[日本語] English
万見
- PDB-5e4v: Crystal structure of measles N0-P complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e4v
タイトルCrystal structure of measles N0-P complex
要素Nucleoprotein,Phosphoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / paramyxovirus / nucleocapsid protein / RNA-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell viral nucleoid / symbiont-mediated perturbation of host gene expression / positive regulation of viral transcription / helical viral capsid / Hsp70 protein binding / viral genome replication / molecular condensate scaffold activity / viral nucleocapsid / molecular adaptor activity / host cell cytoplasm ...host cell viral nucleoid / symbiont-mediated perturbation of host gene expression / positive regulation of viral transcription / helical viral capsid / Hsp70 protein binding / viral genome replication / molecular condensate scaffold activity / viral nucleocapsid / molecular adaptor activity / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase, phosphoprotein P, C-terminal XD, paramyxovirinae / Paramyxovirus structural protein P/V, N-terminal domain / Paramyxovirus structural protein V/P N-terminus / Paramyxovirus nucleocapsid protein / Paramyxovirus nucleocapsid protein / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoprotein / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Measles virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Guryanov, S.G. / Liljeroos, L. / Kasaragod, P. / Kajander, T. / Butcher, S.J.
資金援助 フィンランド, 6件
組織認可番号国
Academy of Finland139178 フィンランド
Academy of Finland275199 フィンランド
Sigrid Juselius Foundation フィンランド
Viikki Doctoral Programme in Molecular Biosciences フィンランド
Biocenter Finland フィンランド
Instruct National affiliate center フィンランド
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of the Measles Virus Nucleoprotein Core in Complex with an N-Terminal Region of Phosphoprotein.
著者: Guryanov, S.G. / Liljeroos, L. / Kasaragod, P. / Kajander, T. / Butcher, S.J.
履歴
登録2015年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein,Phosphoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4471
ポリマ－48,4471
非ポリマー00
水1629
1
A: Nucleoprotein,Phosphoprotein

A: Nucleoprotein,Phosphoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8942
ポリマ－96,8942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area6520 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area35760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.140, 91.140, 94.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein,Phosphoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 48446.988 Da / 分子数: 1
断片: nucleoprotein core domain with phosphoprotein binding peptide fused,nucleoprotein core domain with phosphoprotein binding peptide fused
由来タイプ: 組換発現
詳細: First residue remained from TEV cleavage site. Residues 2-389 correspond to measles nucleoprotein GenBank ID AAA18995.1 aa 21-408. Residues 390-437 correspond to measles phosphoprotein ...詳細: First residue remained from TEV cleavage site. Residues 2-389 correspond to measles nucleoprotein GenBank ID AAA18995.1 aa 21-408. Residues 390-437 correspond to measles phosphoprotein GenBank ID AAF85668.1 aa 1-48 (although the full sequence of the protein in our virus strain (Halonen strain) differs by D512N variation compared to AAF85668.1, the difference does not affect the part of the sequence used in the experiment).
由来: (組換発現) Measles virus (strain Edmonston B) (ウイルス), (組換発現) Measles virus (strain Edmonston-Moraten vaccine) (ウイルス)
株: Edmonston B, Edmonston-Moraten vaccine / 遺伝子: N, NP / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q89933, UniProt: Q77M42
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: PEG 4000, sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月24日 / 詳細: focused beam
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→94.07 Å / Num. obs: 12618 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 62.32 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 63741 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all
2.71-2.864.90.8931.6882518170.6370.45
8.57-94.074.50.032420624600.9980.015

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
xia20.3.8.0データ削減
xia20.3.8.0データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CO6

4co6


解像度: 2.71→78.93 Å / FOM work R set: 0.7854 / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2658 700 5.53 %Random selection
Rwork0.211 11956 --
obs0.214 12656 99.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.01 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.99 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 259.59 Å2 / Biso mean: 68.86 Å2 / Biso min: 21.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5982 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.5982 Å20 Å2
3----1.1965 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.71→78.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2975 0 0 9 2984
Biso mean---49.63 -
残基数----407
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053025
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9764117
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054496
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8021052
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.7101-2.91930.41251500.332423462496
2.9193-3.21310.28071260.252423462472
3.2131-3.67810.24781290.204923892518
3.6781-4.63390.26941540.178923772531
4.6339-78.9630.23611410.202724982639
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.47810.1882-0.42620.4983-0.29981.28630.0570.04080.0716-0.06350.1864-0.0169-0.15830.0862-0.18290.292-0.0185-0.00740.3296-0.03770.2708-1.519614.5882-24.775
21.4331-0.15730.660.92990.03930.3321-0.0662-0.01-0.0268-0.0739-0.05230.2120.0679-0.12570.07860.27090.05210.00440.351-0.02540.1797-40.626218.9853-19.4826
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 240:423A240 - 423
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 12:239A12 - 239

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る