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Yorodumi- PDB-4r60: Crystal Structure of Xaa-Pro dipeptidase from Xanthomonas campestris -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4r60 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Xaa-Pro dipeptidase from Xanthomonas campestris | ||||||
Components | Proline dipeptidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Xaa-Pro dipeptidase / Prolidase / PepQ / pita bread / creatinase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.83 Å | ||||||
Authors | Kumar, A. / Ghosh, B. / Are, V.N. / Jamdar, S.N. / Makde, R.D. / Sharma, S.M. | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of Xaa-Pro dipeptidase from Xanthomonas campestris Authors: Kumar, A. / Ghosh, B. / Are, V.N. / Jamdar, S.N. / Makde, R.D. / Sharma, S.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4r60.cif.gz | 318.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4r60.ent.gz | 257.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4r60.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4r60_validation.pdf.gz | 434.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4r60_full_validation.pdf.gz | 435.5 KB | Display | |
Data in XML | 4r60_validation.xml.gz | 34.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4r60_validation.cif.gz | 52.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/4r60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/4r60 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4fkcS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42860.602 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913 (bacteria) Gene: pepQ, XCC2409 / Plasmid: pST50Tr / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)pLysS / References: UniProt: Q8P839, Xaa-Pro dipeptidase #2: Chemical | ChemComp-PO4 / | #3: Chemical | ChemComp-MN / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.89 Å3/Da / Density % sol: 57.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: microbatch under-oil / pH: 5.5 Details: 40mM KH2PO4, 15% glycerol, 12% PEG8000, pH 5.5, Microbatch under-oil, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: RRCAT INDUS-2 / Beamline: PX-BL21 / Wavelength: 0.97947 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Sep 6, 2013 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si (111) Double Crystal Monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97947 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.83→48 Å / Num. obs: 88109 / Observed criterion σ(I): 2.1 / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 18.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.83→1.86 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.631 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 4412 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4FKC Resolution: 1.83→46.462 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.92 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 66.2 Å2 / Biso mean: 24.5719 Å2 / Biso min: 10.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.83→46.462 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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