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- PDB-4o1w: Crystal Structure of Colwellia psychrerythraea cytochrome c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o1w
タイトルCrystal Structure of Colwellia psychrerythraea cytochrome c
要素Cytochrome c552
キーワードELECTRON TRANSPORT / cytochrome c
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cytochrome c552
類似検索 - 構成要素
生物種Colwellia psychrerythraea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Harvilla, P.B. / Wolcott, H.N. / Magyar, J.S. / Shapiro, L.S.
引用ジャーナル: Metallomics / 年: 2014
タイトル: The structure of ferricytochrome c552 from the psychrophilic marine bacterium Colwellia psychrerythraea 34H.
著者: Harvilla, P.B. / Wolcott, H.N. / Magyar, J.S.
履歴
登録2013年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Database references
改定 1.22014年6月18日Group: Database references
改定 2.02021年3月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c552
B: Cytochrome c552
C: Cytochrome c552
D: Cytochrome c552
E: Cytochrome c552
F: Cytochrome c552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,36615
ポリマ－49,3476
非ポリマー4,0199
水3,675204
1
A: Cytochrome c552
D: Cytochrome c552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7825
ポリマ－16,4492
非ポリマー1,3333
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area7420 Å2
手法PISA
2
B: Cytochrome c552
C: Cytochrome c552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7925
ポリマ－16,4492
非ポリマー1,3433
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area7560 Å2
手法PISA
3
E: Cytochrome c552
F: Cytochrome c552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7925
ポリマ－16,4492
非ポリマー1,3433
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area7700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.280, 45.043, 87.574
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome c552


分子量: 8224.474 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 22-100 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Colwellia psychrerythraea (バクテリア)
株: 34H / ATCC BAA-681 / 遺伝子: CPS_0313 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q48A34
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.75 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate, 50mM Tris, 5% trehalose, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9795
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月12日
放射モノクロメーター: BENT SINGLE SI(III) CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.95 Å / Num. obs: 34186 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 23.62 Å2
反射 シェル解像度: 2→19.95 Å / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CNO

1cno


解像度: 2→19.95 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 1720 5.04 %
Rwork0.17 --
obs0.172 34128 98.6 %
all-34496 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3375 0 277 204 3856
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0173777
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5275171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8841325
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075503
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009649
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0018-2.06060.21831010.16642525X-RAY DIFFRACTION92
2.0606-2.1270.22631460.16642664X-RAY DIFFRACTION98
2.127-2.2030.2251150.16782699X-RAY DIFFRACTION99
2.203-2.29110.23541440.17252698X-RAY DIFFRACTION99
2.2911-2.39520.2631520.18452674X-RAY DIFFRACTION99
2.3952-2.52120.24971460.19472695X-RAY DIFFRACTION99
2.5212-2.67880.24641360.19032695X-RAY DIFFRACTION99
2.6788-2.88510.25511560.19672705X-RAY DIFFRACTION100
2.8851-3.17440.26491620.20142736X-RAY DIFFRACTION100
3.1744-3.63130.21821560.1712746X-RAY DIFFRACTION100
3.6313-4.5660.17631550.13672736X-RAY DIFFRACTION100
4.566-19.94620.16731510.1542835X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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