PDB-6lor: crystal structure of alpha-momorcharin in complex with ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lor

タイトル

crystal structure of alpha-momorcharin in complex with ADP

要素

Ribosome-inactivating protein momordin I

キーワード

PLANT PROTEIN / alpha-momorcharin / Alpha-MMC / ribosome-inactivating protein / rRNA N-glycosidase / ADP

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Momordica charantia (ゴーヤ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Fan, X. / Jin, T.

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Atomic-resolution structures of type I ribosome inactivating protein alpha-momorcharin with different substrate analogs.
著者: Fan, X. / Wang, Y. / Guo, F. / Zhang, Y. / Jin, T.

履歴

登録	2020年1月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lor.cif.gz	112.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lor.ent.gz	81.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lor.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lor_validation.pdf.gz	872.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lor_full_validation.pdf.gz	878.1 KB	表示
XML形式データ	6lor_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	6lor_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/6lor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/6lor	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6loqC 6lovC 6lowC 6loyC 6lozC 6lp0C 1f8qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xy7-d 3qji-d 3hiv-2 6j8q-2 4m5a-d 3sj6-d 3nx9-d 3v2k-d 3n3x-d 4lwx-d 4emf-d 1bry-2 4lro-d 4dwm-d 3bfg-1 4jtb-d 4fz9-d 3my6-d 4kwn-d 4o8e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (9) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribosome-inactivating protein momordin I

ヘテロ分子

32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.361, 130.361, 39.333
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質

Ribosome-inactivating protein momordin I / Alpha-momorcharin / Alpha-MMC / rRNA N-glycosidase

分子量: 31562.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ADP / 由来: (天然)

Momordica charantia (ゴーヤ) / 参照: UniProt: P16094, rRNA N-glycosylase

#2: 化合物

ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP

分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Magnesium Acetate, 20% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate,pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.349→50 Å / Num. obs: 52449 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 1.35→1.4 Å / R_merge(I) obs: 0.587 / Num. unique obs: 5445 / CC_1/2: 0.723

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1F8Q

1f8q

解像度: 1.35→24.509 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 3.081 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2511	2591	4.94 %
R_work	0.2179	-	-
all	0.219	-	-
obs	-	52449	95.664 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.379 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.566 Å²	-0.283 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.566 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.838 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→24.509 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1924	0	41	238	2203

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2020
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1890
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.647	1.677	2755
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.436	1.584	4372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.944	5	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.94	21.442	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.948	15	335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.197	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2243
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	428
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	406
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	913
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.041	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.236	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.24	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.061	1.865	989
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.056	1.863	988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.614	2.794	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.614	2.796	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.603	2.124	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.602	2.127	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.543	3.113	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.543	3.116	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.815	23.865	2342
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.815	23.87	2343

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.384	0.332	203	0.332	3816	X-RAY DIFFRACTION	99.7766
1.384-1.422	0.284	220		3716	X-RAY DIFFRACTION	99.9746
1.422-1.463	0.309	163	0.283	3713	X-RAY DIFFRACTION	100
1.463-1.509	0.308	187	0.275	3529	X-RAY DIFFRACTION	99.9193
1.509-1.558	0.247	177	0.242	3454	X-RAY DIFFRACTION	99.9174
1.558-1.613	0.248	163	0.231	3302	X-RAY DIFFRACTION	99.8847
1.613-1.673	0.273	168	0.225	3226	X-RAY DIFFRACTION	99.8529
1.673-1.742	0.282	175	0.223	3062	X-RAY DIFFRACTION	99.692
1.742-1.819	0.261	170	0.219	2953	X-RAY DIFFRACTION	99.522
1.819-1.908	0.261	144	0.211	2798	X-RAY DIFFRACTION	98.924
1.908-2.011	0.249	132	0.207	2619	X-RAY DIFFRACTION	97.7959
2.011-2.133	0.214	118	0.209	2501	X-RAY DIFFRACTION	97.6874
2.133-2.28	0.23	122	0.196	2298	X-RAY DIFFRACTION	96.0699
2.28-2.462	0.208	117	0.196	2138	X-RAY DIFFRACTION	95.8758
2.462-2.697	0.225	83	0.189	1979	X-RAY DIFFRACTION	95.6401
2.697-3.015	0.259	85	0.207	1681	X-RAY DIFFRACTION	90.7036
3.015-3.48	0.243	76	0.215	1374	X-RAY DIFFRACTION	84.1067
3.48-4.259	0.262	43	0.21	890	X-RAY DIFFRACTION	64.1678
4.259-6.01	0.293	30	0.25	575	X-RAY DIFFRACTION	54.0661
6.01-10	0.344	15		234	X-RAY DIFFRACTION	39.9679

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -0.7554 Å / Origin y: -23.9883 Å / Origin z: 0.0407 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0215 Å²	-0.0094 Å²	-0.0142 Å²	-	0.0243 Å²	0.0001 Å²	-	-	0.0546 Å²
L	1.4131 °²	-0.4716 °²	-0.2095 °²	-	1.1112 °²	0.5694 °²	-	-	0.2953 °²
S	-0.1278 Å °	0.0277 Å °	-0.0298 Å °	0.0006 Å °	0.1349 Å °	0.0212 Å °	0.0008 Å °	0.0744 Å °	-0.007 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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新型コロナ情報

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