[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3r6y: Crystal structure of chymotrypsin-treated aspartase from Bacillus... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3r6y | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of chymotrypsin-treated aspartase from Bacillus sp. YM55-1 | ||||||
Components | AspartaseAspartate ammonia-lyase | ||||||
Keywords | LYASE / aspartase / aspartate ammonia lyase | ||||||
Function / homology | Function and homology information aspartate ammonia-lyase / aspartate ammonia-lyase activity / aspartate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | ||||||
Authors | Fibriansah, G. / Puthan Veetil, V. / Poelarends, G.J. / Thunnissen, A.-M.W.H. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2011 Title: Structural basis for the catalytic mechanism of aspartate ammonia lyase. Authors: Fibriansah, G. / Veetil, V.P. / Poelarends, G.J. / Thunnissen, A.M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3r6y.cif.gz | 572 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3r6y.ent.gz | 475.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3r6y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r6y | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 3r6qC 3r6vC 1j3uS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 44277.473 Da / Num. of mol.: 8 Fragment: N-terminal and Central helix domains (UNP residues 1-401) Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: After purification, the protein was treated with chymotrypsin Source: (gene. exp.) Bacillus sp. (bacteria) / Strain: YM55-1 / Gene: aspB / Plasmid: pBAD/Myc-His A / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): TOP10 / References: UniProt: Q9LCC6, aspartate ammonia-lyase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE PROTEIN WAS TREATED WITH CHYMOTRYPSIN AFTER PURIFICATION. THIS CLEAVED PROTEIN WAS THEN USED ...THE PROTEIN WAS TREATED WITH CHYMOTRYPS | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.75 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 40% PEG400, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-2 / Wavelength: 0.933 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Jul 27, 2009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond (111)and Ge (220) crystals / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3→149.071 Å / Num. all: 68562 / Num. obs: 68562 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 9.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1J3U Resolution: 3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 23.533 / SU ML: 0.44 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.552 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 123.96 Å2 / Biso mean: 67.3442 Å2 / Biso min: 13.67 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→40 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
|