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- PDB-6m3d: X-ray crystal structure of tandemly connected engrailed homeodoma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m3d
タイトルX-ray crystal structure of tandemly connected engrailed homeodomains (EHD) with R53A mutations and DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*C)-3')
  • Segmentation polarity homeobox protein engrailed,Segmentation polarity homeobox protein engrailed
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / HOMEODOMAIN FOLD / PROTEIN-DNA COMPLEX / GENOME EDITING / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


posterior compartment specification / analia development / anterior head segmentation / posterior head segmentation / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / trunk segmentation / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation ...posterior compartment specification / analia development / anterior head segmentation / posterior head segmentation / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / trunk segmentation / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation / wing disc morphogenesis / neuroblast fate determination / imaginal disc-derived wing vein specification / segment polarity determination / ventral midline development / compartment pattern specification / gonad development / axon guidance / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Homeobox domain engrailed / Homeobox engrailed, C-terminal / Homeobox engrailed-type, conserved site / Engrailed homeobox C-terminal signature domain / 'Homeobox' engrailed-type protein signature. / : / Helix-turn-helix motif / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. ...Homeobox domain engrailed / Homeobox engrailed, C-terminal / Homeobox engrailed-type, conserved site / Engrailed homeobox C-terminal signature domain / 'Homeobox' engrailed-type protein signature. / : / Helix-turn-helix motif / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Segmentation polarity homeobox protein engrailed
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sunami, T. / Hirano, Y. / Tamada, T. / Kono, H.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)26840054 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)26330339 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H05534 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structural basis for designing an array of engrailed homeodomains.
著者: Sunami, T. / Hirano, Y. / Tamada, T. / Kono, H.
履歴
登録2020年3月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*A)-3')
C: Segmentation polarity homeobox protein engrailed,Segmentation polarity homeobox protein engrailed
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6904
ポリマ－24,6673
非ポリマー231
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area10900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.798, 61.437, 39.976
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.447, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*CP*C)-3')


分子量: 3581.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*A)-3')


分子量: 3741.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 Segmentation polarity homeobox protein engrailed,Segmentation polarity homeobox protein engrailed


分子量: 17344.592 Da / 分子数: 1 / Mutation: Q503K,R506A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: the fusion protein of EHD (UNP RESIDUES 453-512), linkers GGGGG, EHD (UNP RESIDUES 453-512)
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: en, CG9015 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02836
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 8% (w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→38.17 Å / Num. obs: 24423 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 23.1623401697 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.025 / Rrim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1183 / CC1/2: 0.921 / Rrim(I) all: 0.338 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HDD

2hdd


解像度: 1.6→38.17 Å / SU ML: 0.174027637387 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.40888796396 / 位相誤差: 23.6012510998
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235863688164 1204 4.94618355106 %
Rwork0.18834877636 23138 -
obs0.190614050402 24342 99.6805896806 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.5017300563 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数913 486 1 207 1607
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007081855559112150
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.004560253753100
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0473394368983335
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00633961639965237
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.91049348551167
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.66410.2609177900661380.2147460488942537X-RAY DIFFRACTION98.7449243263
1.6641-1.73980.2955913229711290.2056942038992548X-RAY DIFFRACTION99.4797473058
1.7398-1.83150.2286567961191600.2075469428912533X-RAY DIFFRACTION99.8146775389
1.8315-1.94630.3390891902291260.2174026952212561X-RAY DIFFRACTION99.962797619
1.9463-2.09650.2441871180121470.2105464019232567X-RAY DIFFRACTION99.8895841001
2.0965-2.30750.2158898487911240.1980255722652576X-RAY DIFFRACTION99.9629766753
2.3075-2.64130.2654700511221160.2091496705172601X-RAY DIFFRACTION99.8897058824
2.6413-3.32750.2818112573751160.1966109751212598X-RAY DIFFRACTION99.3775173929
3.3275-38.170.1931459766131480.1612908881922617X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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