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- PDB-6m8r: Crystal structure of the KCTD16 BTB domain in complex with GABAB2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m8r
タイトルCrystal structure of the KCTD16 BTB domain in complex with GABAB2 peptide
要素
  • BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
  • Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
キーワードPROTEIN BINDING / pentamer / BTB domain
機能・相同性
機能・相同性情報


GABA B receptor activation / G protein-coupled GABA receptor complex / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / GABA receptor complex / negative regulation of adenylate cyclase activity / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway ...GABA B receptor activation / G protein-coupled GABA receptor complex / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / GABA receptor complex / negative regulation of adenylate cyclase activity / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / synaptic transmission, GABAergic / behavioral fear response / cell projection / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / protein homooligomerization / memory / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / transmembrane signaling receptor activity / presynaptic membrane / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / receptor complex / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / KCTD8/12/16 H1 domain / GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, GABA-B receptor / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site ...: / KCTD8/12/16 H1 domain / GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, GABA-B receptor / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zheng, S. / Kruse, A.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other privateKlingenstein-Simons Fellowship 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structural basis for KCTD-mediated rapid desensitization of GABABsignalling.
著者: Zheng, S. / Abreu, N. / Levitz, J. / Kruse, A.C.
履歴
登録2018年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
H: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
I: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
J: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
B: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
C: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
D: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
E: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
A: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
F: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
K: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
L: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,29014
ポリマ－131,24112
非ポリマー492
水00
1
G: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
H: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
I: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
J: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
F: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
K: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6457
ポリマ－65,6216
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10590 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area23990 Å2
手法PISA
2
B: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
C: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
D: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
E: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
A: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
L: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6457
ポリマ－65,6216
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10280 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area24220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.964, 64.945, 114.137
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
BTB/POZ domain-containing protein KCTD16 / Potassium channel tetramerization domain-containing protein 16


分子量: 12220.125 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 23-124 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCTD16, KIAA1317
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q68DU8
#2: タンパク質・ペプチド Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / Gb2 / G-protein coupled receptor 51 / HG20


分子量: 4520.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABBR2, GPR51, GPRC3B
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O75899
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM magnesium chloride, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5, 12% w/v PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月7日
放射モノクロメーター: double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 22162 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.926 / Rmerge(I) obs: 0.332 / Rpim(I) all: 0.208 / Rrim(I) all: 0.394 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.997 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 1073 / CC1/2: 0.561 / Rpim(I) all: 0.703 / Rrim(I) all: 1.226 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3211: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5A15

5a15


解像度: 3.2→38.639 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2654 1686 7.66 %
Rwork0.2171 --
obs0.2208 22002 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→38.639 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8576 0 2 0 8578
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038829
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63711939
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2655251
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451282
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061525
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.29410.34411320.30151604X-RAY DIFFRACTION95
3.2941-3.40040.33721380.26831664X-RAY DIFFRACTION98
3.4004-3.52190.2821390.25521671X-RAY DIFFRACTION98
3.5219-3.66280.33231380.24721672X-RAY DIFFRACTION99
3.6628-3.82930.26781430.23351713X-RAY DIFFRACTION99
3.8293-4.0310.26731380.20721671X-RAY DIFFRACTION100
4.031-4.28330.28271400.20311683X-RAY DIFFRACTION99
4.2833-4.61350.24941410.19641696X-RAY DIFFRACTION99
4.6135-5.07680.22071420.18731701X-RAY DIFFRACTION100
5.0768-5.80930.25081430.19651724X-RAY DIFFRACTION100
5.8093-7.3110.25861430.22981734X-RAY DIFFRACTION100
7.311-38.64180.22771490.19551783X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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