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- PDB-6mag: native BbvCI B2 dimer in space group C222 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mag
タイトルnative BbvCI B2 dimer in space group C222
要素BbvCI endonuclease subunit 2
キーワードHYDROLASE / endonuclease / DNA binding protein / Type IIT restriction enzyme
機能・相同性Restriction endonuclease, type II, Bpu10I / Bpu10I restriction endonuclease / endonuclease activity / ACETATE ION / PHOSPHATE ION / BbvCI endonuclease subunit 2
機能・相同性情報
生物種Brevibacillus brevis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Shen, B.W. / Stoddard, B.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01 GM105691 to BLS 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structure, subunit organization and behavior of the asymmetric Type IIT restriction endonuclease BbvCI.
著者: Shen, B.W. / Doyle, L. / Bradley, P. / Heiter, D.F. / Lunnen, K.D. / Wilson, G.G. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2018年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BbvCI endonuclease subunit 2
B: BbvCI endonuclease subunit 2
C: BbvCI endonuclease subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,34729
ポリマ－97,9773
非ポリマー2,37026
水6,810378
1
A: BbvCI endonuclease subunit 2
ヘテロ分子

A: BbvCI endonuclease subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,73118
ポリマ－65,3182
非ポリマー1,41316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area6670 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area27760 Å2
手法PISA
2
B: BbvCI endonuclease subunit 2
ヘテロ分子

B: BbvCI endonuclease subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,16622
ポリマ－65,3182
非ポリマー1,84820
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_445-x-1/2,-y-1/2,z1
Buried area7440 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area27900 Å2
手法PISA
3
C: BbvCI endonuclease subunit 2
ヘテロ分子

C: BbvCI endonuclease subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,79818
ポリマ－65,3182
非ポリマー1,47916
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_445-x-1/2,-y-1/2,z1
Buried area6960 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area27600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.712, 165.707, 141.175
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-431-

HOH

21A-508-

HOH

31A-526-

HOH

41A-529-

HOH

51B-419-

HOH

61B-495-

HOH

71B-504-

HOH

81C-442-

HOH

91C-483-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A3 - 285
2010B3 - 285
1020A3 - 285
2020C3 - 285
1030B3 - 285
2030C3 - 285

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 BbvCI endonuclease subunit 2


分子量: 32659.137 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevibacillus brevis (バクテリア)
遺伝子: bbvCIR-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5D6Y4
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.4 M (NH4)H2PO4 / PH範囲: 4.0-5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月9日
放射モノクロメーター: crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→28.65 Å / Num. obs: 62192 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 44.29 Å2 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.112 / Rsym value: 0.107 / Χ2: 0.913 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.07→2.14 Å / 冗長度: 3.7 % / Num. unique obs: 6515 / CC1/2: 0.548 / Rpim(I) all: 0.523 / Rrim(I) all: 1.071 / Rsym value: 0.925 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
HKL-2000v7.2データ削減
HKL-2000v7.2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EG7

6eg7


解像度: 2.07→28.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 11.739 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24321 3219 4.9 %RANDOM
Rwork0.19566 ---
obs0.19801 62192 95.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.297 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.22 Å20 Å20 Å2
2--0.91 Å20 Å2
3---1.31 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.07→28.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6822 0 151 378 7351
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0127413
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6881.65510045
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8945904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.31923.043414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.059151283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.411545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2944
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9042.2793545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3353.3894469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1832.6473868
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.71931.76610983
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A94700.07
12B94700.07
21A95010.07
22C95010.07
31B93620.08
32C93620.08
LS精密化 シェル解像度: 2.074→2.128 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 260 -
Rwork0.32 4389 -
obs--93.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.47322.1896-0.82221.9539-0.70920.34070.1215-0.1769-0.09330.1531-0.1698-0.0786-0.08750.0360.04830.3912-0.024-0.02570.02440.00080.0088-63.752-16.179460.3647
20.2434-0.8636-0.22123.46590.77480.2703-0.0928-0.049-0.03020.22120.04910.13940.0730.07890.04370.23950.10150.01040.17010.02290.0139-30.0852-19.706613.2971
33.56140.94650.78530.25540.20550.1798-0.08320.30050.1332-0.02870.05140.03490.01620.09610.03180.22790.0880.01630.23980.01870.0066-45.9048-47.07433.715
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 284
2X-RAY DIFFRACTION1A301
3X-RAY DIFFRACTION2B3 - 284
4X-RAY DIFFRACTION3C3 - 284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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