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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lwi | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human NEIL1(P2G, E3Q, R242) bound to duplex DNA containing dihydrothymine (DHT) | |||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Base lesion / Oxidative DNA damage / DNA repair (DNA修復) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of nuclease activity / Defective Base Excision Repair Associated with NEIL1 / depyrimidination / DNA N-glycosylase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity ...negative regulation of nuclease activity / Defective Base Excision Repair Associated with NEIL1 / depyrimidination / DNA N-glycosylase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / 塩基除去修復 / 染色体 / response to oxidative stress / damaged DNA binding / 中心体 / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu, M.H. / Zhang, J. / Zhu, C.X. / Zhang, X.X. / Gao, Y.Q. / Yi, C.Q. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: DNA repair glycosylase hNEIL1 triages damaged bases via competing interaction modes. 著者: Liu, M. / Zhang, J. / Zhu, C. / Zhang, X. / Xiao, W. / Yan, Y. / Liu, L. / Zeng, H. / Gao, Y.Q. / Yi, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lwi.cif.gz | 405.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lwi.ent.gz | 325.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lwi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/6lwi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/6lwi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6lwaC 6lwbC 6lwcC 6lwdC 6lwfC 6lwgC 6lwhC 6lwjC 6lwkC 6lwlC 6lwmC 6lwnC 6lwoC 6lwpC 6lwqC 6lwrC 5ityS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33288.184 Da / 分子数: 3 / 変異: P2G, E3Q, K242 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEIL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q96FI4, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase #2: DNA鎖 | 分子量: 3904.564 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Oligo DNA containing DHT / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) #3: DNA鎖 | 分子量: 4016.623 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Complementary strand / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M cacodylic acid (pH 6.5), 0.1 M NaCl, 0.05 M MgCl2 and 18% (w/v) PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月15日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 38106 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 0.962 / Net I/σ(I): 5.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ITY 解像度: 2.72→49.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 23.786 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.942 / ESU R Free: 0.334 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 170.07 Å2 / Biso mean: 59.21 Å2 / Biso min: 12.92 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.72→49.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.705→2.775 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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