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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m32 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of FMO-RC complex from green sulfur bacteria | ||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / Photosynthetic reaction center / Green sulfur bacteria / Energy transfer | ||||||
機能・相同性 | ![]() thylakoid / bacteriochlorophyll binding / iron-sulfur cluster binding / photosynthesis / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
![]() | Chen, J.H. / Zhang, X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Architecture of the photosynthetic complex from a green sulfur bacterium. 著者: Jing-Hua Chen / Hangjun Wu / Caihuang Xu / Xiao-Chi Liu / Zihui Huang / Shenghai Chang / Wenda Wang / Guangye Han / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Xing Zhang / ![]() ![]() 要旨: The photosynthetic apparatus of green sulfur bacteria (GSB) contains a peripheral antenna chlorosome, light-harvesting Fenna-Matthews-Olson proteins (FMO), and a reaction center (GsbRC). We used cryo- ...The photosynthetic apparatus of green sulfur bacteria (GSB) contains a peripheral antenna chlorosome, light-harvesting Fenna-Matthews-Olson proteins (FMO), and a reaction center (GsbRC). We used cryo-electron microscopy to determine a 2.7-angstrom structure of the FMO-GsbRC supercomplex from The GsbRC binds considerably fewer (bacterio)chlorophylls [(B)Chls] than other known type I RCs do, and the organization of (B)Chls is similar to that in photosystem II. Two BChl layers in GsbRC are not connected by Chls, as seen in other RCs, but associate with two carotenoid derivatives. Relatively long distances of 22 to 33 angstroms were observed between BChls of FMO and GsbRC, consistent with the inefficient energy transfer between these entities. The structure contains common features of both type I and type II RCs and provides insight into the evolution of photosynthetic RCs. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 514.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 456.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Photosystem P840 reaction ... , 2種, 3分子 BAa
#3: タンパク質 | 分子量: 23540.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 参照: UniProt: Q8KAY1 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 81784.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q8KAY0 |
-Bacteriochlorophyll ... / タンパク質 , 2種, 4分子 EFGD
#1: タンパク質 | 分子量: 40343.430 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 参照: UniProt: Q46393 #2: タンパク質 | | 分子量: 16633.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 参照: UniProt: Q8KEP5 |
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-非ポリマー , 9種, 67分子 ![](data/chem/img/BCL.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
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![](data/chem/img/F39.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
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![](data/chem/img/CA.gif)
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![](data/chem/img/GS0.gif)
![](data/chem/img/F26.gif)
![](data/chem/img/F39.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/G2O.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-BCL / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 化合物 | #12: 化合物 | #13: 化合物 | ChemComp-G2O / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: FMO-RC of green sulfur bacteria / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 倍率(補正後): 38244 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 47 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 9156 |
画像スキャン | 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 4 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3947008 / 詳細: raw particles | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 268430 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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