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- PDB-6jy1: Crystal Structure of a Group II pyridoxal dependent decarboxylase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jy1
タイトルCrystal Structure of a Group II pyridoxal dependent decarboxylase, LLP-bound form from Methanocaldococcus jannaschii at 1.72 A
要素L-tyrosine/L-aspartate decarboxylase
キーワードLYASE / PLP dependent decarboxylase / Catalytic Domain / Models / Molecular / Protein Conformation / LLP / Tyrosine / Tyrosine Decarboxylase / Structure-Activity Relationship
機能・相同性
機能・相同性情報


methanofuran biosynthetic process / tyrosine decarboxylase / tyrosine decarboxylase activity / aspartate 1-decarboxylase / aspartate 1-decarboxylase activity / carboxylic acid metabolic process / coenzyme A biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Decarboxylase MfnA, archaea / : / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...Decarboxylase MfnA, archaea / : / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-tyrosine/L-aspartate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Manoj, N. / Gayathri, S.C.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the mechanism of internal aldimine formation and catalytic loop dynamics in an archaeal Group II decarboxylase.
著者: Chellam Gayathri, S. / Manoj, N.
履歴
登録2019年4月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-tyrosine/L-aspartate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4159
ポリマ－47,6591
非ポリマー7578
水4,918273
1
A: L-tyrosine/L-aspartate decarboxylase
ヘテロ分子

A: L-tyrosine/L-aspartate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,83118
ポリマ－95,3182
非ポリマー1,51316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area12940 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area28550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.580, 98.580, 122.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-541-

HOH

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要素

#1: タンパク質 L-tyrosine/L-aspartate decarboxylase / TDC/ADC


分子量: 47658.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
株: DSM 2661 / 遺伝子: mfnA, MJ0050 / プラスミド: pSpeedET
詳細 (発現宿主): Bacterial expression vector, arabinose or T7 induced expression, kanamycin resistance
発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B
参照: UniProt: Q60358, aspartate 1-decarboxylase, tyrosine decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 0.1M sodium citrate pH 5.4, 0.2M sodium potassium tartarate, 2.0M ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月4日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→51.96 Å / Num. obs: 64532 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 23.79 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 1.72 / Num. measured all: 531270 / Scaling rejects: 1512
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.72-1.758.20.98433730.70.351.047100
9.1-51.966.40.0245120.9750.010.02696.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.5.17データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLMv7.1データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F9T

3f9t


解像度: 1.72→45.716 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.57
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1883 3191 4.95 %Random
Rwork0.1629 ---
obs0.1641 64440 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.74 Å2 / Biso mean: 32.5925 Å2 / Biso min: 11.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→45.716 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3091 0 61 273 3425
Biso mean--56.31 36.65 -
残基数----390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093224
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9924354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.4691946
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06481
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006551
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.72-1.74570.31661400.256726142754100
1.7457-1.7730.24211380.242626032741100
1.773-1.8020.24571390.229426422781100
1.802-1.83310.23431350.210226142749100
1.8331-1.86640.24611500.210426202770100
1.8664-1.90230.24561350.207126442779100
1.9023-1.94120.25781430.216826112754100
1.9412-1.98340.21511470.17626192766100
1.9834-2.02950.18531480.169226182766100
2.0295-2.08030.20771390.173926362775100
2.0803-2.13650.17131210.170226642785100
2.1365-2.19940.16811250.151526552780100
2.1994-2.27040.16531310.162426562787100
2.2704-2.35150.16681370.156526602797100
2.3515-2.44570.18791430.158126512794100
2.4457-2.5570.17351470.14926312778100
2.557-2.69180.17731320.153326792811100
2.6918-2.86040.15721300.159526852815100
2.8604-3.08120.20371420.166926902832100
3.0812-3.39120.19021360.162426972833100
3.3912-3.88160.19131490.135127112860100
3.8816-4.88960.15371420.12827622904100
4.8896-45.73190.1911420.18372887302999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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