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万見
- PDB-6m4y: Structure of a R371A mutant of a Group II PLP dependent decarboxy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m4y
タイトルStructure of a R371A mutant of a Group II PLP dependent decarboxylase from Methanocaldococcus jannaschii
要素L-tyrosine/L-aspartate decarboxylase
キーワードLYASE / PLP dependent decarboxylase / Catalytic mutant / Protein Conformation / LLP / internal aldimine / Tyrosine / Tyrosine Decarboxylase / Structure-Activity Relationship
機能・相同性
機能・相同性情報


methanofuran biosynthetic process / tyrosine decarboxylase / tyrosine decarboxylase activity / sphinganine-1-phosphate aldolase activity / aspartate 1-decarboxylase / aspartate 1-decarboxylase activity / sphingolipid catabolic process / carboxylic acid metabolic process / coenzyme A biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Decarboxylase MfnA, archaea / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
L-tyrosine/L-aspartate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Manoj, N. / Chellam Gayathri, S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Crystallographic Snapshots of the Dunathan and Quinonoid Intermediates provide Insights into the Reaction Mechanism of Group II Decarboxylases.
著者: Gayathri, S.C. / Manoj, N.
#1: ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the mechanism of internal aldimine formation and catalytic loop dynamics in an archaeal Group II decarboxylase.
著者: Chellam Gayathri, S. / Manoj, N.
履歴
登録2020年3月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-tyrosine/L-aspartate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1417
ポリマ－47,5731
非ポリマー5686
水5,098283
1
A: L-tyrosine/L-aspartate decarboxylase
ヘテロ分子

A: L-tyrosine/L-aspartate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,28214
ポリマ－95,1452
非ポリマー1,13712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area11390 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area27590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.440, 98.440, 121.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-584-

HOH

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要素

#1: タンパク質 L-tyrosine/L-aspartate decarboxylase / TDC/ADC


分子量: 47572.715 Da / 分子数: 1 / 変異: R371A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: mfnA, MJ0050 / プラスミド: pSpeedET / 詳細 (発現宿主): Bacterial expression vector / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B
参照: UniProt: Q60358, aspartate 1-decarboxylase, tyrosine decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M sodium citrate pH 5.4, 0.2M sodium potassium tartarate, 2.0M ammonium sulphate
PH範囲: 5.4-5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年8月20日
放射モノクロメーター: Double mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→38.27 Å / Num. obs: 35618 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.5 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.208 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.212 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 25.9 % / Rmerge(I) obs: 1.202 / Num. unique obs: 2856 / CC1/2: 0.851 / Rpim(I) all: 0.24 / Rrim(I) all: 1.226 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.1データスケーリング
PHENIX1.17_3644精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMv7.1データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JY1

6jy1


解像度: 2.1→38.27 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2001 1715 5 %RANDOM
Rwork0.1636 ---
obs0.1653 35550 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.09 Å2 / Biso mean: 30.1142 Å2 / Biso min: 10.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→38.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2984 0 38 283 3305
Biso mean--52.99 36.68 -
残基数----389
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013117
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9994226
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.711859
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06477
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006535
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2091 125 -
Rwork0.1779 2774 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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