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- PDB-6m01: The structure of HitB-HitD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m01
タイトルThe structure of HitB-HitD complex
要素
  • Putative ACP
  • Putative ATP-dependent b-aminoacyl-ACP synthetase
キーワードLIGASE / hitachimycin / polyketide biosynthesis / carrier protein / adenylation / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
AMP-binding / : / ACP-like / ANL, N-terminal domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase ...AMP-binding / : / ACP-like / ANL, N-terminal domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9EF / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Putative ACP / Putative ATP-dependent b-aminoacyl-ACP synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Embleya scabrispora (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Miyanaga, A. / Kurihara, S. / Kudo, F. / Eguchi, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17K07747 日本
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Characterization of Complex of Adenylation Domain and Carrier Protein by Using Pantetheine Cross-Linking Probe.
著者: Miyanaga, A. / Kurihara, S. / Chisuga, T. / Kudo, F. / Eguchi, T.
履歴
登録2020年2月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ATP-dependent b-aminoacyl-ACP synthetase
B: Putative ACP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6475
ポリマ－70,7442
非ポリマー9033
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area24170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.090, 91.680, 73.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.970, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-945-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative ATP-dependent b-aminoacyl-ACP synthetase / HitB


分子量: 59662.750 Da / 分子数: 1 / 変異: D221C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Embleya scabrispora (バクテリア)
遺伝子: hitB / プラスミド: pCold I / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0F7R6G7
#2: タンパク質 Putative ACP / HitD


分子量: 11081.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Embleya scabrispora (バクテリア)
遺伝子: hitD / プラスミド: pCold I / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0F7R2R9

-
非ポリマー , 4種, 297分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-9EF / N-[2-(acetylamino)ethyl]-N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alaninamide


分子量: 383.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26N3O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Tris-HCl, sodium acetate, PEG 4000, PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月2日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 38673 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.569 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5619 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSdata processing
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JJQ

5jjq


解像度: 2→45.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.399 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.182
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1837 4.8 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.197 36829 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.18 Å2 / Biso mean: 35.77 Å2 / Biso min: 18.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.75 Å20 Å20.09 Å2
2--3.21 Å20 Å2
3----1.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→45.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4363 0 57 294 4714
Biso mean--47.98 41.64 -
残基数----568
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0134529
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.0174290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5661.6526164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2741.5829855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3675564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.34619.5260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.77315686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3311555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.2575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025131
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021035
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 146 -
Rwork0.313 2704 -
all-2850 -
obs--99.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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