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万見
- PDB-6lus: Crystal structure of the Mengla Virus VP30 C-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lus
タイトルCrystal structure of the Mengla Virus VP30 C-terminal domain
要素Minor nucleoprotein VP30
キーワードVIRAL PROTEIN / VP30
機能・相同性Transcriptional activator VP30, Filoviridae type / Ebola virus-specific transcription factor VP30 / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / RNA binding / zinc ion binding / Transcriptional activator VP30
機能・相同性情報
生物種Mengla dianlovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Dong, S.S. / Wen, K.N. / Chu, H.G. / Wang, C.H. / Qin, X.C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the Mengla virus VP30 C-terminal domain.
著者: Dong, S. / Wen, K. / Chu, H. / Li, H. / Yu, Q. / Wang, C. / Qin, X.
履歴
登録2020年1月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Minor nucleoprotein VP30


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7431
ポリマ－14,7431
非ポリマー00
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.886, 73.886, 53.405
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

HOH

21A-340-

HOH

31A-341-

HOH

41A-424-

HOH

51A-434-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Minor nucleoprotein VP30


分子量: 14742.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mengla dianlovirus (ウイルス) / 遺伝子: VP30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3S8UVN5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.91 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Citric acid, Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 32952 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.9 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 56.96
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Num. unique obs: 1628 / CC1/2: 0.965

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T3W

5t3w


解像度: 1.4→30.401 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.05 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1822 1676 5.094 %
Rwork0.1768 --
all0.177 --
obs-32902 99.921 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 23.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.007 Å20.003 Å20 Å2
2--0.007 Å2-0 Å2
3----0.022 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→30.401 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数988 0 0 145 1133
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0121018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8371.6231387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2145134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.50423.54248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.54415185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.026155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02749
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.2744
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.160.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1610.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1521.892515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6232.834644
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2652.392503
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.2643.399739
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.10528.181618
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 138 -
Rwork0.221 2257 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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