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- PDB-6lol: The crystal structure of full length IpaH9.8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lol
タイトルThe crystal structure of full length IpaH9.8
要素E3 ubiquitin-protein ligase ipaH9.8
キーワードTRANSFERASE / E3 / IpaH9.8
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation of process of another organism / protein K27-linked ubiquitination / host cell cytosol / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / host cell nucleus / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Novel E3 ligase domain / C-terminal novel E3 ligase, LRR-interacting / LRR-containing bacterial E3 ligase, N-terminal / Type III secretion system leucine rich repeat protein / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase ipaH9.8
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri 2002017 (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Ye, Y. / Huang, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21907006 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Substrate-binding destabilizes the hydrophobic cluster to relieve the autoinhibition of bacterial ubiquitin ligase IpaH9.8.
著者: Ye, Y. / Xiong, Y. / Huang, H.
履歴
登録2020年1月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase ipaH9.8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9231
ポリマ－59,9231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area25070 Å2
2
A: E3 ubiquitin-protein ligase ipaH9.8

A: E3 ubiquitin-protein ligase ipaH9.8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,8452
ポリマ－119,8452
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area47960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.640, 122.250, 149.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase ipaH9.8 / Invasion plasmid antigen ipaH9.8 / RING-type E3 ubiquitin transferase ipaH9.8


分子量: 59922.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri 2002017 (フレクスナー赤痢菌)
株: 2002017 / 遺伝子: ipaH9.8, SFxv_5076 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2AJU0, RING-type E3 ubiquitin transferase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 3.0M NaCl, 0.1M Na Citrate, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→86.91 Å / Num. obs: 25746 / % possible obs: 99.46 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 81.01 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rrim(I) all: 0.0873 / Net I/σ(I): 15.74
反射 シェル解像度: 2.75→2.848 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / Num. unique obs: 2524 / CC1/2: 0.862 / CC star: 0.962 / % possible all: 99.41

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B0T

5b0t


解像度: 2.75→86.91 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2849 1318 5.13 %
Rwork0.2461 24385 -
obs0.248 25703 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 211.09 Å2 / Biso mean: 102.7644 Å2 / Biso min: 40.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→86.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3460 0 0 0 3460
残基数----466
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.75-2.860.37421370.4044251399
2.86-2.990.33941580.31962664100
2.99-3.150.38491430.29512701100
3.15-3.340.28881490.26992683100
3.35-3.60.26241500.2519266999
3.6-3.970.24961230.21572726100
3.97-4.540.23241560.2112705100
4.54-5.720.25641470.23122747100
5.72-86.910.321550.25283699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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