PDB-5yse: Crystal structure of beta-1,2-glucooligosaccharide binding protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yse

タイトル

Crystal structure of beta-1,2-glucooligosaccharide binding protein in complex with sophorotetraose

要素

Lin1841 protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / solute-binding protein / protein-carbohydrate complex / beta-1 / 2-glucooligosaccharide / sophorooligosaccharide / alpha/beta domain

機能・相同性

機能・相同性情報

maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria innocua serovar 6a

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Abe, K. / Nakajima, M. / Taguchi, H. / Arakawa, T. / Fushinobu, S.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and thermodynamic insights into beta-1,2-glucooligosaccharide capture by a solute-binding protein inListeria innocua.
著者: Abe, K. / Sunagawa, N. / Terada, T. / Takahashi, Y. / Arakawa, T. / Igarashi, K. / Samejima, M. / Nakai, H. / Taguchi, H. / Nakajima, M. / Fushinobu, S.

履歴

登録	2017年11月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yse.cif.gz	340.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yse.ent.gz	277 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yse.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5yse_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yse_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5yse_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	5yse_validation.cif.gz	29.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/5yse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/5yse	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ysbSC 5ysdC 5ysfC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ysd-1 5ysf-2 7c6x-8 7c6z-1 6dtq-3 6dna-1 4kp1-d 6g83-2 2zym-d 5ysf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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類似性 (1)

登録構造単位

A: Lin1841 protein

B: Lin1841 protein

ヘテロ分子

90.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Lin1841 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
45.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lin1841 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	36.014, 63.280, 87.451
Angle α, β, γ (deg.)	89.99, 82.24, 86.08
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	9 - 393
2	0	1	0	B	9 - 393

#1: タンパク質

Lin1841 protein / beta-1 / 2-glucooligosaccharide binding protein

分子量: 44582.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Listeria innocua serovar 6a (strain ATCC BAA-680 / CLIP 11262) (バクテリア)
株: ATCC BAA-680 / CLIP 11262 / 遺伝子: lin1841 / プラスミド: pET30a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92AS8

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2-2-2/a2-b1_b2-c1_c2-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL

分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM

#4: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION

分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.65 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3 / 詳細: 0.1M MES-NaOH, pH 5.3, 42% (v/v) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月28日
放射	モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 98051 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 20.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.737 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4453 / CC_1/2: 0.617 / R_pim(I) all: 0.474 / % possible all: 87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		data processing
MOLREP		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YSB

5ysb

解像度: 1.6→43.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18763	4783	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1575	-	-	-
obs	0.15902	92359	96.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.917 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	-0.01 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.6→43.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6124	0	115	632	6871

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.02	6430
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	5825
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.855	1.974	8726
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.626	3	13649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.959	5	780
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.468	25.69	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.559	15	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.856	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	952
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	7021
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.016	0.02	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.007	1.435	3105
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.007	1.436	3104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.502	2.149	3881
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.502	2.149	3882
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.631	1.642	3325
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.631	1.643	3326
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.451	2.384	4843
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.385	18.371	7512
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.385	18.378	7513
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 26248 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	320	-
R_work	0.265	6762	-
obs	-	-	94.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7597	0.1348	-0.2412	7.2841	-0.4162	3.2545	0.0271	0.0165	-0.1161	-0.2429	0.0729	0.2342	0.1314	-0.178	-0.0999	0.0208	-0.0344	-0.0021	0.1218	-0.0308	0.1866	-9.621	-19.017	-3.65
2	0.1841	0.584	-0.3315	6.7534	1.3474	2.0311	0.0206	-0.0098	-0.0196	-0.0207	-0.1283	0.4582	-0.0943	-0.0264	0.1077	0.0076	-0.0164	0.004	0.1081	-0.0349	0.1931	-10.218	-15.234	2.5
3	0.7096	0.4757	0.119	3.0473	0.3915	0.807	0.2416	-0.1912	-0.1773	0.7424	-0.157	-0.2806	0.1615	0.0056	-0.0845	0.2264	-0.0856	-0.067	0.1251	0.0155	0.1481	-0.982	-13.324	11.269
4	7.2052	-6.3357	-1.9974	12.7146	0.9966	10.9928	0.2403	-0.2612	-0.3719	-0.2885	-0.0886	-0.0679	0.2413	0.3095	-0.1517	0.0324	0.0027	-0.0561	0.0534	-0.0025	0.1728	11.265	-23.861	2.711
5	5.4365	4.5731	3.598	6.3428	2.3103	8.0228	0.079	0.3092	-0.5527	-0.1379	0.1273	-0.534	0.4064	0.6168	-0.2062	0.0383	0.0324	0.0329	0.123	-0.0416	0.2385	11.499	-14.936	-5
6	0.6261	-0.3409	0.2861	3.3196	-1.0194	0.8217	-0.0217	-0.0132	-0.0581	0.151	-0.0058	-0.2557	-0.0304	0.0267	0.0275	0.0278	-0.0276	0.0158	0.1305	-0.0481	0.172	3.258	-1.348	-3.026
7	4.0574	-0.3273	3.745	2.3557	-1.468	6.5528	-0.0791	0.2686	0.1822	-0.2858	0.0396	-0.0108	-0.0399	0.2185	0.0395	0.0579	-0.0409	0.0368	0.1141	-0.0191	0.1552	2.084	21.218	-12.316
8	1.2444	-0.027	0.5255	2.6349	-0.7065	0.8213	-0.0156	-0.0605	0.171	0.0949	0.0175	0.2048	-0.0898	-0.0474	-0.0018	0.0357	-0.0206	0.0453	0.1078	-0.0681	0.1652	-5.076	17.966	-1.823
9	1.4422	0.2361	-0.2094	2.7615	0.2831	5.7225	0.0238	-0.2389	-0.0923	0.5111	-0.1053	-0.4205	0.3082	0.3257	0.0814	0.1155	-0.033	-0.0594	0.1585	-0.0307	0.191	12.778	9.721	11.91
10	1.7592	-0.2509	0.8878	1.7006	-0.0628	1.1734	0.0271	-0.0782	0.1723	0.1977	-0.0605	-0.025	-0.1147	0.0004	0.0333	0.0572	-0.0346	0.0351	0.1261	-0.0745	0.1467	-0.571	19.728	6.043
11	4.2095	1.4022	-2.2831	0.5432	-1.3903	6.927	-0.1529	0.1119	-0.0855	-0.0495	0.0332	-0.0157	0.1323	-0.2632	0.1197	0.0188	-0.0307	0.0265	0.1267	-0.0612	0.1931	-15.431	11.942	-7.693
12	1.668	-0.4513	0.2071	2.0729	0.247	0.3564	-0.0042	0.0924	-0.0316	0.0092	-0.0004	0.1195	0.0053	-0.0706	0.0047	0.0157	-0.0376	0.0342	0.1302	-0.0466	0.1385	-8.185	6.369	-9.8
13	3.3986	0.4479	1.874	1.2708	0.0423	2.5868	-0.0169	0.1258	0.0344	-0.0974	0.0174	-0.0644	-0.0487	0.0221	-0.0005	0.0286	-0.0208	0.0421	0.1245	-0.0509	0.1554	1.741	12.078	-10.236
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25	0.5731	-0.0699	-0.4561	4.4943	1.8956	2.9703	0.0165	0.0018	0.0352	-0.1683	-0.0486	0.3101	0.1852	-0.2694	0.0322	0.1242	-0.0541	-0.0287	0.1568	-0.0233	0.0958	-17.775	-12.906	-45.334
26	2.6404	-1.6141	-6.299	5.9158	2.8591	15.5549	-0.1155	0.1082	-0.1461	-0.0864	-0.1622	0.1964	0.6387	-0.3194	0.2777	0.3545	-0.1111	-0.0257	0.0995	-0.0636	0.0896	-19.294	-34.02	-53.845
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33	3.6293	2.2226	2.8896	8.9209	4.8528	13.8392	-0.0305	0.1201	0.3486	-1.0403	-0.0405	0.3481	-0.877	-0.1393	0.071	0.2808	0.0913	-0.0341	0.0474	0.0009	0.0472	-17	5.867	-50.937
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39	13.5763	0.1989	-9.5114	3.4995	-0.4633	6.9429	-0.6783	-0.2089	-0.587	1.1253	0.2053	-0.2578	0.7771	0.1653	0.473	1.1987	0.0775	-0.1477	0.2363	-0.0004	0.1965	-10.1	-33.541	-26.376
40	1.2597	-4.3122	-1.0111	15.964	4.9426	4.283	-0.0482	-0.0844	0.0267	0.2637	0.285	0.1608	0.7759	0.0815	-0.2367	0.3523	-0.0669	-0.1112	0.2083	-0.0388	0.2595	-14.559	-14.699	-17.417

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	35 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	59 - 77
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	78 - 109
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	110 - 116
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	117 - 130
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	131 - 158
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	159 - 172
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	173 - 203
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	204 - 222
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	223 - 245
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	246 - 258
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	259 - 278
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	279 - 296
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	297 - 310
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	311 - 330
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	331 - 362
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	363 - 372
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	373 - 408
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	409 - 417
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	418 - 421
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	36 - 67
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	68 - 110
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	111 - 115
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	116 - 130
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	131 - 159
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	160 - 170
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	171 - 181
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	182 - 189
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	190 - 234
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	235 - 261
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	262 - 310
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	363 - 373
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	374 - 392
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	393 - 401
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	402 - 422

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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