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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mal | ||||||||||||
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タイトル | Structure of human Nocturnin C-terminal domain | ||||||||||||
要素 | Nocturnin | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / Nocturnin / CCRN4L / Noct / CCR4 | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nocturnin / NADP phosphatase activity / NADPH phosphatase activity / poly(A)-specific ribonuclease activity / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / NADP metabolic process / P-body assembly / mRNA stabilization / regulation of embryonic development / negative regulation of osteoblast differentiation ...nocturnin / NADP phosphatase activity / NADPH phosphatase activity / poly(A)-specific ribonuclease activity / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / NADP metabolic process / P-body assembly / mRNA stabilization / regulation of embryonic development / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of fat cell differentiation / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / P-body / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / 3'-5'-RNA exonuclease activity / response to lipopolysaccharide / transcription by RNA polymerase II / negative regulation of gene expression / mRNA binding / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Estrella, M.A. / Du, J. / Korennykh, A. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018 タイトル: Crystal Structure of Human Nocturnin Catalytic Domain. 著者: Estrella, M.A. / Du, J. / Korennykh, A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mal.cif.gz | 135.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6mal.ent.gz | 103.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mal.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6mal_validation.pdf.gz | 426.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6mal_full_validation.pdf.gz | 429.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6mal_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6mal_validation.cif.gz | 16.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/6mal ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/6mal | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3ngoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35490.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOCT, CCR4, CCRN4L, NOC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UK39, poly(A)-specific ribonuclease |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Magnesium Chloride, HEPES pH 7.5, PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 9820 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.954 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 10.53 |
反射 シェル | 解像度: 2.69→2.74 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 454 / CC1/2: 0.814 / Rpim(I) all: 0.329 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3NGO 解像度: 2.6→28.941 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.94
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→28.941 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -23.6113 Å / Origin y: -1.0775 Å / Origin z: -9.6053 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |