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- PDB-6lwm: Crystal structure of human NEIL1(K242) bound to duplex DNA contai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lwm
タイトルCrystal structure of human NEIL1(K242) bound to duplex DNA containing 2'-fluoro-2'-deoxy-5,6-dihydrouridine
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(FDU)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*G)-3')
  • Endonuclease 8-like 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Base lesion / Oxidative DNA damage / DNA repair (DNA修復) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of nuclease activity / Defective Base Excision Repair Associated with NEIL1 / depyrimidination / DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine ...negative regulation of nuclease activity / Defective Base Excision Repair Associated with NEIL1 / depyrimidination / DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair, gap-filling / 塩基除去修復 / 染色体 / response to oxidative stress / damaged DNA binding / 中心体 / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Endonuclease VIII-like 1, DNA binding / Endonuclease VIII-like 1, DNA bind / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding / Ribosomal protein S13-like, H2TH
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Endonuclease 8-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Liu, M.H. / Zhang, J. / Zhu, C.X. / Zhang, X.X. / Gao, Y.Q. / Yi, C.Q.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91953201 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21825701 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: DNA repair glycosylase hNEIL1 triages damaged bases via competing interaction modes.
著者: Liu, M. / Zhang, J. / Zhu, C. / Zhang, X. / Xiao, W. / Yan, Y. / Liu, L. / Zeng, H. / Gao, Y.Q. / Yi, C.
履歴
登録2020年2月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease 8-like 1
B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(FDU)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*G)-3')
D: Endonuclease 8-like 1
E: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(FDU)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*G)-3')
G: Endonuclease 8-like 1
H: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(FDU)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')
I: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,77110
ポリマ－123,6799
非ポリマー921
水3,621201
1
A: Endonuclease 8-like 1
B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(FDU)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3184
ポリマ－41,2263
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area15930 Å2
手法PISA
2
D: Endonuclease 8-like 1
E: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(FDU)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2263
ポリマ－41,2263
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area16070 Å2
手法PISA
3
G: Endonuclease 8-like 1
H: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(FDU)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')
I: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2263
ポリマ－41,2263
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area16120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.693, 109.246, 170.868
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Endonuclease 8-like 1 / DNA glycosylase/AP lyase Neil1 / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase Neil1 / Endonuclease ...DNA glycosylase/AP lyase Neil1 / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase Neil1 / Endonuclease VIII-like 1 / FPG1 / Nei homolog 1 / NEH1 / Nei-like protein 1


分子量: 33301.219 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEIL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96FI4, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(FDU)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')


分子量: 3908.528 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: Oligo DNA containing 2'-fluoro-2'-deoxy-5,6-dihydrouridine
由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*G)-3')


分子量: 4016.623 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TAGACCTGGACGG / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.76 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M cacodylic acid (pH 6.5), 0.1 M NaCl, 0.05 M MgCl2 and 18% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→50 Å / Num. obs: 39614 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.44 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 198604
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.67-2.725.20.99219530.6930.4781.1031.3100
2.72-2.775.20.8719550.7410.4190.9671.31399.9
2.77-2.825.20.69119760.8210.3330.7681.344100
2.82-2.885.20.56219570.8710.2710.6251.374100
2.88-2.945.20.4519780.920.2160.51.35799.9
2.94-3.015.20.38219500.930.1840.4251.362100
3.01-3.085.20.29719620.960.1430.331.412100
3.08-3.175.20.21319720.9790.1020.2361.458100
3.17-3.265.20.16519740.9850.0790.1831.5599.9
3.26-3.365.20.13519850.9880.0650.151.58799.9
3.36-3.485.20.10919740.9920.0530.1211.5699.7
3.48-3.625.20.0919570.9950.0430.11.57499.5
3.62-3.795.10.07719770.9950.0370.0851.51399.6
3.79-3.9950.07419860.9950.0360.0821.4699.8
3.99-4.244.90.06919930.9950.0350.0781.41599.6
4.24-4.564.70.06319970.9950.0330.0721.4799.3
4.56-5.024.50.0619900.9950.0320.0691.49299
5.02-5.754.60.06119980.9950.0320.0691.38998.6
5.75-7.244.70.04620480.9980.0230.0511.37399.3
7.24-504.60.03720320.9970.0190.0421.50593.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ITY

5ity


解像度: 2.67→39.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 23.606 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.553 / ESU R Free: 0.314 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2582 2010 5.1 %RANDOM
Rwork0.2048 ---
obs0.2075 37542 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 182.49 Å2 / Biso mean: 81.369 Å2 / Biso min: 35.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.36 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.61 Å20 Å2
3---2.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.67→39.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5697 1575 6 201 7479
Biso mean--100.8 67.33 -
残基数----825
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0127603
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0186297
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6381.54210577
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3511.78414491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.6835733
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.33419.942344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.81115896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0031565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2909
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027697
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021881
LS精密化 シェル解像度: 2.672→2.741 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 137 -
Rwork0.305 2710 -
all-2847 -
obs--97.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1662.38350.23216.39291.87451.8235-0.19780.2030.0172-0.32470.2951-0.450.05010.0999-0.09720.0379-0.0060.05430.03450.04470.2445-8.711-8.76835.789
211.3977-4.012-3.03283.77250.75422.55480.35521.1582-0.2041-0.6011-0.3160.1119-0.08330.4163-0.03920.4401-0.01910.08660.4415-0.09170.5641-1.206-15.75519.851
37.1188-1.7849-1.010510.12373.27713.14540.0417-0.0664-0.2601-0.50370.2239-0.02540.3618-0.2563-0.26560.40070.00410.24690.46230.03970.50923.812-18.31320.215
45.6026-1.8462-0.05824.3252-0.31733.8681-0.2434-0.2744-0.38240.26170.11530.15440.1865-0.05330.1280.0720.03240.0440.0355-0.00610.157-29.4898.10451.444
58.77471.1187-4.4333.67870.43236.248-0.22-0.890.2720.64780.06970.3474-0.1-0.17140.15030.38570.1321-0.04390.44240.03190.275-35.84217.35866.252
68.16950.9733.19614.3373-0.572511.5657-0.2737-1.057-0.46620.99390.2758-0.0291-0.0308-0.268-0.00210.42050.18680.26090.44410.07910.4012-40.56115.50568.516
75.2592-0.0645-2.63242.0983-0.00514.17930.3116-0.0062-0.1422-0.4219-0.20390.0652-0.2804-0.1809-0.10770.9620.1309-0.07220.7719-0.16430.3232-43.2429.0474.455
89.2932-0.99733.16031.67710.95635.1357-0.05160.1012-1.0516-0.41230.1498-0.1307-0.220.0634-0.09820.8757-0.00810.03360.89050.07070.6224-36.896-6.255-0.789
98.89680.19091.5444.1815-2.0942.3341-0.0518-0.4188-0.57140.24630.17610.17060.3763-0.0337-0.12440.87110.08870.04180.9337-0.10090.6335-32.395-7.6961.571
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 290
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 13
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 13
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 290
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 13
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 13
7X-RAY DIFFRACTION7G2 - 289
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 13
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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