PDB-6m7g: Crystal structure of ArsN, N-acetyltransferase with substrate pho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m7g

タイトル

Crystal structure of ArsN, N-acetyltransferase with substrate phosphinothricin from Pseudomonas putida KT2440

要素

Phosphinothricin N-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / N-acetyltransferase / Pseudomonas putida

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.657 Å

データ登録者

Venkadesh, S. / Dheeman, D.S. / Yoshinaga, M. / Kandavelu, P. / Rosen, B.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Arsinothricin, an arsenic-containing non-proteinogenic amino acid analog of glutamate, is a broad-spectrum antibiotic.
著者: Nadar, V.S. / Chen, J. / Dheeman, D.S. / Galvan, A.E. / Yoshinaga-Sakurai, K. / Kandavelu, P. / Sankaran, B. / Kuramata, M. / Ishikawa, S. / Rosen, B.P. / Yoshinaga, M.

履歴

登録	2018年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m7g.cif.gz	409.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m7g.ent.gz	327.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6m7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6m7g_validation.pdf.gz	574.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6m7g_full_validation.pdf.gz	613.6 KB	表示
XML形式データ	6m7g_validation.xml.gz	75.9 KB	表示
CIF形式データ	6m7g_validation.cif.gz	99.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/6m7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/6m7g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jtfSC 5wphC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4j4z-2 6vt1-4 1xjv-d 6vtf-1 2vi7-2 3kjo-d 6pq1-d 1j39-d 3qj4-1 5l9s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Phosphinothricin N-acetyltransferase

B: Phosphinothricin N-acetyltransferase

C: Phosphinothricin N-acetyltransferase

D: Phosphinothricin N-acetyltransferase

E: Phosphinothricin N-acetyltransferase

F: Phosphinothricin N-acetyltransferase

G: Phosphinothricin N-acetyltransferase

H: Phosphinothricin N-acetyltransferase

I: Phosphinothricin N-acetyltransferase

J: Phosphinothricin N-acetyltransferase

K: Phosphinothricin N-acetyltransferase

L: Phosphinothricin N-acetyltransferase

ヘテロ分子

282 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Phosphinothricin N-acetyltransferase

ヘテロ分子

D: Phosphinothricin N-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, dimer
47.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Phosphinothricin N-acetyltransferase

C: Phosphinothricin N-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Phosphinothricin N-acetyltransferase

I: Phosphinothricin N-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
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4

F: Phosphinothricin N-acetyltransferase

J: Phosphinothricin N-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
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5

G: Phosphinothricin N-acetyltransferase

L: Phosphinothricin N-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
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6

H: Phosphinothricin N-acetyltransferase

ヘテロ分子

K: Phosphinothricin N-acetyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.841, 142.693, 178.308
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.99, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phosphinothricin N-acetyltransferase 分子量: 23381.311 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440 / 遺伝子: PP_1924 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q88LK7
#2: 化合物	ChemComp-PPQ / PHOSPHINOTHRICIN / 2-AMINO-4-(HYDROXYMETHYL-PHOSPHINYL)BUTANOIC ACID / ホスフィノトリシン分子量: 181.127 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂NO₄P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1 M Sodium acetate, 1.5 M Sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.657→39.908 Å / Num. obs: 75010 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.2 % / R_rim(I) all: 0.178 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.657→2.7 Å / 冗長度: 3.9 % / Num. unique obs: 3762 / R_rim(I) all: 1.32 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5JTF

5jtf

解像度: 2.657→39.908 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.26

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2726	3550	5.02 %
R_work	0.2243	-	-
obs	0.2267	70774	91.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.657→39.908 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15829	0	88	221	16138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	16317
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.88	22308
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.569	5540
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	2485
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2886

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6572-2.6935	0.3312	75	0.2926	1643	X-RAY DIFFRACTION	54
2.6935-2.732	0.3674	111	0.2967	2042	X-RAY DIFFRACTION	72
2.732-2.7728	0.3772	130	0.2775	2372	X-RAY DIFFRACTION	80
2.7728-2.8161	0.3453	125	0.2781	2493	X-RAY DIFFRACTION	85
2.8161-2.8623	0.367	139	0.2677	2590	X-RAY DIFFRACTION	88
2.8623-2.9116	0.3056	154	0.2615	2630	X-RAY DIFFRACTION	91
2.9116-2.9645	0.3067	151	0.2536	2735	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9645-3.0215	0.2709	156	0.2516	2767	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0215-3.0832	0.3415	138	0.2751	2832	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0832-3.1502	0.2959	144	0.2442	2866	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1502-3.2235	0.309	146	0.2265	2851	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2235-3.304	0.2747	153	0.2266	2926	X-RAY DIFFRACTION	98
3.304-3.3933	0.2912	149	0.2261	2862	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3933-3.4931	0.3162	127	0.2432	2701	X-RAY DIFFRACTION	93
3.4931-3.6058	0.2698	135	0.2261	2814	X-RAY DIFFRACTION	94
3.6058-3.7346	0.3076	133	0.2272	2517	X-RAY DIFFRACTION	86
3.7346-3.884	0.278	179	0.2221	2723	X-RAY DIFFRACTION	93
3.884-4.0606	0.2465	148	0.1896	2738	X-RAY DIFFRACTION	94
4.0606-4.2744	0.2318	150	0.1834	2885	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2744-4.5419	0.2027	145	0.1682	2958	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5419-4.892	0.2173	141	0.1721	2939	X-RAY DIFFRACTION	98
4.892-5.3832	0.2427	164	0.2095	2886	X-RAY DIFFRACTION	98
5.3832-6.1598	0.2733	148	0.2266	2893	X-RAY DIFFRACTION	98
6.1598-7.7513	0.2659	165	0.2606	2711	X-RAY DIFFRACTION	92
7.7513-39.9125	0.2698	144	0.2484	2850	X-RAY DIFFRACTION	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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