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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m0j | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain bound with ACE2 | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/HYDROLASE / spike / receptor binding / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / negative regulation of signaling receptor activity / regulation of vasoconstriction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / negative regulation of signaling receptor activity / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / carboxypeptidase activity / Attachment and Entry / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / viral life cycle / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / cilium / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / endocytic vesicle membrane / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / regulation of cell population proliferation / endopeptidase activity / Potential therapeutics for SARS / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / symbiont entry into host cell / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang, X. / Lan, J. / Ge, J. / Yu, J. / Shan, S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Structure of the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain bound to the ACE2 receptor. 著者: Lan, J. / Ge, J. / Yu, J. / Shan, S. / Zhou, H. / Fan, S. / Zhang, Q. / Shi, X. / Wang, Q. / Zhang, L. / Wang, X. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6m0j.cif.gz | 180.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6m0j.ent.gz | 137.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6m0j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/6m0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/6m0j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2ajfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AE
#1: タンパク質 | 分子量: 69982.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: Q9BYF1, angiotensin-converting enzyme 2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 25951.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2 |
-糖 , 1種, 5分子
#5: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 3種, 82分子
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.29 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES, PEG5000mme |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9796 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→95.18 Å / Num. obs: 47679 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.1 % / Biso Wilson estimate: 61.07 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 24.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 2.75 / Num. unique obs: 3454 / CC1/2: 0.661 / Rpim(I) all: 0.531 / Rrim(I) all: 2.802 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ajf 解像度: 2.45→53.105 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.78 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 134.27 Å2 / Biso mean: 65.8102 Å2 / Biso min: 37.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.45→53.105 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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