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- PDB-6m2d: MUL1-RING domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m2d
タイトルMUL1-RING domain
要素Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
キーワードTRANSFERASE / MUL1 / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / negative regulation of defense response to virus by host / : / negative regulation of mitochondrial fusion / mitochondrion localization / positive regulation of protein sumoylation / positive regulation of dendrite extension / mitochondrial fission / regulation of mitochondrion organization ...regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / negative regulation of defense response to virus by host / : / negative regulation of mitochondrial fusion / mitochondrion localization / positive regulation of protein sumoylation / positive regulation of dendrite extension / mitochondrial fission / regulation of mitochondrion organization / SUMO transferase activity / cellular response to exogenous dsRNA / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of mitochondrial fission / protein sumoylation / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of innate immune response / regulation of mitochondrial membrane potential / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of cell growth / : / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / p53 binding / peroxisome / Neddylation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / mitochondrial outer membrane / protein stabilization / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / axon / neuronal cell body / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / mitochondrion / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
E3 Ubiquitin ligase MUL1-like / E3 Ubiquitin ligase / : / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.795 Å
データ登録者Lee, S.O. / Ryu, K.S. / Chi, S.-W.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: MUL1-RING recruits the substrate, p53-TAD as a complex with UBE2D2-UB conjugate.
著者: Lee, M.S. / Lee, S.O. / Choi, J. / Ryu, M. / Lee, M.K. / Kim, J.H. / Hwang, E. / Lee, C.K. / Chi, S.W. / Ryu, K.S.
履歴
登録2020年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
改定 1.22022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
B: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
C: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
D: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
E: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
F: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,87024
ポリマ－37,5096
非ポリマー1,36118
水5,621312
1
A: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5745
ポリマ－6,2511
非ポリマー3234
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5745
ポリマ－6,2511
非ポリマー3234
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4784
ポリマ－6,2511
非ポリマー2273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3823
ポリマ－6,2511
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4784
ポリマ－6,2511
非ポリマー2273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3823
ポリマ－6,2511
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.226, 66.593, 68.271
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1 / E3 SUMO-protein ligase MUL1 / E3 ubiquitin-protein ligase MUL1 / Growth inhibition and death E3 ...E3 SUMO-protein ligase MUL1 / E3 ubiquitin-protein ligase MUL1 / Growth inhibition and death E3 ligase / Mitochondrial-anchored protein ligase / MAPL / Putative NF-kappa-B-activating protein 266 / RING finger protein 218 / RING-type E3 ubiquitin transferase NFKB 1


分子量: 6251.479 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUL1, C1orf166, GIDE, MAPL, MULAN, RNF218 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q969V5, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.4 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.2837 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2837 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.795→50 Å / Num. obs: 25501 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 1.8→10 Å / Num. unique obs: 25501 / Rpim(I) all: 0.026

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3T6P

3t6p


解像度: 1.795→47.671 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 19.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2272 1287 5.05 %
Rwork0.1716 --
obs0.1744 25501 98.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 78.45 Å2 / Biso mean: 23.5384 Å2 / Biso min: 11.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.795→47.671 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2557 0 42 312 2911
Biso mean--42.57 30.1 -
残基数----338
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7951-1.8670.32291310.2793247392
1.867-1.9520.26391260.2383265798
1.952-2.05490.26581600.2163264899
2.0549-2.18360.26171540.1844264399
2.1836-2.35220.22081350.1722270599
2.3522-2.58890.25561420.17362703100
2.5889-2.96350.23761350.17612754100
2.9635-3.73350.23071450.14382748100
3.7335-100.17441590.14522883100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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