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- PDB-6mbi: Crystal Structure of SNX15 PX domain in domain swapped conformati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mbi
タイトルCrystal Structure of SNX15 PX domain in domain swapped conformation form 2
要素Sorting nexin-15
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / PX domain / endosome / trafficking / sorting nexin
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / cytoplasmic vesicle membrane / early endosome / intracellular membrane-bounded organelle / nucleolus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MIT (microtubule interacting and transport) domain / MIT domain superfamily / MIT domain / Microtubule Interacting and Trafficking molecule domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.834 Å
データ登録者Chandra, M. / Collins, B.M.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP160101743 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1099114 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1136021 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Classification of the human phox homology (PX) domains based on their phosphoinositide binding specificities.
著者: Chandra, M. / Chin, Y.K. / Mas, C. / Feathers, J.R. / Paul, B. / Datta, S. / Chen, K.E. / Jia, X. / Yang, Z. / Norwood, S.J. / Mohanty, B. / Bugarcic, A. / Teasdale, R.D. / Henne, W.M. / Mobli, M. / Collins, B.M.
履歴
登録2018年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1341
ポリマ－15,1341
非ポリマー00
水362
1
A: Sorting nexin-15

A: Sorting nexin-15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2682
ポリマ－30,2682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_777-y+2,-x+2,-z+5/21
Buried area1900 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area14050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.312, 60.312, 85.161
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-15


分子量: 15134.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NRS6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 4 M NaCl, 0.1 Tris (pH 8.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→49.22 Å / Num. obs: 4100 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.83→2.98 Å / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.728 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 565 / CC1/2: 0.96 / Rpim(I) all: 0.21 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ECM

6ecm


解像度: 2.834→49.219 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3191 402 10 %
Rwork0.2778 --
obs0.282 4020 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.834→49.219 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数854 0 0 2 856
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002876
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5171180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.683325
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022124
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002151
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.834-3.2440.39321300.32321162X-RAY DIFFRACTION99
3.244-4.08680.41181290.31411175X-RAY DIFFRACTION98
4.0868-49.22630.26551430.25211281X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.78011.6953-2.45987.4325-2.60159.7578-0.0628-0.08180.2139-0.3712-0.2517-0.0482-0.11430.77840.30120.5970.00640.05680.4391-0.06810.352587.972959.794783.6472
24.5292-0.8944-3.13866.0454-1.89253.4518-0.1575-1.15310.2613-0.03820.4350.48951.4736-0.74910.09320.79180.06910.0260.6241-0.04550.427991.621354.55687.7819
33.10011.2507-2.16326.0871-2.55986.16061.06410.5746-0.14180.51920.3590.21391.318-3.1267-0.59150.875-0.01970.01441.32190.27450.64973.298758.207387.3995
48.00725.3277-6.5233.3561-4.20555.7234-0.30051.76810.15350.01670.43490.5543-0.3474-0.2303-1.49930.80120.38970.21340.63840.46150.746965.112254.5429104.3907
57.67923.4092-4.82265.6845-6.71758.69270.5432-0.0770.06890.8517-0.45240.0859-1.8816-0.7894-0.0680.73490.2490.12650.64320.1810.384581.109757.655591.7558
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 27 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 51 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 52 through 65 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 66 through 91 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 92 through 123 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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