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万見
- PDB-6m31: Structural and Functional Insights into an Archaeal Lipid Synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m31
タイトルStructural and Functional Insights into an Archaeal Lipid Synthase
要素Digeranylgeranylglyceryl phosphate synthase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Lipid
機能・相同性
機能・相同性情報


geranylgeranylglycerol-phosphate geranylgeranyltransferase / geranylgeranylglycerol-phosphate geranylgeranyltransferase activity / glycerophospholipid metabolic process / phospholipid biosynthetic process / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Digeranylgeranylglyceryl phosphate synthase / UbiA prenyltransferase family / UbiA prenyltransferase superfamily / UbiA prenyltransferase family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MPG / PHOSPHATE ION / Digeranylgeranylglyceryl phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ren, S. / Cheng, W.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Structural and Functional Insights into an Archaeal Lipid Synthase
著者: Ren, S. / de Kok, N.A. / Gu, Y. / Yan, W. / Sun, Q. / Chen, Y. / He, J. / Tian, L. / Andringa, R.L. / Zhu, X. / Tang, M. / Qi, S. / Xu, H. / Ren, H. / Fu, X. / Minnaard, A.J. / Yang, S. / ...著者: Ren, S. / de Kok, N.A. / Gu, Y. / Yan, W. / Sun, Q. / Chen, Y. / He, J. / Tian, L. / Andringa, R.L. / Zhu, X. / Tang, M. / Qi, S. / Xu, H. / Ren, H. / Fu, X. / Minnaard, A.J. / Yang, S. / Zhang, W. / Li, W. / Wei, Y. / Driessen, A.J. / Cheng, W.
履歴
登録2020年3月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / struct
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.22022年8月17日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Digeranylgeranylglyceryl phosphate synthase
B: Digeranylgeranylglyceryl phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,78950
ポリマ－63,5712
非ポリマー12,21748
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25390 Å2
ΔGint52 kcal/mol
Surface area28890 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)70.000, 133.490, 79.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Digeranylgeranylglyceryl phosphate synthase / DGGGPS / (S)-2 / 3-di-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase / Geranylgeranylglycerol- ...DGGGPS / (S)-2 / 3-di-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase / Geranylgeranylglycerol-phosphate geranylgeranyltransferase


分子量: 31785.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
株: DSM 2661 / 遺伝子: MJ0279 / 発現宿主: Escherichia coli ATCC 8739 (大腸菌) / 株 (発現宿主): ATCC 8739
参照: UniProt: Q57727, geranylgeranylglycerol-phosphate geranylgeranyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 91分子

#2: 化合物...
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-MPG / [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate


分子量: 356.540 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 200 mM NaCl, 20% (w/v) PEG500, and 200 mM Tris-HCl (pH 8.0).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→48.89 Å / Num. obs: 33780 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.904 % / Biso Wilson estimate: 45.73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 1.221 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.29-2.436.9740.7732.63102850.930.83499.5
2.43-2.66.7130.5243.7696820.9620.56899.8
2.6-2.817.1910.3475.7790290.9870.37499.8
2.81-3.086.8690.2188.5383140.9930.23699.9
3.08-3.446.9660.12213.5775320.9970.13299.9
3.44-3.976.9620.07266180.9990.078100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELX精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→48.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU R Cruickshank DPI: 0.302 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.289 / SU Rfree Blow DPI: 0.204 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.21
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1689 5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.202 33780 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 145.39 Å2 / Biso mean: 54.73 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.2408 Å20 Å20 Å2
2---15.7522 Å20 Å2
3---7.5114 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→48.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4448 0 845 43 5336
Biso mean--80.86 55.6 -
残基数----560
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.32 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3206 34 5.03 %
Rwork0.2379 642 -
all0.2419 676 -
obs--99.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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