PDB-6lov: crystal structure of alpha-momorcharin in complex with xanthosine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lov

タイトル

crystal structure of alpha-momorcharin in complex with xanthosine

要素

Ribosome-inactivating protein momordin I

キーワード

PLANT PROTEIN / alpha-momorcharin / ribosome-inactivating protein / rRNA N-glycosidase / xanthosine

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Momordica charantia (ゴーヤ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Fan, X. / Jin, T.

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Atomic-resolution structures of type I ribosome inactivating protein alpha-momorcharin with different substrate analogs.
著者: Fan, X. / Wang, Y. / Guo, F. / Zhang, Y. / Jin, T.

履歴

登録	2020年1月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lov.cif.gz	108.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lov.ent.gz	78.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lov.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lov_validation.pdf.gz	865.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lov_full_validation.pdf.gz	868.5 KB	表示
XML形式データ	6lov_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	6lov_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/6lov ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/6lov	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6loqC 6lorC 6lowC 6loyC 6lozC 6lp0C 1f8qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z1y-4 1ahc-d 4dwm-d 3ej5-d 2jdl-1 5ilx-d 3s9q-d 3hiq-1 6z1y-2 1giu-d 4lt4-d 5gu4-1 3v2k-d 2wk0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (9) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribosome-inactivating protein momordin I

ヘテロ分子

31.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.530, 130.530, 39.737
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Ribosome-inactivating protein momordin I / Alpha-momorcharin / Alpha-MMC / rRNA N-glycosidase 分子量: 31562.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Momordica charantia (ゴーヤ) / 参照: UniProt: P16094, rRNA N-glycosylase
#2: 化合物	ChemComp-4UO / 2,3-dihydroxanthosine / Xanthosine / キサントシン分子量: 284.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.41 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.349→50 Å / Num. obs: 52296 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 1.35→1.4 Å / R_merge(I) obs: 0.745 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 5551 / CC_1/2: 0.658

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1F8Q

1f8q

解像度: 1.35→18.847 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 3.384 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.075 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2585	2608	4.987 %
R_work	0.2308	-	-
all	0.232	-	-
obs	-	52296	93.971 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.356 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.817 Å²	-0.409 Å²	0 Å²
2-	-	-0.817 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.651 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→18.847 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1916	0	20	206	2142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1988
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1869
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.703	1.661	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.421	1.576	4322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.924	5	247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.648	21.359	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.099	15	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.44	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2221
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	426
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	435
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	989
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	881
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.333	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.241	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.233	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.099	1.956	985
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.097	1.954	984
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.68	2.931	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.68	2.933	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.624	2.208	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.624	2.21	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.489	3.242	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.488	3.244	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.278	24.951	2332
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.953	24.271	2287

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.384	0.361	213	0.34	3830	X-RAY DIFFRACTION	97.8461
1.384-1.422	0.339	233	0.314	3787	X-RAY DIFFRACTION	99.9006
1.422-1.463	0.255	179		3692	X-RAY DIFFRACTION	99.871
1.463-1.508	0.27	179	0.265	3597	X-RAY DIFFRACTION	99.5518
1.508-1.557	0.269	172	0.242	3457	X-RAY DIFFRACTION	98.8828
1.557-1.612	0.263	160	0.236	3344	X-RAY DIFFRACTION	98.8992
1.612-1.673	0.274	170	0.241	3230	X-RAY DIFFRACTION	98.7511
1.673-1.741	0.276	170	0.233	3093	X-RAY DIFFRACTION	98.6993
1.741-1.818	0.255	166	0.222	2960	X-RAY DIFFRACTION	98.8615
1.818-1.907	0.248	156	0.225	2743	X-RAY DIFFRACTION	96.0888
1.907-2.01	0.255	129	0.234	2562	X-RAY DIFFRACTION	93.4375
2.01-2.132	0.279	118	0.224	2496	X-RAY DIFFRACTION	96.4576
2.132-2.279	0.235	107	0.201	2155	X-RAY DIFFRACTION	88.9851
2.279-2.461	0.247	124	0.208	2175	X-RAY DIFFRACTION	96.475
2.461-2.696	0.251	89	0.208	2002	X-RAY DIFFRACTION	95.8295
2.696-3.013	0.218	90	0.21	1738	X-RAY DIFFRACTION	93.028
3.013-3.478	0.277	71	0.234	1347	X-RAY DIFFRACTION	80.3855
3.478-4.257	0.237	36		731	X-RAY DIFFRACTION	51.8243
4.257-6.008	0.346	31	0.273	530	X-RAY DIFFRACTION	49.7782
6.008-10	0.182	15		219	X-RAY DIFFRACTION	36.7347

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -20.4273 Å / Origin y: -12.5027 Å / Origin z: -13.3037 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0405 Å²	-0.0259 Å²	-0.0058 Å²	-	0.0592 Å²	0.0192 Å²	-	-	0.0122 Å²
L	1.8822 °²	-0.3399 °²	-0.5049 °²	-	0.7538 °²	-0.0317 °²	-	-	0.1574 °²
S	0.045 Å °	0.0064 Å °	-0.0812 Å °	0.0662 Å °	-0.0587 Å °	0.0343 Å °	-0.0246 Å °	0.0071 Å °	0.0137 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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