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万見
- PDB-6m6w: Crystal structure the toxin-antitoxin MntA-HpeT mutant-Y104A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m6w
タイトルCrystal structure the toxin-antitoxin MntA-HpeT mutant-Y104A
要素
  • Toxin-antitoxin system antidote Mnt family
  • Toxin-antitoxin system toxin HepN family
キーワードANTITOXIN / crystal structure of a unique toxin-antitoxin system
機能・相同性
機能・相同性情報


protein adenylyltransferase / toxin-antitoxin complex / RNA nuclease activity / nucleotidyltransferase activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleotide binding / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Polymerase beta, nucleotidyltransferase / Polymerase beta, Nucleotidyltransferase / Ribonuclease HepT-like / tRNA nuclease HepT-like superfamily / : / Ribonuclease HepT-like / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA nuclease HepT / Protein adenylyltransferase MntA
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.611 Å
データ登録者Ouyang, S.Y. / Zhen, X.K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Novel polyadenylylation-dependent neutralization mechanism of the HEPN/MNT toxin/antitoxin system.
著者: Yao, J. / Zhen, X. / Tang, K. / Liu, T. / Xu, X. / Chen, Z. / Guo, Y. / Liu, X. / Wood, T.K. / Ouyang, S. / Wang, X.
履歴
登録2020年3月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年10月28日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin-antitoxin system antidote Mnt family
B: Toxin-antitoxin system toxin HepN family
C: Toxin-antitoxin system toxin HepN family
D: Toxin-antitoxin system toxin HepN family
F: Toxin-antitoxin system antidote Mnt family
G: Toxin-antitoxin system toxin HepN family
H: Toxin-antitoxin system toxin HepN family
I: Toxin-antitoxin system toxin HepN family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,5968
ポリマ－122,5968
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.102, 100.819, 131.781
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.090, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
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2112(chain F and (resseq 4:18 or resseq 20:30 or resseq...F3 - 127

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Toxin-antitoxin system antidote Mnt family


分子量: 15582.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs.
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_3165 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ECH7
#2: タンパク質
Toxin-antitoxin system toxin HepN family


分子量: 15238.448 Da / 分子数: 6 / Mutation: Y104A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs.
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_3166 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ECH6

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.72 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 20%peg4000, 0.1 M HEPES,pH 7.5 / PH範囲: 7-10

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→79.85 Å / Num. obs: 286711 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.61→2.75 Å / Num. unique obs: 41811 / CC1/2: 0.815

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
EPMR位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YEP

5yep


解像度: 2.611→39.19 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2433 3910 4.71 %
Rwork0.2145 79058 -
obs0.2159 82968 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 185.82 Å2 / Biso mean: 92.0928 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.611→39.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8143 0 0 0 8143
残基数----1020
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088233
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10511120
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051453
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9085082
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11I2250X-RAY DIFFRACTION14.813TORSIONAL
12B2250X-RAY DIFFRACTION14.813TORSIONAL
13C2250X-RAY DIFFRACTION14.813TORSIONAL
14D2250X-RAY DIFFRACTION14.813TORSIONAL
15H2250X-RAY DIFFRACTION14.813TORSIONAL
21A1045X-RAY DIFFRACTION14.813TORSIONAL
22F1045X-RAY DIFFRACTION14.813TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6113-2.64320.37221350.3429283399
2.6432-2.67660.41311350.3154284499
2.6766-2.71180.36931270.3222280798
2.7118-2.7490.35231490.3064274898
2.749-2.78820.34121620.2812282299
2.7882-2.82990.29931350.2908280599
2.8299-2.87410.35591430.2812283999
2.8741-2.92120.29791280.293277399
2.9212-2.97150.35281470.2973287299
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3.0837-3.14660.32631340.2889283199
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3.215-3.28980.27621600.2669279999
3.2898-3.3720.32641540.27288099
3.372-3.46310.28441050.2683280599
3.4631-3.56490.30011660.2522284199
3.5649-3.67990.29521340.2386281999
3.6799-3.81130.25521380.2153280999
3.8113-3.96380.25321370.2181281399
3.9638-4.1440.24151400.2077284499
4.144-4.36220.21521450.1819281199
4.3622-4.63510.19171460.1757280099
4.6351-4.99240.18291440.18292878100
4.9924-5.49350.28061330.2041285799
5.4935-6.28570.22911240.2245281899
6.2857-7.90860.25351350.19432855100
7.9086-39.190.13351380.1335277097
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.1189 Å / Origin y: 6.4344 Å / Origin z: 161.2684 Å
111213212223313233
T0.4479 Å2-0.0073 Å2-0.039 Å2-0.5063 Å20.0123 Å2--0.5914 Å2
L0.4109 °20.0887 °2-0.2674 °2-0.6806 °2-0.3326 °2--1.5939 °2
S-0.0432 Å °0.0016 Å °-0.0351 Å °-0.1216 Å °0.0579 Å °0.0539 Å °0.1637 Å °-0.1119 Å °-0.015 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA4 - 127
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 133
3X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 133
4X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 133
5X-RAY DIFFRACTION1allF3 - 127
6X-RAY DIFFRACTION1allG2 - 131
7X-RAY DIFFRACTION1allH3 - 133
8X-RAY DIFFRACTION1allI2 - 133

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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