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- PDB-6mb9: Ternary (neomycin/CoA) structure of AAC-IIIb -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mb9
タイトルTernary (neomycin/CoA) structure of AAC-IIIb
要素Aac(3)-IIIb protein
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / acetyltransferase / promiscuity / GNAT / antibiotic resistance / ANTIBIOTIC / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic / COENZYME A / NEOMYCIN / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cuneo, M.J. / Kumar, P.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Encoding of Promiscuity in an Aminoglycoside Acetyltransferase.
著者: Kumar, P. / Selvaraj, B. / Serpersu, E.H. / Cuneo, M.J.
履歴
登録2018年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aac(3)-IIIb protein
B: Aac(3)-IIIb protein
C: Aac(3)-IIIb protein
D: Aac(3)-IIIb protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,01813
ポリマ－116,0754
非ポリマー5,9439
水4,486249
1
A: Aac(3)-IIIb protein
C: Aac(3)-IIIb protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2167
ポリマ－58,0382
非ポリマー3,1795
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6740 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area21680 Å2
手法PISA
2
B: Aac(3)-IIIb protein
D: Aac(3)-IIIb protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8026
ポリマ－58,0382
非ポリマー2,7644
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6300 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area21400 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16350 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area39770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.043, 69.168, 69.837
Angle α, β, γ (deg.)88.800, 64.360, 80.530
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 1 through 271)
21(chain B and resid 1 through 271)
31(chain C and resid 1 through 271)
41(chain D and resid 1 through 271)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and resid 1 through 271)A1 - 271
211(chain B and resid 1 through 271)B1 - 271
311(chain C and resid 1 through 271)C1 - 271
411(chain D and resid 1 through 271)D1 - 271

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要素

#1: タンパク質
Aac(3)-IIIb protein


分子量: 29018.799 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: aac(3)-IIIb / 発現宿主: Escherichia coli DH1 (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH1 / 参照: UniProt: Q51405
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-NMY / NEOMYCIN / MYCIFRADIN / NEOMAS / PIMAVECORT / VONAMYCIN / ネオマイシンB


分子量: 614.644 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H46N6O13 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細see NCBI Reference Sequence: WP_088170001.1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 14-22% PEG 3350 and 0.1-0.4M sodium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 37666 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 29.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.573 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 72266
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.591.80.32337100.7980.2980.440.46196.5
2.59-2.691.90.27137050.8240.2490.3690.48395.9
2.69-2.821.90.22737440.8870.210.310.49997.1
2.82-2.9620.19237230.9210.1770.2610.50996.7
2.96-3.1520.13237980.9590.1220.1810.53797.6
3.15-3.391.90.09637290.9770.0880.130.64397.7
3.39-3.731.90.06838150.9870.0620.0930.65798.7
3.73-4.2720.05438210.9910.0490.0730.67998.7
4.27-5.381.90.04237950.9940.0390.0580.63698.8
5.38-5020.03838260.9960.0330.050.6199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BC3

6bc3


解像度: 2.5→48.8 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 23.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2265 1874 5 %
Rwork0.1987 --
obs0.2001 37663 96.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.21 Å2 / Biso mean: 30.9665 Å2 / Biso min: 14.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→48.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8135 0 364 249 8748
Biso mean--33.55 29.12 -
残基数----1065
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4932X-RAY DIFFRACTION11.215TORSIONAL
12B4932X-RAY DIFFRACTION11.215TORSIONAL
13C4932X-RAY DIFFRACTION11.215TORSIONAL
14D4932X-RAY DIFFRACTION11.215TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4798-2.54680.29711290.24942447257686
2.5468-2.62180.28591370.23992697283496
2.6218-2.70640.31131420.2522751289397
2.7064-2.80310.26371480.24432772292097
2.8031-2.91530.26251540.24292758291297
2.9153-3.0480.27351300.24582769289998
3.048-3.20860.27181540.23192772292698
3.2086-3.40960.27091430.21342767291098
3.4096-3.67280.21311520.18892822297499
3.6728-4.04230.19381500.16962781293199
4.0423-4.62680.18211410.152830297198
4.6268-5.82770.17381540.16982818297299
5.8277-48.80910.19031500.1762795294599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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