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- PDB-6lta: Crystal Structure of Nonribosomal peptide synthetases (NRPS), Fmo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lta
タイトルCrystal Structure of Nonribosomal peptide synthetases (NRPS), FmoA3 (S1046A)
要素Nonribosomal peptide synthetase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Nonribosomal peptide synthetases (NRPS) / JBIR-34 and -35
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / catalytic activity / antibiotic biosynthetic process / acyl carrier activity / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AMP-binding / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain ...AMP-binding / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACRYLIC ACID / Phenyloxazoline synthase MbtB
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. Sp080513GE-23 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Senda, T. / Harada, A.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP17H05432 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17J09750 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)BINDS1146 日本
引用ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2021
タイトル: Structural and Functional Analyses of the Tridomain-Nonribosomal Peptide Synthetase FmoA3 for 4-Methyloxazoline Ring Formation.
著者: Yohei Katsuyama / Kaoru Sone / Ayaka Harada / Seiji Kawai / Naoki Urano / Naruhiko Adachi / Toshio Moriya / Masato Kawasaki / Kazuo Shin-Ya / Toshiya Senda / Yasuo Ohnishi /
要旨: Nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) are attractive targets for bioengineering to generate useful peptides. FmoA3 is a single modular NRPS composed of heterocyclization (Cy), adenylation (A), and ...Nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) are attractive targets for bioengineering to generate useful peptides. FmoA3 is a single modular NRPS composed of heterocyclization (Cy), adenylation (A), and peptidyl carrier protein (PCP) domains. It uses α-methyl-l-serine to synthesize a 4-methyloxazoline ring, probably with another Cy domain in the preceding module FmoA2. Here, we determined the head-to-tail homodimeric structures of FmoA3 by X-ray crystallography (apo-form, with adenylyl-imidodiphosphate and α-methyl-l-seryl-AMP) and cryogenic electron microscopy single particle analysis, and performed site-directed mutagenesis experiments. The data revealed that α-methyl-l-serine can be accommodated in the active site because of the extra space around Ala688. The Cy domains of FmoA2 and FmoA3 catalyze peptide bond formation and heterocyclization, respectively. FmoA3's Cy domain seems to lose its donor PCP binding activity. The collective data support a proposed catalytic cycle of FmoA3.
履歴
登録2020年1月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nonribosomal peptide synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,3162
ポリマ－125,2441
非ポリマー721
水4,179232
1
A: Nonribosomal peptide synthetase
ヘテロ分子

A: Nonribosomal peptide synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,6324
ポリマ－250,4872
非ポリマー1442
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)103.355, 167.650, 194.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Nonribosomal peptide synthetase


分子量: 125243.695 Da / 分子数: 1 / 変異: S1046A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. Sp080513GE-23 (バクテリア)
遺伝子: fmoA3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A077JG85
#2: 化合物 ChemComp-AKR / ACRYLIC ACID / アクリル酸


分子量: 72.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 8.0, and 25%Poly(acrylic acid sodium salt) 5,100

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月25日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→49.16 Å / Num. obs: 62173 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.2 % / Biso Wilson estimate: 42.53 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 1.694 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4539 / CC1/2: 0.746 / Rpim(I) all: 0.446

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VSQ, 5T7Z, 5U89, 5ES5

2vsq

5t7z

5u89

5es5


解像度: 2.45→49.16 Å / SU ML: 0.2774 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.5934
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2155 3258 5.24 %
Rwork0.1798 58865 -
obs0.1817 62123 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→49.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7049 0 5 232 7286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087276
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90489964
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511134
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00621321
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.05775908
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.490.29261340.24992517X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.530.29931410.24552548X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.570.28891590.23162485X-RAY DIFFRACTION99.96
2.57-2.610.32941430.23422534X-RAY DIFFRACTION99.96
2.61-2.660.31061310.23552578X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.710.27041290.22832518X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.770.27061530.22812512X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.830.26411220.22932571X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.890.24251380.21342565X-RAY DIFFRACTION100
2.89-2.960.28681100.21462533X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.040.21491300.21482578X-RAY DIFFRACTION99.96
3.04-3.130.26541520.21962524X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.230.24771790.20782514X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.350.26591520.20042537X-RAY DIFFRACTION99.96
3.35-3.480.21981070.20162578X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.640.20931190.1872594X-RAY DIFFRACTION100
3.64-3.830.20571600.16542548X-RAY DIFFRACTION100
3.83-4.070.19461560.15692549X-RAY DIFFRACTION99.96
4.07-4.390.17111540.13572556X-RAY DIFFRACTION100
4.39-4.830.18931410.13262579X-RAY DIFFRACTION100
4.83-5.530.1781610.14152585X-RAY DIFFRACTION100
5.53-6.960.17281440.1692630X-RAY DIFFRACTION100
6.96-49.160.16571430.15372732X-RAY DIFFRACTION99.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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