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- PDB-4j4z: Crystal structure of the improved variant of the evolved serine h... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4j4z | ||||||
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Title | Crystal structure of the improved variant of the evolved serine hydrolase, OSH55.4_H1.2, bond with sulfate ion in the active site, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR301 | ||||||
![]() | Designed serine hydrolase variant OSH55.4_H1.2 | ||||||
![]() | Structural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR301 / OSH55.4_H1.2 / serine hydrolase | ||||||
Function / homology | Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER![]() | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kuzin, A.P. / Lew, S. / Rajagopalan, S. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Lee, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. ...Kuzin, A.P. / Lew, S. / Rajagopalan, S. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Lee, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of the improved variant of the evolved serine hydrolase, OSH55.4_H1.2, bond with sulfate ion in the active site, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR301 Authors: Kuzin, A.P. / Lew, S. / Rajagopalan, S. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Lee, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 111.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 94.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 456.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 457.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 10.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 18018.221 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EPE / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion / pH: 7 Details: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: ammonium sulfate 1M, HEPES 0.1M, PEG8000 0.5%, micro batch under oil, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 5, 2012 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.26→47.93 Å / Num. obs: 90701 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 9.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 67.54 Å2 / Biso mean: 14.55 Å2 / Biso min: 4.15 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.26→33.386 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 14.6173 Å / Origin y: 44.4878 Å / Origin z: 34.293 Å
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Refinement TLS group |
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