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- PDB-2y4j: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE IN COMPLEX WITH LACTATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y4j
タイトルMANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE IN COMPLEX WITH LACTATE
要素MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / GT FAMILY 78 MANNOSYL-3-PHOSPHOGLYCERATE SYNTHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosylglycerate synthase / mannosylglycerate synthase activity / mannosylglycerate biosynthetic process / hexosyltransferase activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Mannosylglycerate synthase C-terminal domain / Mannosylglycerate synthase, GT domain / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LACTIC ACID / Mannosylglycerate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOTHERMUS MARINUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nielsen, M.M. / Suits, M.D.L. / Yang, M. / Barry, C.S. / Martinez-Fleites, C. / Tailford, L.E. / Flint, J.E. / Davis, B.G. / Davies, G.J. / Gilbert, H.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Substrate and Metal Ion Promiscuity in Mannosylglycerate Synthase.
著者: Nielsen, M.M. / Suits, M.D.L. / Yang, M. / Barry, C.S. / Martinez-Fleites, C. / Tailford, L.E. / Flint, J.E. / Dumon, C. / Davis, B.G. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.
履歴
登録2011年1月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2011年2月2日ID: 2XW2
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references / Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年12月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE
B: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9008
ポリマ－89,4302
非ポリマー4706
水5,314295
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area28610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.975, 148.975, 154.973
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12B
22A
13B
23A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERPROPROBB2 - 1082 - 108
21SERSERPROPROAA2 - 1082 - 108
12ASPASPILEILEBB109 - 263109 - 263
22ASPASPILEILEAA109 - 263109 - 263
13ALAALAGLUGLUBB264 - 381264 - 381
23ALAALAGLUGLUAA264 - 381264 - 381

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE / MANNOSYL-3-PHOSPHOGLYCERATE SYNTHASE


分子量: 44714.789 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-382 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TRUNCATION
由来: (組換発現) RHODOTHERMUS MARINUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): TUNER
参照: UniProt: Q9RFR0, mannosyl-3-phosphoglycerate synthase
#2: 化合物 ChemComp-LAC / LACTIC ACID / D-乳酸


分子量: 90.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O3
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細LACTATE (LAC): LACTATE IS A MANNOSE ACCEPTOR
配列の詳細C-TERMINAL TRUNCATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: 0.3 M SODIUM D-LACTATE, 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, PH 4.6, 40% (V/V) 2-METHYL-1, 3-PROPANEDIOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9756
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9756 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→67 Å / Num. obs: 83970 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0110精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BO7

2bo7


解像度: 2.3→129.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 4.317 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22163 4435 5 %RANDOM
Rwork0.19816 ---
obs0.19934 83970 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.807 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20.12 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→129.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6125 0 30 295 6450
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0216337
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4961.9398632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6845754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.43522.375320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.68315987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3531561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2926
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214935
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8571.53772
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.68726081
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.64532565
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4274.52549
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
12A428medium positional0.190.5
11B428medium positional0.190.5
22A599medium positional0.130.5
21B599medium positional0.130.5
32A471medium positional0.090.5
31B471medium positional0.090.5
12A406loose positional0.345
11B406loose positional0.345
22A613loose positional0.265
21B613loose positional0.265
32A501loose positional0.295
31B501loose positional0.295
12A428medium thermal1.232
11B428medium thermal1.232
22A599medium thermal1.052
21B599medium thermal1.052
32A471medium thermal0.692
31B471medium thermal0.692
12A406loose thermal1.2510
11B406loose thermal1.2510
22A613loose thermal1.1510
21B613loose thermal1.1510
32A501loose thermal0.9910
31B501loose thermal0.9910
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 324 -
Rwork0.287 6157 -
obs--99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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