PDB-6mag: native BbvCI B2 dimer in space group C222

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mag

タイトル

native BbvCI B2 dimer in space group C222

要素

BbvCI endonuclease subunit 2

キーワード

HYDROLASE / endonuclease / DNA binding protein / Type IIT restriction enzyme

機能・相同性

Restriction endonuclease, type II, Bpu10I / Bpu10I restriction endonuclease / endonuclease activity / ACETATE ION / PHOSPHATE ION / BbvCI endonuclease subunit 2

機能・相同性情報

生物種

Brevibacillus brevis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Shen, B.W. / Stoddard, B.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structure, subunit organization and behavior of the asymmetric Type IIT restriction endonuclease BbvCI.
著者: Shen, B.W. / Doyle, L. / Bradley, P. / Heiter, D.F. / Lunnen, K.D. / Wilson, G.G. / Stoddard, B.L.

履歴

登録	2018年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2019年1月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mag.cif.gz	370.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mag.ent.gz	306.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mag.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/6mag ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/6mag	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eg7SC 6m9gC 6mafC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6m9g-1 2y4j-d 6lko-1 6yi4-d 5mch-d 5mce-d 5mcj-d 1kbl-d 6aod-d 6l4v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BbvCI endonuclease subunit 2

B: BbvCI endonuclease subunit 2

C: BbvCI endonuclease subunit 2

ヘテロ分子

100 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BbvCI endonuclease subunit 2

ヘテロ分子

A: BbvCI endonuclease subunit 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: BbvCI endonuclease subunit 2

ヘテロ分子

B: BbvCI endonuclease subunit 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: BbvCI endonuclease subunit 2

ヘテロ分子

C: BbvCI endonuclease subunit 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.712, 165.707, 141.175
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-431- HOH
2	1	A-508- HOH
3	1	A-526- HOH
4	1	A-529- HOH
5	1	B-419- HOH
6	1	B-495- HOH
7	1	B-504- HOH
8	1	C-442- HOH
9	1	C-483- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	3 - 285
2	1	B	3 - 285
1	2	A	3 - 285
2	2	C	3 - 285
1	3	B	3 - 285
2	3	C	3 - 285

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	BbvCI endonuclease subunit 2 分子量: 32659.137 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevibacillus brevis (バクテリア) 遺伝子: bbvCIR-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5D6Y4
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.4 M (NH4)H2PO4 / PH範囲: 4.0-5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月9日
放射	モノクロメーター: crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→28.65 Å / Num. obs: 62192 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 44.29 Å² / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.112 / R_sym value: 0.107 / Χ²: 0.913 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.07→2.14 Å / 冗長度: 3.7 % / Num. unique obs: 6515 / CC_1/2: 0.548 / R_pim(I) all: 0.523 / R_rim(I) all: 1.071 / R_sym value: 0.925 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
HKL-2000	v7.2	データ削減
HKL-2000	v7.2	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6EG7

6eg7

解像度: 2.07→28.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 11.739 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24321	3219	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19566	-	-	-
obs	0.19801	62192	95.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.297 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.07→28.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6822	0	151	378	7351

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	7413
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.688	1.655	10045
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.894	5	904
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.319	23.043	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.059	15	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.41	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.13	0.2	944
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5672
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.904	2.279	3545
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.335	3.389	4469
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.183	2.647	3868
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.719	31.766	10983
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9470	0.07
1	2	B	9470	0.07
2	1	A	9501	0.07
2	2	C	9501	0.07
3	1	B	9362	0.08
3	2	C	9362	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.074→2.128 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	260	-
R_work	0.32	4389	-
obs	-	-	93.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4732	2.1896	-0.8222	1.9539	-0.7092	0.3407	0.1215	-0.1769	-0.0933	0.1531	-0.1698	-0.0786	-0.0875	0.036	0.0483	0.3912	-0.024	-0.0257	0.0244	0.0008	0.0088	-63.752	-16.1794	60.3647
2	0.2434	-0.8636	-0.2212	3.4659	0.7748	0.2703	-0.0928	-0.049	-0.0302	0.2212	0.0491	0.1394	0.073	0.0789	0.0437	0.2395	0.1015	0.0104	0.1701	0.0229	0.0139	-30.0852	-19.7066	13.2971
3	3.5614	0.9465	0.7853	0.2554	0.2055	0.1798	-0.0832	0.3005	0.1332	-0.0287	0.0514	0.0349	0.0162	0.0961	0.0318	0.2279	0.088	0.0163	0.2398	0.0187	0.0066	-45.9048	-47.074	33.715

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 284
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 284
4	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 284

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関連情報:EMDBヘッダ

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