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万見
- PDB-6m2c: Distinct mechanism of MUL1-RING domain simultaneously recruiting ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m2c
タイトルDistinct mechanism of MUL1-RING domain simultaneously recruiting E2 enzyme and the substrate p53-TAD domain
要素
  • Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
キーワードTRANSFERASE / MUL1-RING / Ube2d2 / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / negative regulation of defense response to virus by host / negative regulation of mitochondrial fusion / mitochondrion localization / positive regulation of protein sumoylation / positive regulation of dendrite extension / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of type 2 mitophagy / mitochondrial fission ...regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / negative regulation of defense response to virus by host / negative regulation of mitochondrial fusion / mitochondrion localization / positive regulation of protein sumoylation / positive regulation of dendrite extension / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of type 2 mitophagy / mitochondrial fission / regulation of mitochondrion organization / SUMO transferase activity / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of mitochondrial fission / cellular response to exogenous dsRNA / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein sumoylation / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of innate immune response / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / regulation of mitochondrial membrane potential / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Peroxisomal protein import / Regulation of TNFR1 signaling / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein modification process / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / p53 binding / KEAP1-NFE2L2 pathway / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / peroxisome / Downstream TCR signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein stabilization / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / axon / neuronal cell body / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
E3 Ubiquitin ligase MUL1-like / E3 Ubiquitin ligase / : / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues ...E3 Ubiquitin ligase MUL1-like / E3 Ubiquitin ligase / : / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.702 Å
データ登録者Lee, S.O. / Ryu, K.S. / Chi, S.-W.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: MUL1-RING recruits the substrate, p53-TAD as a complex with UBE2D2-UB conjugate.
著者: Lee, M.S. / Lee, S.O. / Choi, J. / Ryu, M. / Lee, M.K. / Kim, J.H. / Hwang, E. / Lee, C.K. / Chi, S.W. / Ryu, K.S.
履歴
登録2020年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
D: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
E: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
F: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
G: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
H: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,55016
ポリマ－92,0278
非ポリマー5238
水1,11762
1
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
E: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1384
ポリマ－23,0072
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
F: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1384
ポリマ－23,0072
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
G: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1384
ポリマ－23,0072
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
H: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1384
ポリマ－23,0072
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.207, 141.241, 68.047
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain B and segid B
31chain C and segid C
41chain D and segid D
12chain E and segid E
22chain F and segid F
32chain G and segid G
42chain H and segid H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain B and segid BB0
311chain C and segid CC0
411chain D and segid DD0
112chain E and segid EE0
212chain F and segid FF0
312chain G and segid GG0
412chain H and segid HH0

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / ...(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / Ubiquitin carrier protein D2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2(17)KB 2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-17 kDa 2 / Ubiquitin-protein ligase D2 / p53-regulated ubiquitin-conjugating enzyme 1


分子量: 16899.357 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2D2, PUBC1, UBC4, UBC5B, UBCH4, UBCH5B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P62837, E2 ubiquitin-conjugating enzyme, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: タンパク質
Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1 / E3 SUMO-protein ligase MUL1 / E3 ubiquitin-protein ligase MUL1 / Growth inhibition and death E3 ...E3 SUMO-protein ligase MUL1 / E3 ubiquitin-protein ligase MUL1 / Growth inhibition and death E3 ligase / Mitochondrial-anchored protein ligase / MAPL / Putative NF-kappa-B-activating protein 266 / RING finger protein 218 / RING-type E3 ubiquitin transferase NFKB 1


分子量: 6107.350 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUL1, C1orf166, GIDE, MAPL, MULAN, RNF218 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q969V5, RING-type E3 ubiquitin transferase
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 4% v/v Tacsimate pH 6.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 21200 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 40.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 2.167 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 107188
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.830.28717680.6180.1710.3371.06474.8
2.8-2.913.20.25918460.7540.1490.3011.16879
2.91-3.043.60.21919060.8720.1160.2491.30981.3
3.04-3.23.90.19320060.9210.0980.2181.53285.5
3.2-3.44.50.15321180.9640.0740.171.74889.3
3.4-3.664.90.12121700.9820.0560.1342.05792.5
3.66-4.035.60.09323090.990.0410.1022.3997.4
4.03-4.626.50.07223300.9950.030.0782.42899.5
4.62-5.8170.06623590.9960.0270.0722.45699.7
5.81-506.90.05423880.9980.0220.0592.88899.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3T6P, 2ESK

3t6p

2esk


解像度: 2.702→45.639 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 25.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2583 2000 9.44 %
Rwork0.2116 --
obs0.2159 21183 89.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 96.97 Å2 / Biso mean: 41.6533 Å2 / Biso min: 10.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.702→45.639 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6429 0 8 62 6499
Biso mean--33.42 34.87 -
残基数----816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066605
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2928986
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046992
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061157
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3612485
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2781X-RAY DIFFRACTION11.914TORSIONAL
12B2781X-RAY DIFFRACTION11.914TORSIONAL
13C2781X-RAY DIFFRACTION11.914TORSIONAL
14D2781X-RAY DIFFRACTION11.914TORSIONAL
21E1004X-RAY DIFFRACTION11.914TORSIONAL
22F1004X-RAY DIFFRACTION11.914TORSIONAL
23G1004X-RAY DIFFRACTION11.914TORSIONAL
24H1004X-RAY DIFFRACTION11.914TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.702-2.76930.36321150.3121110272
2.7693-2.84420.35961220.2806116978
2.8442-2.92790.3471260.2805121579
2.9279-3.02230.31151280.2586122481
3.0223-3.13030.3251340.2565128884
3.1303-3.25560.30391400.2463133388
3.2556-3.40380.25431420.2325137689
3.4038-3.58320.28121460.223139291
3.5832-3.80750.23531510.2027145896
3.8075-4.10140.2451550.1892148098
4.1014-4.51380.21451600.16921537100
4.5138-5.16610.21351600.16621541100
5.1661-6.50580.25131600.19461524100
6.5058-70.22581610.2056154499

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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