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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lwo | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human NEIL1(R242, Y244H) bound to duplex DNA containing 2'-fluoro-2'-deoxy-5,6-dihydrouridine | |||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Base lesion / Oxidative DNA damage / DNA repair / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of nuclease activity / Defective Base Excision Repair Associated with NEIL1 / depyrimidination / DNA N-glycosylase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity ...negative regulation of nuclease activity / Defective Base Excision Repair Associated with NEIL1 / depyrimidination / DNA N-glycosylase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair, gap-filling / base-excision repair / chromosome / response to oxidative stress / damaged DNA binding / centrosome / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu, M.H. / Zhang, J. / Zhu, C.X. / Zhang, X.X. / Gao, Y.Q. / Yi, C.Q. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: DNA repair glycosylase hNEIL1 triages damaged bases via competing interaction modes. 著者: Liu, M. / Zhang, J. / Zhu, C. / Zhang, X. / Xiao, W. / Yan, Y. / Liu, L. / Zeng, H. / Gao, Y.Q. / Yi, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lwo.cif.gz | 399.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lwo.ent.gz | 320.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lwo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6lwo_validation.pdf.gz | 761.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6lwo_full_validation.pdf.gz | 769.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6lwo_validation.xml.gz | 34 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6lwo_validation.cif.gz | 47.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/6lwo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/6lwo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6lwaC 6lwbC 6lwcC 6lwdC 6lwfC 6lwgC 6lwhC 6lwiC 6lwjC 6lwkC 6lwlC 6lwmC 6lwnC 6lwpC 6lwqC 6lwrC 5ityS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33304.203 Da / 分子数: 3 / 変異: Y244H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEIL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q96FI4, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase #2: DNA鎖 | 分子量: 3908.528 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 詳細: Oligo DNA containing 2'-fluoro-2'-deoxy-5,6-dihydrouridine 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) #3: DNA鎖 | 分子量: 4016.623 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Complementary strand / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.5 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M cacodylic acid (pH 6.5), 0.1 M NaCl, 0.05 M MgCl2 and 18% (w/v) PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月25日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.48→50 Å / Num. obs: 47463 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 1.561 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 281914 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ITY 解像度: 2.51→36.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 17.579 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.376 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 165.11 Å2 / Biso mean: 75.438 Å2 / Biso min: 31.21 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.51→36.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.51→2.573 Å / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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