PDB-2jo5: Tetrameric structure of KIA7F peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jo5

タイトル

Tetrameric structure of KIA7F peptide

要素

KIA7F

キーワード

DE NOVO PROTEIN / oligomer / prebiotic

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Lopez de la Osa, J. / Gonzalez, C. / Laurents, D.V. / Chakrabartty, A. / Bateman, D.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Getting specificity from simplicity in putative proteins from the prebiotic earth.
著者: Lopez de la Osa, J. / Bateman, D.A. / Ho, S. / Gonzalez, C. / Chakrabartty, A. / Laurents, D.V.

履歴

登録	2007年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jo5.cif.gz	221.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jo5.ent.gz	185.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jo5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/2jo5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/2jo5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jo4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jo4-d 6lvt-d 5h9h-1 4nj7-13 5zk4-3 2k52-d 6ak2-2 4nj7-10 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: KIA7F

B: KIA7F

C: KIA7F

D: KIA7F

7.42 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 250	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	KIA7F 分子量: 1854.286 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D DQF-COSY

-
試料調製

詳細

内容: 1mM protein, 10 mM sodium acetate, 200 mM sodium chloride, 0.005 mM DSS, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
10 mM	sodium acetate	1
200 mM	sodium chloride	1
0.005 mM	DSS	1

試料状態

pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 278 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX	Bruker	DMX	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
DYANA	1.5	Guntert, Braun and Wuthrich	構造決定
Amber	7	Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Koll	精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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