[日本語] English
万見
- PDB-6m6f: Solution structure of disulfide bond mutaion of the core domain o... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m6f
タイトルSolution structure of disulfide bond mutaion of the core domain of Fibroblast growth factor 21 (FGF21)
要素Fibroblast growth factor 21
キーワードHORMONE / Disulfide bond mutaion / beta-trefoil conformation / beta-klotho binding / Metabolic regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of triglyceride catabolic process / Cellular hexose transport / response to methionine / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / fibroblast growth factor receptor binding / endothelial cell apoptotic process / : / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus ...positive regulation of triglyceride catabolic process / Cellular hexose transport / response to methionine / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / fibroblast growth factor receptor binding / endothelial cell apoptotic process / : / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / endoplasmic reticulum unfolded protein response / neurogenesis / cellular response to glucagon stimulus / regulation of cell migration / response to activity / positive regulation of D-glucose import / growth factor activity / response to nutrient levels / cellular response to glucose stimulus / cellular response to xenobiotic stimulus / cell-cell signaling / positive regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor 15/19/21 / HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 21
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Zhu, L. / Zhao, H. / Wang, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U1532269 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31100539 中国
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2021
タイトル: Dynamic folding modulation generates FGF21 variant against diabetes.
著者: Zhu, L. / Zhao, H. / Liu, J. / Cai, H. / Wu, B. / Liu, Z. / Zhou, S. / Liu, Q. / Li, X. / Bao, B. / Liu, J. / Dai, H. / Wang, J.
履歴
登録2020年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor 21


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1041
ポリマ－14,1041
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7970 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor 21 / FGF-21


分子量: 14103.977 Da / 分子数: 1
変異: D23S, D24G, A25P, Q26H, Q28L, T29S, E30S, A31C, G43C
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGF21 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q9NSA1
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-15N HSQC
133isotropic12D 1H-15N HSQC
142isotropic23D CBCA(CO)NH
152isotropic23D HNCO
162isotropic23D HNCA
172isotropic23D HN(CA)CB
182isotropic23D HBHA(CO)NH
192isotropic23D HN(CO)CA
1102isotropic23D HN(CA)CO
1112isotropic23D 1H-13C NOESY
1121isotropic13D 1H-15N NOESY
1133isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1143isotropic13D (H)CCH-COSY
1153isotropic23D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM [U-99% 15N] FGF21SS, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.2 % w/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] FGF21SS, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.2 % w/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O13C_15N_sample90% H2O/10% D2O
solution30.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] FGF21SS, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.2 % w/v sodium azide, 100% D2O13C_15N_sample in D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMFGF21SS[U-99% 15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
0.2 % w/vsodium azidenatural abundance1
0.5 mMFGF21SS[U-99% 13C; U-99% 15N]2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
0.2 % w/vsodium azidenatural abundance2
0.5 mMFGF21SS[U-99% 13C; U-99% 15N]3
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
100 mMsodium chloridenatural abundance3
0.2 % w/vsodium azidenatural abundance3
試料状態イオン強度: 160 mM / Label: condition_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8502

-
解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る