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- PDB-6m32: Cryo-EM structure of FMO-RC complex from green sulfur bacteria -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m32
タイトルCryo-EM structure of FMO-RC complex from green sulfur bacteria
要素
  • (Photosystem P840 reaction ...) x 2
  • Bacteriochlorophyll ...
  • P840 reaction center 17 kDa protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosynthetic reaction center / Green sulfur bacteria / Energy transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid / bacteriochlorophyll binding / iron-sulfur cluster binding / photosynthesis / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I P840 reaction centre protein PscD / Photosystem P840 reaction centre protein PscD / Bacteriochlorophyll A protein / Bacteriochlorophyll A superfamily / Bacteriochlorophyll A protein / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site ...Photosystem I P840 reaction centre protein PscD / Photosystem P840 reaction centre protein PscD / Bacteriochlorophyll A protein / Bacteriochlorophyll A superfamily / Bacteriochlorophyll A protein / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / Chem-F26 / Chem-F39 / Chlorophyll A ester / Bacteriochlorophyll A isomer / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / Bacteriochlorophyll a protein / Photosystem P840 reaction center, large subunit ...BACTERIOCHLOROPHYLL A / Chem-F26 / Chem-F39 / Chlorophyll A ester / Bacteriochlorophyll A isomer / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / Bacteriochlorophyll a protein / Photosystem P840 reaction center, large subunit / Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein / P840 reaction center 17 kDa protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chen, J.H. / Zhang, X.
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Architecture of the photosynthetic complex from a green sulfur bacterium.
著者: Jing-Hua Chen / Hangjun Wu / Caihuang Xu / Xiao-Chi Liu / Zihui Huang / Shenghai Chang / Wenda Wang / Guangye Han / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Xing Zhang /
要旨: The photosynthetic apparatus of green sulfur bacteria (GSB) contains a peripheral antenna chlorosome, light-harvesting Fenna-Matthews-Olson proteins (FMO), and a reaction center (GsbRC). We used cryo- ...The photosynthetic apparatus of green sulfur bacteria (GSB) contains a peripheral antenna chlorosome, light-harvesting Fenna-Matthews-Olson proteins (FMO), and a reaction center (GsbRC). We used cryo-electron microscopy to determine a 2.7-angstrom structure of the FMO-GsbRC supercomplex from The GsbRC binds considerably fewer (bacterio)chlorophylls [(B)Chls] than other known type I RCs do, and the organization of (B)Chls is similar to that in photosystem II. Two BChl layers in GsbRC are not connected by Chls, as seen in other RCs, but associate with two carotenoid derivatives. Relatively long distances of 22 to 33 angstroms were observed between BChls of FMO and GsbRC, consistent with the inefficient energy transfer between these entities. The structure contains common features of both type I and type II RCs and provides insight into the evolution of photosynthetic RCs.
履歴
登録2020年3月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30069
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Bacteriochlorophyll a protein
F: Bacteriochlorophyll a protein
G: Bacteriochlorophyll a protein
D: P840 reaction center 17 kDa protein
B: Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein
A: Photosystem P840 reaction center, large subunit
a: Photosystem P840 reaction center, large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)380,92674
ポリマ－324,7737
非ポリマー56,15367
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem P840 reaction ... , 2種, 3分子 BAa

#3: タンパク質 Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein


分子量: 23540.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlorobaculum tepidum (strain ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS) (バクテリア)
株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 参照: UniProt: Q8KAY1
#4: タンパク質 Photosystem P840 reaction center, large subunit


分子量: 81784.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
参照: UniProt: Q8KAY0

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Bacteriochlorophyll ... / タンパク質 , 2種, 4分子 EFGD

#1: タンパク質 Bacteriochlorophyll a protein / BChl a protein / Fenna-Matthews-Olson protein / FMO protein


分子量: 40343.430 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlorobaculum tepidum (strain ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS) (バクテリア)
株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 参照: UniProt: Q46393
#2: タンパク質 P840 reaction center 17 kDa protein


分子量: 16633.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlorobaculum tepidum (strain ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS) (バクテリア)
株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 参照: UniProt: Q8KEP5

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非ポリマー , 9種, 67分子

#5: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#6: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#7: 化合物 ChemComp-GS0 / Bacteriochlorophyll A isomer


分子量: 911.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#8: 化合物 ChemComp-F26 / 2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E,19E)-3,7,12,16,20,24-hexamethylpentacosa-1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,23-undecaenyl]-1,3,4-trimethyl-benzene / クロロバクテン


分子量: 532.841 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H52
#9: 化合物 ChemComp-F39 / [(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate


分子量: 895.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C58H86O7
#10: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#11: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#12: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#13: 化合物
ChemComp-G2O / Chlorophyll A ester


分子量: 891.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O5

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: FMO-RC of green sulfur bacteria / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum (strain ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS) (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 倍率（補正後）: 38244 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 47 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 9156
画像スキャン横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 4 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM3.8画像取得
4cryoSPARC2.12CTF補正
10cryoSPARC2.12初期オイラー角割当
11cryoSPARC2.12最終オイラー角割当
12cryoSPARC2.12分類
13cryoSPARC2.12３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 3947008 / 詳細: raw particles
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 268430 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 44.23 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00524618
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.96234250
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.4998708
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1053356
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063782

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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