PDB-6low: crystal structure of alpha-momorcharin in complex with GMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6low

タイトル

crystal structure of alpha-momorcharin in complex with GMP

要素

Ribosome-inactivating protein momordin I

キーワード

PLANT PROTEIN / alpha-momorcharin / ribosome-inactivating protein / rRNA N-glycosidase / GMP

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Momordica charantia (ゴーヤ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.39 Å

データ登録者

Fan, X. / Jin, T.

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Atomic-resolution structures of type I ribosome inactivating protein alpha-momorcharin with different substrate analogs.
著者: Fan, X. / Wang, Y. / Guo, F. / Zhang, Y. / Jin, T.

履歴

登録	2020年1月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6low.cif.gz	106.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6low.ent.gz	77.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6low.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6low_validation.pdf.gz	793.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6low_full_validation.pdf.gz	796.1 KB	表示
XML形式データ	6low_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	6low_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/6low ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/6low	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6loqC 6lorC 6lovC 6loyC 6lozC 6lp0C 1f8qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ahb-d 1aha-d 5gu4-1 4dwm-d 2wk0-2 4zu0-d 4yp2-d 4fxa-d 4lwx-d 4lro-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (9) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (9) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribosome-inactivating protein momordin I

ヘテロ分子

32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.920, 130.920, 36.832
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質

Ribosome-inactivating protein momordin I / Alpha-momorcharin / Alpha-MMC / rRNA N-glycosidase

分子量: 31562.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GMP / 由来: (天然)

Momordica charantia (ゴーヤ) / 参照: UniProt: P16094, rRNA N-glycosylase

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP

分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.39→50 Å / Num. obs: 45100 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 1.39→1.44 Å / R_merge(I) obs: 0.797 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4698 / CC_1/2: 0.747

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1F8Q

1f8q

解像度: 1.39→23.927 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 2.379 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2096	2265	5.022 %
R_work	0.1833	-	-
all	0.185	-	-
obs	-	45100	94.943 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.826 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.447 Å²	-0.223 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.447 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.449 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.39→23.927 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1932	0	38	204	2174

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1923
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.725	1.672	2788
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.516	1.584	4447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.871	5	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.591	21.442	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.191	15	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.543	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2279
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	435
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	402
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	913
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.078	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.078	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.209	2.006	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.201	2.004	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.761	3.011	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.761	3.013	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.177	2.378	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.178	2.377	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.349	3.474	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.348	3.475	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.713	25.451	2347
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.712	25.45	2348

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.39-1.425	0.282	200	0.268	3256	X-RAY DIFFRACTION	98.7147
1.425-1.464	0.289	174	0.242	3242	X-RAY DIFFRACTION	99.883
1.464-1.506	0.227	173	0.225	3159	X-RAY DIFFRACTION	99.5221
1.506-1.553	0.227	167	0.204	3021	X-RAY DIFFRACTION	99.2528
1.553-1.604	0.22	154	0.186	2952	X-RAY DIFFRACTION	98.7914
1.604-1.66	0.204	146	0.184	2858	X-RAY DIFFRACTION	98.1058
1.66-1.722	0.21	138	0.181	2690	X-RAY DIFFRACTION	97.6857
1.722-1.793	0.176	111	0.178	2613	X-RAY DIFFRACTION	96.974
1.793-1.872	0.209	128	0.183	2498	X-RAY DIFFRACTION	96.1905
1.872-1.964	0.213	137	0.181	2277	X-RAY DIFFRACTION	94.0031
1.964-2.07	0.199	124	0.171	2174	X-RAY DIFFRACTION	93.6812
2.07-2.195	0.206	96	0.167	2055	X-RAY DIFFRACTION	92.6357
2.195-2.347	0.197	118	0.173	1906	X-RAY DIFFRACTION	92.674
2.347-2.534	0.195	98	0.171	1779	X-RAY DIFFRACTION	93.5693
2.534-2.776	0.21	85	0.171	1714	X-RAY DIFFRACTION	95.1348
2.776-3.103	0.186	73	0.186	1518	X-RAY DIFFRACTION	94.2536
3.103-3.581	0.243	60	0.179	1287	X-RAY DIFFRACTION	90.7682
3.581-4.383	0.171	34	0.167	933	X-RAY DIFFRACTION	76.6852
4.383-6.185	0.198	36	0.208	667	X-RAY DIFFRACTION	71.8814
6.185-10	0.378	13	0.276	236	X-RAY DIFFRACTION	46.4552

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -0.7302 Å / Origin y: 24.0419 Å / Origin z: 0.0397 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0179 Å²	-0.0047 Å²	0.009 Å²	-	0.0055 Å²	-0.0034 Å²	-	-	0.0082 Å²
L	0.2442 °²	0.1935 °²	0.1123 °²	-	0.381 °²	0.1699 °²	-	-	0.1831 °²
S	0.0021 Å °	-0.0269 Å °	0.0209 Å °	-0.0276 Å °	-0.007 Å °	0.0202 Å °	-0.0118 Å °	-0.0179 Å °	0.0049 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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