0.3794	0.3069	-0.4866	-0.155	0.286	0.4828	0.3896	-0.1964	0.4579	-0.0896	0.4327	27.941	-6.005	24.771
7	18.2892	-0.6992	3.5505	2.1521	3.6252	8.1258	0.3763	0.0605	-2.0657	0.4091	-0.5549	0.2577	1.5334	-0.1986	0.1786	0.7651	0.6105	0.1162	0.9219	0.0343	0.9293	4.86	-3.095	32.683
8	11.048	-3.2743	0.0712	5.6709	0.9921	9.5139	0.9948	3.066	0.9015	-0.7851	-1.4274	-0.8628	0.0289	0.0225	0.4326	0.4522	0.5527	0.0719	1.3671	0.2566	0.823	7.924	7.571	21.793
9	15.8573	-0.5277	-0.611	5.1383	-0.7026	7.0056	0.6114	0.5513	0.6691	-0.1917	-0.9565	-0.2375	0.1693	-0.5539	0.3451	0.3132	0.2803	-0.1089	0.6056	-0.1777	0.4017	1.219	6.943	30.365

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	31 - 70
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	71 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 32
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	33 - 69
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	70 - 131
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	2 - 30
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	31 - 68
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	69 - 131

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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