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万見
- PDB-6ifn: Crystal structure of Type III-A CRISPR Csm complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ifn
タイトルCrystal structure of Type III-A CRISPR Csm complex
要素
  • (Type III-A CRISPR-associated RAMP protein ...) x 3
  • (Type III-A CRISPR-associated protein ...) x 2
  • RNA (32-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Csm complex / Type III-A / CRISPR-Cas system
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / transferase activity / endonuclease activity / defense response to virus / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Csm4, C-terminal / CRISPR Csm4 C-terminal domain / CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A / Csm2 Type III-A / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / Csm1, subunit domain B / Csm1 subunit domain B ...Csm4, C-terminal / CRISPR Csm4 C-terminal domain / CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A / Csm2 Type III-A / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / Csm1, subunit domain B / Csm1 subunit domain B / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / HD domain / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / HD domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 / CRISPR system Cms protein Csm4 / CRISPR system Cms protein Csm5 / CRISPR system Cms protein Csm2 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus thermophilus ND03 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者You, L. / Wang, J. / Wang, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31630015 中国
National Natural Science Foundation of China91440201 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Structure Studies of the CRISPR-Csm Complex Reveal Mechanism of Co-transcriptional Interference.
著者: Lilan You / Jun Ma / Jiuyu Wang / Daria Artamonova / Min Wang / Liang Liu / Hua Xiang / Konstantin Severinov / Xinzheng Zhang / Yanli Wang /
要旨: Csm, a type III-A CRISPR-Cas interference complex, is a CRISPR RNA (crRNA)-guided RNase that also possesses target RNA-dependent DNase and cyclic oligoadenylate (cOA) synthetase activities. However, ...Csm, a type III-A CRISPR-Cas interference complex, is a CRISPR RNA (crRNA)-guided RNase that also possesses target RNA-dependent DNase and cyclic oligoadenylate (cOA) synthetase activities. However, the structural features allowing target RNA-binding-dependent activation of DNA cleavage and cOA generation remain unknown. Here, we report the structure of Csm in complex with crRNA together with structures of cognate or non-cognate target RNA bound Csm complexes. We show that depending on complementarity with the 5' tag of crRNA, the 3' anti-tag region of target RNA binds at two distinct sites of the Csm complex. Importantly, the interaction between the non-complementary anti-tag region of cognate target RNA and Csm1 induces a conformational change at the Csm1 subunit that allosterically activates DNA cleavage and cOA generation. Together, our structural studies provide crucial insights into the mechanistic processes required for crRNA-meditated sequence-specific RNA cleavage, RNA target-dependent non-specific DNA cleavage, and cOA generation.
履歴
登録2018年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III-A CRISPR-associated protein Csm1
F: Type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm3
B: Type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm4
E: Type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm3
C: Type III-A CRISPR-associated protein Csm2
D: Type III-A CRISPR-associated protein Csm2
G: Type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm3
H: Type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm5
N: RNA (32-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,12111
ポリマ－278,0019
非ポリマー1202
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35160 Å2
ΔGint-204 kcal/mol
Surface area86780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.543, 82.334, 161.358
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11F
21E
12F
22G
13E
23G
14C
24D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETALAALAFB1 - 2181 - 218
21METMETALAALAED1 - 2181 - 218
12METMETGLUGLUFB1 - 2191 - 219
22METMETVALVALGG1 - 2201 - 220
13METMETALAALAED1 - 2181 - 218
23METMETALAALAGG1 - 2181 - 218
14LEULEUGLYGLYCE4 - 1244 - 124
24THRTHRGLYGLYDF5 - 1245 - 124

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
Type III-A CRISPR-associated protein ... , 2種, 3分子 ACD

#1: タンパク質 Type III-A CRISPR-associated protein Csm1


分子量: 86977.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus ND03 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2U2M0F3
#4: タンパク質 Type III-A CRISPR-associated protein Csm2


分子量: 14848.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus ND03 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: csm2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2U2M049

-
Type III-A CRISPR-associated RAMP protein ... , 3種, 5分子 FEGBH

#2: タンパク質 Type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm3


分子量: 24585.840 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus ND03 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: csm3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2U2M035
#3: タンパク質 Type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm4


分子量: 33828.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus ND03 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: csm4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2U2M037
#5: タンパク質 Type III-A CRISPR-associated RAMP protein Csm5


分子量: 41102.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus ND03 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: csm5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2U2M038

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 N

#6: RNA鎖 RNA (32-MER)


分子量: 12638.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus ND03 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
非ポリマー , 2種, 2分子

#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.78 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, 20% w/v polyethylene glycol 20,000.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97775 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 70612 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Num. unique obs: 6836 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IFL

6ifl


解像度: 2.9→48.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 17.006 / SU ML: 0.316 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.424 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24428 3053 5 %RANDOM
Rwork0.20118 ---
obs0.20337 57987 83.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 51.084 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å2-0.81 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→48.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17376 670 2 0 18048
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01418446
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01716208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3881.6325124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0141.6737676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.63152266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.18522.445904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.706152812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.58815102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.22524
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0220715
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023681
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5185.3329109
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5185.3319108
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.1537.98611360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.1537.98711361
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1065.3399337
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1065.3389336
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.6057.93113764
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.32197.14474121
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.32197.14474122
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11F58850.17
12E58850.17
21F57040.16
22G57040.16
31E56430.17
32G56430.17
41C31170.21
42D31170.21
LS精密化 シェル解像度: 2.88→2.955 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 103 -
Rwork0.284 1583 -
obs--31.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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