PDB-6lu4: Crystal structure of the substrate binding protein from Microbact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lu4

タイトル

Crystal structure of the substrate binding protein from Microbacterium hydrocarbonoxydans complexed with propylparaben

要素

Substrate binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Complex

機能・相同性

propyl 4-hydroxybenzoate

機能・相同性情報

生物種

Microbacterium hydrocarbonoxydans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Shimamura, K. / Akiyama, T. / Yokoyama, K. / Takenoya, M. / Ito, S. / Sasaki, Y. / Yajima, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of substrate recognition by the substrate binding protein (SBP) of a hydrazide transporter, obtained from Microbacterium hydrocarbonoxydans.
著者: Shimamura, K. / Akiyama, T. / Yokoyama, K. / Takenoya, M. / Ito, S. / Sasaki, Y. / Yajima, S.

履歴

登録	2020年1月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2020年9月9日	Group: Structure summary / カテゴリ: entity / struct / Item: _entity.pdbx_description / _struct.pdbx_descriptor
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lu4.cif.gz	105.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lu4.ent.gz	77.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lu4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lu4_validation.pdf.gz	673.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lu4_full_validation.pdf.gz	677.2 KB	表示
XML形式データ	6lu4_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	6lu4_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6lu4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/6lu4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lu2C 6lu3SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lu3-d 3ipp-1 5yse-2 4pfd-2 7kz9-2 2wx2-1 3wri-2 5oel-2 4ze9-d 4ncr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Substrate binding protein

ヘテロ分子

53.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.083, 77.170, 121.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Substrate binding protein 分子量: 53585.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Microbacterium hydrocarbonoxydans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-36M / propyl 4-hydroxybenzoate / プロピルパラベン分子量: 180.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS GAT74979 FOR THE PROTEIN.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M sodium acetate 0.1 M sodium cacodylate, pH 7.5 30% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 12261 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.974 / R_merge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 35.4
反射シェル	解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 593 / CC_1/2: 0.794 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6LU3

6lu3

解像度: 2.8→47.743 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.394 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	618	5.053 %
R_work	0.2072	-	-
all	0.209	-	-
obs	-	12231	98.852 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.864 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.179 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.129 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.743 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3544	0	13	60	3617

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	3625
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	3267
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.359	1.645	4958
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.424	1.568	7567
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.668	5	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.148	23.029	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.854	15	523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.653	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	502
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4191
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	740
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	724
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.219	0.2	3133
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.156	0.2	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	1665
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.141	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.114	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.934	4.816	1923
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.934	4.815	1922
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.099	7.22	2402
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.099	7.221	2403
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.887	4.959	1702
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.886	4.958	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.171	7.377	2556
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.17	7.377	2557
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.87	56.689	3846
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.87	56.681	3847

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.799-2.872	0.309	44	0.277	833	X-RAY DIFFRACTION	97.7703
2.872-2.95	0.366	53	0.267	805	X-RAY DIFFRACTION	99.6516
2.95-3.036	0.341	41	0.273	791	X-RAY DIFFRACTION	99.4026
3.036-3.129	0.252	51	0.242	782	X-RAY DIFFRACTION	99.1667
3.129-3.231	0.23	36	0.235	754	X-RAY DIFFRACTION	99.1217
3.231-3.344	0.295	50	0.229	722	X-RAY DIFFRACTION	99.6129
3.344-3.47	0.293	26	0.234	721	X-RAY DIFFRACTION	99.2032
3.47-3.612	0.283	36	0.218	680	X-RAY DIFFRACTION	98.895
3.612-3.772	0.221	30	0.203	656	X-RAY DIFFRACTION	98.5632
3.772-3.955	0.233	37	0.19	621	X-RAY DIFFRACTION	98.3558
3.955-4.168	0.217	25	0.166	605	X-RAY DIFFRACTION	98.7461
4.168-4.42	0.182	38	0.162	563	X-RAY DIFFRACTION	98.8487
4.42-4.723	0.254	17	0.168	537	X-RAY DIFFRACTION	97.3638
4.723-5.1	0.221	23	0.19	518	X-RAY DIFFRACTION	98.3636
5.1-5.583	0.235	29	0.199	454	X-RAY DIFFRACTION	99.5876
5.583-6.236	0.239	28	0.194	418	X-RAY DIFFRACTION	98.6726
6.236-7.19	0.18	14	0.202	400	X-RAY DIFFRACTION	99.759
7.19-8.779	0.187	18	0.159	324	X-RAY DIFFRACTION	99.1304
8.779-12.304	0.194	11	0.187	268	X-RAY DIFFRACTION	98.9362
12.304-47.7	0.346	11	0.306	161	X-RAY DIFFRACTION	95.5556

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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