[日本語] English
万見
- PDB-6m6v: Crystal structure the toxin-antitoxin MntA-HepT -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m6v
タイトルCrystal structure the toxin-antitoxin MntA-HepT
要素
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')
  • Toxin-antitoxin system antidote Mnt family
  • Toxin-antitoxin system toxin HepN family
キーワードANTITOXIN / crystal structure of a unique toxin-antitoxin system
機能・相同性
機能・相同性情報


protein adenylyltransferase / toxin-antitoxin complex / RNA nuclease activity / nucleotidyltransferase activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleotide binding / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Polymerase beta, nucleotidyltransferase / Polymerase beta, Nucleotidyltransferase / Ribonuclease HepT-like / tRNA nuclease HepT-like superfamily / : / Ribonuclease HepT-like / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / mRNA nuclease HepT / Protein adenylyltransferase MntA
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Ouyang, S.Y. / Zhen, X.K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Novel polyadenylylation-dependent neutralization mechanism of the HEPN/MNT toxin/antitoxin system.
著者: Yao, J. / Zhen, X. / Tang, K. / Liu, T. / Xu, X. / Chen, Z. / Guo, Y. / Liu, X. / Wood, T.K. / Ouyang, S. / Wang, X.
履歴
登録2020年3月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Toxin-antitoxin system antidote Mnt family
B: Toxin-antitoxin system toxin HepN family
C: Toxin-antitoxin system toxin HepN family
D: Toxin-antitoxin system toxin HepN family
E: RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')
F: RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')
G: RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4027
ポリマ－64,4027
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.560, 225.700, 52.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Toxin-antitoxin system antidote Mnt family


分子量: 15582.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_3165 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ECH7
#2: タンパク質 Toxin-antitoxin system toxin HepN family


分子量: 15330.544 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_3166 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ECH6
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*A)-3')


分子量: 942.660 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10 % (w/v) PEG 3350, 0.1M Magnesium acetate, 0.1M HEPS pH 7.0
PH範囲: 6.5-9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97982 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97982 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.08→112.85 Å / Num. obs: 13153 / % possible obs: 99.25 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 3.08→3.16 Å / Num. unique obs: 4214 / CC1/2: 0.825

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YEP

5yep


解像度: 3.08→112.85 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2769 605 4.62 %
Rwork0.2208 --
obs0.2231 13093 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 230.92 Å2 / Biso mean: 84.6703 Å2 / Biso min: 39.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.08→112.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4118 198 0 0 4316
残基数----522
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.0801-3.39010.38741740.3074300699
3.3901-3.88060.29461160.2463309299
3.8806-4.88920.25261500.1933113100
4.8892-112.850.25651650.2064327799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5865-3.96050.55093.6721-1.23438.8102-0.1468-0.39370.20320.57720.3788-0.25670.2476-0.0662-0.09210.62030.0371-0.06340.5139-0.06741.106518.919715.02520.9867
25.31542.1417-0.80376.8984-1.88161.75360.14960.2323-0.8216-0.20830.19230.6567-0.1696-0.01160.16450.60570.00980.06280.4817-0.03091.18419.49069.303311.3275
34.2736-0.16090.47486.0556-2.87851.35250.0153-0.32820.34340.53620.10910.942-0.0589-0.4119-0.02230.56410.0711-0.0740.565-0.00011.083613.028619.873916.1808
46.92810.94424.39715.9551-0.72415.1464-0.4193-0.4910.70520.00790.11860.9702-0.3148-0.49230.34240.48430.04780.04220.5043-0.06271.14525.763431.11769.5281
58.82111.7397-3.52684.3482-5.97677.96230.0717-0.5009-0.2856-0.4287-1.2522-1.82780.68680.87231.38450.5515-0.0843-0.00150.569-0.07611.231721.109649.91289.1952
63.31422.4174-4.15544.8933-4.60828.487-0.210.0341-0.31120.31160.1504-0.681-0.1936-0.3530.10480.50930.0485-0.02170.53510.02381.171712.130846.93846.1535
72.3941-1.343-0.21074.1346-3.78547.9257-0.01740.0729-0.01980.31420.4050.5387-0.2244-0.8028-0.32650.4059-0.02360.04690.6168-0.08521.14984.098250.46637.744
88.0028-3.02224.12273.8959-3.90374.0687-1.1119-0.39841.01371.24390.35420.4104-1.2534-0.50550.98160.6575-0.0803-0.05570.5126-0.13630.630114.145453.409417.4557
97.09281.84731.88333.9044-0.35951.4935-0.98010.02730.915-0.71270.2961-0.0293-0.51220.02590.49151.00220.0604-0.08710.5442-0.01150.22248.28140.551-15.5065
107.5039-0.0595-4.78982.12761.16475.01770.3514-0.1916-0.5251-1.333-1.2933-1.7219-1.48410.78380.88570.78140.10370.06760.6917-0.04811.293229.407845.7219-11.8689
117.38814.5611-2.91253.9331-1.39171.5107-0.48610.5428-0.2667-0.81160.26660.13370.2808-0.45470.210.4977-0.0263-0.07560.6096-0.07980.83057.191734.1465-5.7651
122.10420.731-3.27682.6646-0.33428.5058-0.97480.6411-2.43320.42321.1836-0.15491.97020.2437-0.30150.8137-0.12650.07130.6554-0.10051.32475.479620.8447-7.4806
138.73281.36550.1718.547-0.20496.52460.02910.1784-2.04050.35970.07540.08960.71190.2025-0.00740.62040.07210.0660.5388-0.03510.667814.398728.6843-4.6261
149.5498-1.4154-1.66687.2999-1.7368.14680.33330.0084-0.6792-0.2307-0.1015-1.99810.8721.03440.30520.50030.05020.01490.45990.06091.131823.900134.4207-5.2483
155.09073.15554.63022.55612.60924.37221.6840.7968-1.1722-0.3338-0.03150.19871.7737-0.6877-1.71561.2918-0.3072-0.19410.85660.02970.70968.154129.5081-17.7387
165.44152.93012.17095.23756.93619.5388-0.2320.0970.1274-0.25230.555-1.04530.18260.3322-0.33880.606-0.0215-0.00280.63420.22761.1731-6.239213.52542.1433
173.057-1.215-3.10021.82432.97897.55570.0094-0.28670.358-0.09860.363-0.2791-0.35950.4747-0.37650.6130.06340.01030.441-0.03711.1687-9.6996.950310.7106
182.89181.0076-4.15773.10780.83669.4579-0.533-1.53960.25830.93820.1587-1.30190.78930.86350.34610.60930.0982-0.21070.61530.03011.2722-14.021.77211.8872
194.15973.9601-0.06129.94577.73229.77760.1405-0.1410.16750.47780.2137-0.15940.4124-0.0501-0.08870.5146-0.08040.05240.52440.09760.688-11.7508-6.63841.4184
203.06710.1173-0.70326.01724.85634.114-0.09540.39460.7208-0.41010.07110.0184-0.4433-0.90390.45460.64110.0466-0.06260.58790.04271.8581-16.074314.13427.2106
215.67432.7728-0.61213.5572-2.98573.3866-0.09530.3052-0.2502-2.7752-0.4257-2.4780.1768-1.76110.57521.03150.07950.33090.7767-0.00421.5305-1.070952.62382.2409
224.9957-4.384-2.86097.6184.19018.09980.34970.641-0.1286-0.68020.1845-1.03230.76290.2288-0.53810.71660.05310.00550.68890.01391.404422.001628.2129-0.7784
239.4254-3.1626-7.25823.56882.82246.4734-0.6345-2.72020.3508-0.00211.9306-0.3171-1.85580.9893-0.19211.37260.14170.66511.89030.55362.8757-5.0741-15.430316.5536
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 46 )A2 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 66 )A47 - 66
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 67 through 96 )A67 - 96
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 97 through 127 )A97 - 127
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 23 )B2 - 23
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 24 through 68 )B24 - 68
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 69 through 119 )B69 - 119
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 120 through 133 )B120 - 133
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 2 through 23 )C2 - 23
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 24 through 32 )C24 - 32
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 33 through 69 )C33 - 69
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 70 through 83 )C70 - 83
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 84 through 102 )C84 - 102
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 103 through 119 )C103 - 119
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 120 through 133 )C120 - 133
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 2 through 23 )D2 - 23
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 24 through 83 )D24 - 83
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 84 through 101 )D84 - 101
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 102 through 118 )D102 - 118
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 119 through 133 )D119 - 133
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 1 through 3 )E1 - 3
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 1 through 3 )F1 - 3
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 1 through 3 )G1 - 3

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る