PDB-6m3l: Crystal structure of the R.PabI(Y68F-K154A)-dsDNA(nonspecific) complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m3l

タイトル

Crystal structure of the R.PabI(Y68F-K154A)-dsDNA(nonspecific) complex

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
RE_R_Pab1 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE/DNA / glycosylase / HYDROLASE-DNA complex

機能・相同性

Restriction endonuclease, type II, Pab1 / R.Pab1 restriction endonuclease / DNA / DNA (> 10) / Restriction endonuclease type II Pab1 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus abyssi (古細菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Miyazono, K. / Wang, D. / Ito, T. / Tanokura, M.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Distortion of double-stranded DNA structure by the binding of the restriction DNA glycosylase R.PabI.
著者: Miyazono, K.I. / Wang, D. / Ito, T. / Tanokura, M.

履歴

登録	2020年3月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月1日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.2	2020年4月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.3	2020年5月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m3l.cif.gz	191.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m3l.ent.gz	150.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6m3l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6m3l_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6m3l_full_validation.pdf.gz	454.8 KB	表示
XML形式データ	6m3l_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	6m3l_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/6m3l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/6m3l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6l2nC 6l2oC 5iffS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1i7s-d 1f0l-d 10845 5jg4-d 6qpx-d 1ukl-1 1ukl-2 2xtz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1) #84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #119 - 2009年11月人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal) 類似性 (1) #125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (1) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#135 - 2011年3月
インテグラーゼ (Integrase)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#180 - 2014年12月
TALエフェクター (TAL Effectors)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
#84 - 2006年12月
トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (1)
#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
#125 - 2010年5月
パルボウイルス (Parvoviruses)
類似性 (1)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)
#23 - 2001年11月
DNA (DNA)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
#8 - 2000年8月
制限酵素 (Restriction Enzymes)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RE_R_Pab1 domain-containing protein

B: RE_R_Pab1 domain-containing protein

C: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*G)-3')

57.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RE_R_Pab1 domain-containing protein

B: RE_R_Pab1 domain-containing protein

C: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*G)-3')

A: RE_R_Pab1 domain-containing protein

B: RE_R_Pab1 domain-containing protein

C: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*G)-3')

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
115 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.153, 84.153, 140.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	RE_R_Pab1 domain-containing protein 分子量: 25324.137 Da / 分子数: 2 / 変異: Y65F, K151A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 株: GE5 / Orsay / 遺伝子: PAB0105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8ZFZ3
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPCPAPTPCPGPAPTPTPCPAPGPAPAPTPCPGPAPTPGPCPG)-3') 分子量: 7065.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.0 and 50% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→46.84 Å / Num. obs: 15362 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.064 / R_sym value: 0.053 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 4.3 % / Num. unique obs: 2201 / CC_1/2: 0.857 / R_pim(I) all: 0.422 / R_rim(I) all: 0.752 / R_sym value: 0.614 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IFF

5iff

解像度: 2.75→42.076 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 41.91

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3065	1307	4.58 %
R_work	0.2833	-	-
obs	0.2844	15237	98.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 235.09 Å² / B_iso mean: 118.7646 Å² / B_iso min: 51.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.75→42.076 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3096	246	0	0	3342
残基数	-	-	-	-	390

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3431
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.658	4675
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	518
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	550
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.056	2039

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.75-2.8598	0.5518	110	0.4513	3097	99
2.8598-2.9899	0.4733	149	0.3985	3009	99
2.9899-3.1475	0.3187	145	0.3608	3025	99
3.1475-3.3446	0.3917	176	0.3456	2992	98
3.3446-3.6028	0.3688	125	0.2979	3050	98
3.6028-3.9651	0.3567	174	0.2832	2990	99
3.9651-4.5382	0.3108	138	0.2472	3063	99
4.5382-5.7154	0.2088	145	0.2478	3022	99
5.7154-42.076	0.2897	145	0.2679	2973	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1124	-1.075	-0.3943	4.4845	4.4163	4.439	0.0841	1.425	0.0358	-1.4057	0.1309	-0.2558	-0.2915	0.4668	-0.0976	1.2106	0.2371	-0.0827	0.8827	0.0183	0.5159	41.5389	-25.2981	-41.2513
2	7.7075	2.2381	0.7798	2.0518	2.5235	8.5303	-0.1228	-0.0397	1.3143	-0.2366	-0.5193	0.7043	-1.233	-0.5192	0.4288	1.1841	0.0926	0.0345	0.7056	-0.1151	0.8682	40.8092	-9.8691	-27.2639
3	4.9772	2.2831	-0.7567	7.9917	-0.2612	7.4193	-0.0421	-0.0245	1.3079	-0.0311	-0.2007	0.413	-1.69	1.2734	0.2469	1.7256	-0.0229	-0.1016	1.2635	-0.0237	0.776	45.7498	-8.3417	-32.0897
4	2.5292	1.481	0.7236	3.8384	-0.2548	6.4373	-0.3262	-0.2463	-0.4168	0.1314	0.1232	0.1201	1.6448	0.2653	0.2396	1.1851	0.339	0.1452	0.7421	0.0338	0.4243	42.1182	-37.1476	-30.9399
5	4.2959	-2.8262	-1.2952	4.0466	3.3159	8.2866	-0.0743	-0.623	0.3629	0.3107	0.2039	-0.3154	0.6722	0.3592	-0.0201	0.8415	0.0391	-0.0969	1.101	-0.015	0.4338	43.3865	-18.4681	-7.0837
6	3.9484	1.2318	-0.3373	5.2817	-0.678	8.6644	-0.1306	-0.1761	0.2082	-0.612	0.2972	0.1924	0.3595	0.3693	-0.1377	0.9162	0.3025	-0.0454	0.7355	-0.0469	0.3419	42.6107	-25.2221	-27.9914
7	2.0602	-0.3713	1.7868	0.201	0.2344	3.4179	-0.3127	0.2799	0.3964	-0.1121	0.0602	0.4103	-0.6316	-1.853	-0.1536	1.1134	0.2134	-0.1854	3.0083	0.1427	0.3176	20.2996	-9.8795	-6.2509
8	0.3818	-0.4772	-0.3806	0.5858	0.4678	0.3731	0.2305	0.0787	0.622	-0.0552	-0.1673	0.4684	-0.9546	-1.1861	-0.0586	2.055	1.6397	0.36	2.6633	0.1587	1.1366	15.9987	9.9007	-0.6571
9	3.1468	-0.895	-2.0405	1.9214	1.4226	5.322	0.5707	-0.1752	0.7175	-0.5063	-0.6584	0.1192	-2.064	-0.494	0.1134	2.8901	0.5102	0.1434	2.2257	-0.1292	0.6755	29.6892	12.7325	5.8357
10	5.7271	-4.9999	-4.7721	5.6741	5.6997	5.7659	0.3149	0.3911	0.5617	-0.6343	-0.7328	-0.1178	-2.2738	-0.0029	0.4214	1.3908	-0.0105	0.0719	1.5305	0.0731	0.7518	44.1009	-4.4524	-5.7235
11	2.4883	0.9307	1.2403	2.6084	4.398	7.687	-0.1093	-0.3959	0.1217	0.0813	-0.1099	-1.932	0.6955	1.9912	0.25	1.2357	0.4383	0.0068	1.703	0.1439	0.7599	53.0674	-27.1385	-12.9285
12	4.5359	-1.7462	-2.6047	3.2636	0.6893	5.0209	-0.3527	0.3109	-0.012	0.3937	0.0386	0.3036	-0.2524	-1.5147	0.2994	0.7327	0.253	-0.0673	1.4889	-0.0487	0.4911	34.1299	-11.0224	-0.6922
13	3.0016	0.5466	0.6056	2.9834	0.2328	3.8912	-0.3221	0.5897	0.1235	-1.3397	0.1486	0.0855	-0.3787	-0.5015	0.1077	1.4551	0.156	-0.0837	2.0028	-0.228	0.3897	34.7638	-5.765	-11.6431
14	6.2114	0.6218	-1.2065	3.2478	1.6118	1.1835	0.2697	1.2264	0.0375	-0.7975	0.0988	0.2711	-0.9189	-1.6218	-0.1985	0.7853	0.2842	-0.0722	2.2316	0.188	0.658	23.0534	-6.8067	-3.01
15	2.5568	0.1942	0.7602	0.8829	-0.4472	1.7519	0.1952	-0.2011	0.0704	0.2485	0.2638	0.3329	-0.7878	-1.425	0.253	1.8654	0.9568	0.0071	2.0788	0.0182	0.1919	26.2613	2.3249	1.4671
16	7.4705	-4.9184	-3.2322	4.7453	3.9195	3.5493	0.6698	0.9843	1.8612	-0.2392	0.3869	0.1628	-2.481	-2.388	-0.7565	2.7999	0.8645	0.2491	1.7696	0.4929	1.0768	30.0942	11.2481	-5.7693
17	5.8349	4.5024	-3.0386	8.9454	-1.2366	2.7065	-0.1589	-2.0478	-0.6642	-1.915	-0.8371	-1.2584	-0.3147	-0.0618	1.0612	1.8033	-0.4082	-0.1213	2.3806	0.2763	1.1248	14.9697	-17.8181	-24.8586

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 23 )	A	8 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 43 )	A	24 - 43
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 44 through 66 )	A	44 - 66
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 67 through 105 )	A	67 - 105
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 106 through 145 )	A	106 - 145
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 146 through 223 )	A	146 - 223
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 27 through 77 )	B	27 - 77
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 78 through 92 )	B	78 - 92
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 93 through 105 )	B	93 - 105
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 106 through 119 )	B	106 - 119
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 120 through 129 )	B	120 - 129
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 130 through 145 )	B	130 - 145
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 146 through 159 )	B	146 - 159
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 160 through 193 )	B	160 - 193
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 194 through 207 )	B	194 - 207
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 208 through 222 )	B	208 - 222
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid -7 through 4 )	C	-7 - 4

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)