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万見
- PDB-2gol: Xray Structure of Gag278 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gol
タイトルXray Structure of Gag278
要素
  • Capsid protein p24 (CA)
  • Matrix protein p17 (MA)
キーワードVIRAL PROTEIN / Viral Maturation / Immature / Gag / HIV-1
機能・相同性
機能・相同性情報


viral process / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...viral process / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral capsid / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunodeficiency lentiviruses, gag gene matrix protein p17 / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / : / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain ...Immunodeficiency lentiviruses, gag gene matrix protein p17 / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / : / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / DNA polymerase; domain 1 / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pol polyprotein / Gag protein / Gag protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kelly, B.N.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Implications for Viral Capsid Assembly from Crystal Structures of HIV-1 Gag 1-278 and CAN 133-278.
著者: Kelly, B.N. / Howard, B.R. / Wang, H. / Robinson, H. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P.
履歴
登録2006年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 3 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 3 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL MOLECULE IS ONE MATRIX PROTEIN CONNECTED TO ONE CAPSID PROTEIN. SINCE THERE IS NO ELECTRON DENSITY FOR THE LINKER BETWEEN THE MA DOMAIN AND EITHER CA DOMAIN THE AUTHORS ARE UNABLE TO DETERMINE WHICH CA SHOULD CONNECT TO MA.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein p17 (MA)
B: Capsid protein p24 (CA)
D: Capsid protein p24 (CA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6055
ポリマ－47,4133
非ポリマー1922
水4,936274
1
A: Matrix protein p17 (MA)
B: Capsid protein p24 (CA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3053
ポリマ－31,2092
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Capsid protein p24 (CA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3012
ポリマ－16,2051
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.027, 111.027, 113.427
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Matrix protein p17 (MA)


分子量: 15003.958 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-131 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 株: isolate New York-5 / 遺伝子: GAG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12497, UniProt: Q674X2*PLUS
#2: タンパク質 Capsid protein p24 (CA)


分子量: 16204.573 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal Domain (residues 132-277) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 株: isolate New York-5 / 遺伝子: GAG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12497, UniProt: Q4JL05*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.61 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 28% PEG 8000, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2511
シンクロトロンNSLS X12C20.97791
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2004年6月2日
ADSC QUANTUM 2102CCD2004年1月7日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.977911
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 34399 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / % possible all: 73.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→79.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 5.262 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25832 1703 5 %RANDOM
Rwork0.20251 ---
obs0.20527 32633 93.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.438 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.79 Å20 Å20 Å2
2---1.79 Å20 Å2
3---3.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→79.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2935 0 10 274 3219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0213009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1051.9414084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.6825369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.09124.586133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.77115534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.41519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1790.2451
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.21513
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.22097
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2080.2228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2430.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.240.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5961.51928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.58523011
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.55531262
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4414.51073
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 88 -
Rwork0.254 1834 -
obs--72.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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