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万見
- PDB-6ltj: Structure of nucleosome-bound human BAF complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ltj
タイトルStructure of nucleosome-bound human BAF complex
要素
  • (DNA (119-MER)) x 2
  • (SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily ...) x 3
  • AT-rich interactive domain-containing protein 1A
  • Actin, cytoplasmic 1
  • Actin-like protein 6A
  • Histone H2A type 1
  • Histone H2B
  • Histone H3.3
  • Histone H4
  • SWI/SNF complex subunit SMARCC2
  • Transcription activator BRG1
  • Zinc finger protein ubi-d4
キーワードGENE REGULATION / Chromatin remodeler / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of myeloid progenitor cell differentiation / single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / positive regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / bBAF complex / cellular response to cytochalasin B / histone H4K16ac reader activity ...negative regulation of myeloid progenitor cell differentiation / single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / positive regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / bBAF complex / cellular response to cytochalasin B / histone H4K16ac reader activity / neural retina development / npBAF complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / histone H3K14ac reader activity / nBAF complex / brahma complex / blastocyst hatching / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / regulation of transepithelial transport / nucleosome array spacer activity / N-acetyltransferase activity / hepatocyte differentiation / Formation of annular gap junctions / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / morphogenesis of a polarized epithelium / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / Gap junction degradation / GBAF complex / Folding of actin by CCT/TriC / regulation of G0 to G1 transition / protein localization to adherens junction / Cell-extracellular matrix interactions / dense body / Tat protein binding / postsynaptic actin cytoskeleton / XY body / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / Ino80 complex / blastocyst formation / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / RSC-type complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / cellular response to fatty acid / host-mediated activation of viral transcription / regulation of double-strand break repair / regulation of nucleotide-excision repair / Adherens junctions interactions / RHOF GTPase cycle / adherens junction assembly / nucleosome disassembly / apical protein localization / germ cell nucleus / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Interaction between L1 and Ankyrins / tight junction / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / positive regulation of T cell differentiation / nuclear androgen receptor binding / apical junction complex / nuclear chromosome / spinal cord development / positive regulation of double-strand break repair / maintenance of blood-brain barrier / regulation of norepinephrine uptake / regulation of chromosome organization / nitric-oxide synthase binding / transporter regulator activity / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / cortical cytoskeleton / NuA4 histone acetyltransferase complex / establishment or maintenance of cell polarity / positive regulation of stem cell population maintenance / Recycling pathway of L1 / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of DNA replication / brush border / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of embryonic development / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / kinesin binding / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / regulation of synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of myoblast differentiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / RHO GTPases activate IQGAPs / regulation of DNA repair / regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Chromatin modifying enzymes / DNA polymerase binding / neurogenesis / EPHB-mediated forward signaling / cytoskeleton organization / substantia nigra development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling
類似検索 - 分子機能
SWI/SNF-like complex subunit BAF250a / SWI/SNF-like complex subunit BAF250/Osa / SWI/SNF-like complex subunit BAF250, C-terminal / SWI/SNF-like complex subunit BAF250/Osa / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1 / SWIB domain / SWI complex, BAF60b domains / DPF1-3, N-terminal domain / SMARCC, SWIRM-associated domain / SMARCC, N-terminal ...SWI/SNF-like complex subunit BAF250a / SWI/SNF-like complex subunit BAF250/Osa / SWI/SNF-like complex subunit BAF250, C-terminal / SWI/SNF-like complex subunit BAF250/Osa / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1 / SWIB domain / SWI complex, BAF60b domains / DPF1-3, N-terminal domain / SMARCC, SWIRM-associated domain / SMARCC, N-terminal / : / DPF1-3, N-terminal / SWIRM-associated domain at the N-terminal / SWIRM-associated domain at the C-terminal / MarR-like, BRCT and chromo domains module profile. / : / SWI/SNF Subunit INI1, DNA binding domain / SWI/SNF complex subunit BRG1 / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / domain in helicases and associated with SANT domains / HSA domain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / HMG (high mobility group) box / SANT domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Histone, subunit A / SANT domain / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Histone, subunit A / Myb-like DNA-binding domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / zinc finger / PHD-finger / BRCT domain superfamily / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger C2H2 superfamily / Actin / Actin family / Actin / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger C2H2-type / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / AT-rich interactive domain-containing protein 1A / Actin-like protein 6A / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4 / Actin, cytoplasmic 1 / Histone H4 ...DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / AT-rich interactive domain-containing protein 1A / Actin-like protein 6A / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4 / Actin, cytoplasmic 1 / Histone H4 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 / Histone H3.3 / SWI/SNF complex subunit SMARCC2 / Histone H2B / Zinc finger protein ubi-d4 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者He, S. / Wu, Z. / Tian, Y. / Yu, Z. / Yu, J. / Wang, X. / Li, J. / Liu, B. / Xu, Y.
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structure of nucleosome-bound human BAF complex.
著者: Shuang He / Zihan Wu / Yuan Tian / Zishuo Yu / Jiali Yu / Xinxin Wang / Jie Li / Bijun Liu / Yanhui Xu /
要旨: Mammalian SWI/SNF family chromatin remodelers, BRG1/BRM-associated factor (BAF) and polybromo-associated BAF (PBAF), regulate chromatin structure and transcription, and their mutations are linked to ...Mammalian SWI/SNF family chromatin remodelers, BRG1/BRM-associated factor (BAF) and polybromo-associated BAF (PBAF), regulate chromatin structure and transcription, and their mutations are linked to cancers. The 3.7-angstrom-resolution cryo-electron microscopy structure of human BAF bound to the nucleosome reveals that the nucleosome is sandwiched by the base and the adenosine triphosphatase (ATPase) modules, which are bridged by the actin-related protein (ARP) module. The ATPase motor is positioned proximal to nucleosomal DNA and, upon ATP hydrolysis, engages with and pumps DNA along the nucleosome. The C-terminal α helix of SMARCB1, enriched in positively charged residues frequently mutated in cancers, mediates interactions with an acidic patch of the nucleosome. AT-rich interactive domain-containing protein 1A (ARID1A) and the SWI/SNF complex subunit SMARCC serve as a structural core and scaffold in the base module organization, respectively. Our study provides structural insights into subunit organization and nucleosome recognition of human BAF complex.
履歴
登録2020年1月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / database_2
Item: _audit_author.name / _citation.journal_volume ..._audit_author.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0974
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3.3
B: Histone H4
C: Histone H2A type 1
D: Histone H2B
E: Histone H3.3
F: Histone H4
G: Histone H2A type 1
H: Histone H2B
I: Transcription activator BRG1
J: Actin-like protein 6A
K: Actin, cytoplasmic 1
L: AT-rich interactive domain-containing protein 1A
M: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
N: SWI/SNF complex subunit SMARCC2
O: SWI/SNF complex subunit SMARCC2
P: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1
Q: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1
R: Zinc finger protein ubi-d4
X: DNA (119-MER)
Y: DNA (119-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,038,93321
ポリマ－1,038,86820
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 10種, 15分子 AEBFCGDHIJKLNOR

#1: タンパク質 Histone H3.3


分子量: 15360.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6PI79
#2: タンパク質 Histone H4


分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P62799
#3: タンパク質 Histone H2A type 1


分子量: 13993.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06897
#4: タンパク質 Histone H2B


分子量: 13873.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: H2B / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q92131, UniProt: P02281*PLUS
#5: タンパク質 Transcription activator BRG1 / ATP-dependent helicase SMARCA4 / BRG1-associated factor 190A / BAF190A


分子量: 184923.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P51532, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#6: タンパク質 Actin-like protein 6A / Actin-related protein Baf53a / ArpNbeta / BRG1-associated factor 53A / BAF53A


分子量: 45236.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACTL6A, BAF53, BAF53A / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O96019
#7: タンパク質 Actin, cytoplasmic 1 / Beta-actin


分子量: 41782.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACTB / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60709
#8: タンパク質 AT-rich interactive domain-containing protein 1A / ARID domain-containing protein 1A / B120 / BRG1-associated factor 250 / BAF250 / BRG1-associated ...ARID domain-containing protein 1A / B120 / BRG1-associated factor 250 / BAF250 / BRG1-associated factor 250a / BAF250A


分子量: 142316.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARID1A, BAF250, BAF250A / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14497
#10: タンパク質 SWI/SNF complex subunit SMARCC2 / BRG1-associated factor 170 / BAF170


分子量: 133048.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCC2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAQ2
#13: タンパク質 Zinc finger protein ubi-d4 / Apoptosis response zinc finger protein / BRG1-associated factor 45D / BAF45D


分子量: 32781.926 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-100, UNP residues 209-391 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPF2, BAF45D / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92785

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SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily ... , 3種, 3分子 MPQ

#9: タンパク質 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 / BRG1-associated factor 47 / BAF47


分子量: 38015.094 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-113, UNP residues 172-385 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCB1, BAF47 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12824
#11: タンパク質 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1


分子量: 58311.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCD1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96GM5
#12: タンパク質 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1


分子量: 46710.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCE1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q969G3

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DNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#14: DNA鎖 DNA (119-MER)


分子量: 36520.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#15: DNA鎖 DNA (119-MER)


分子量: 36929.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 1種, 1分子

#16: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Structure of nucleosome-bound human BAF complexCOMPLEX#1-#150RECOMBINANT
2NucleosomeCOMPLEX#1-#4, #14-#151RECOMBINANT
3BAFCOMPLEX#5-#131RECOMBINANT
分子量単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Xenopus calcaratus (カエル)451444
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株細胞
22Escherichia coli BL21 (大腸菌)511693BL21
33Homo sapiens (ヒト)9606HEK293T
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 3.0.8 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 320658 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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