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万見
- PDB-6lvt: Solution structure of holo acyl carrier protein from Thermotoga m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lvt
タイトルSolution structure of holo acyl carrier protein from Thermotoga maritima
要素Acyl carrier protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / acyl carrier protein
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法溶液NMR / na
データ登録者Lee, Y. / Kim, Y.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)S201903S00006 韓国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Structural Characterization of an ACP from Thermotoga maritima : Insights into Hyperthermal Adaptation.
著者: Lee, Y. / Jang, A. / Jeong, M.C. / Park, N. / Park, J. / Lee, W.C. / Cheong, C. / Kim, Y.
履歴
登録2020年2月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl carrier protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9061
ポリマ－8,9061
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4910 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Acyl carrier protein / ACP


分子量: 8905.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: acpP / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WZD0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic12D 1H-15N HSQC
123isotropic12D 1H-13C HSQC
133isotropic13D HN(CA)CB
143isotropic13D CBCA(CO)NH
153isotropic13D HNCO
163isotropic13D C(CO)NH
173isotropic13D HBHA(CO)NH
183isotropic13D H(CCO)NH
191isotropic12D 1H-1H TOCSY
1101isotropic12D 1H-1H NOESY
1113isotropic13D 1H-15N NOESY
1123isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1133isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1142isotropic12D HSQC-DSSE(IPAP)
2152anisotropic12D HSQC-DSSE(IPAP)

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM ACP, 90% H2O/10% D2Onon-labeled sample90% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-99% 15N] ACP, 90% H2O/10% D2O15N sample90% H2O/10% D2O
solution30.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ACP, 90% H2O/10% D2O13C/15N sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMACPnatural abundance1
0.5 mMACP[U-99% 15N]2
0.5 mMACP[U-99% 13C; U-99% 15N]3
試料状態
Conditions-ID詳細Ionic strength unitsLabelpH圧 (kPa)温度 (K)
125mM MES, 5mM CaCl2, 5mM DTT, 50nM DSS, 0.5mg/mL NaN3Not definedbuffer6.11 atm298 K
25% acrylamide, 25mM MES, 5mM CaCl2, 5mM DTT, 50nM DSS, 0.5mg/mL NaN3Not definedpolyacrylamide gel6.11 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRFAM-SPARKYLee, Tonelli and Markleypeak picking
NMRFAM-SPARKYLee, Tonelli and Markleychemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
PONDEROSA-C/SLee, Cornilescu, Dashti, Eghbalnia, Tonelli, Westler, Butcher, Wildman-Henzler and Markley精密化
精密化手法: na / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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