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- PDB-3cvr: Crystal structure of the full length IpaH3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cvr
タイトルCrystal structure of the full length IpaH3
要素Invasion plasmid antigen
キーワードLIGASE / Leucine rich repeat and alpha fold
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation of process of another organism / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / host cell cytoplasm / protein ubiquitination / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Novel E3 ligase (NEL) domain profile. / Novel E3 ligase domain / C-terminal novel E3 ligase, LRR-interacting / LRR-containing bacterial E3 ligase, N-terminal / Type III secretion system leucine rich repeat protein / : / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeats, bacterial type / Alpha-Beta Horseshoe ...Novel E3 ligase (NEL) domain profile. / Novel E3 ligase domain / C-terminal novel E3 ligase, LRR-interacting / LRR-containing bacterial E3 ligase, N-terminal / Type III secretion system leucine rich repeat protein / : / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeats, bacterial type / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase ipaH3
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri 2a (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhu, Y. / Shao, F.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure of a Shigella effector reveals a new class of ubiquitin ligases
著者: Zhu, Y. / Li, H. / Hu, L. / Wang, J. / Zhou, Y. / Pang, Z. / Liu, L. / Shao, F.
履歴
登録2008年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Invasion plasmid antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5081
ポリマ－65,5081
非ポリマー00
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Invasion plasmid antigen

A: Invasion plasmid antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,0172
ポリマ－131,0172
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area44060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.190, 154.190, 85.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Invasion plasmid antigen / ubiquitin E3 ligase


分子量: 65508.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a (フレクスナー赤痢菌)
株: 301 / 遺伝子: ipaH_3 / プラスミド: pGEX-6p-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)
参照: UniProt: Q83RJ4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THERE ARE CONFLICTS BETWEEN THE CLONED SEQUENCE IN THIS ENTRY AND THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE. ...THERE ARE CONFLICTS BETWEEN THE CLONED SEQUENCE IN THIS ENTRY AND THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE. THE DEPOSITOR SUGGESTS THE SEQUENCE CONFLICTS ARE NOT THE MUTATIONS BUT MAYBE THE REAL RESIDUES IN THE STAIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2M NaCl, 0.1M Bis-Tris pH5.5, 2.5% Polyacrylic acid 5100 sodium salt, 0.1 M Sodium Nitrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1951
2951
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンBSRF 3W1A10.98
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A21
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2008年2月28日
ADSC QUANTUM 2702CCD2008年3月3日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
211
反射解像度: 2.8→51.37 Å / Num. obs: 26107 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 99.6

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAdata processing
SOLVE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→48.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 25.245 / SU ML: 0.243 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.446 / ESU R Free: 0.308 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27654 1318 5.1 %RANDOM
Rwork0.25057 ---
obs0.2519 24588 99.54 %-
all-26028 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.787 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.44 Å20 Å20 Å2
2---1.44 Å20 Å2
3---2.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3702 0 0 39 3741
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223774
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.161.9575146
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1985471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.39324.607178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.60115600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1781526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022873
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.21643
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22581
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.297
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1540.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1760.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3881.52448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.63123827
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.95231495
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5794.51319
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 87 -
Rwork0.306 1788 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6713-1.6863-1.86642.45362.00842.75840.07450.1205-0.1307-0.0294-0.00030.0655-0.031-0.0723-0.0742-0.07890.0208-0.0297-0.0381-0.10820.0189-52.9209-8.73375.6515
21.6838-1.0345-0.59390.8839-0.37152.39310.15360.12780.0548-0.3463-0.3364-0.2565-0.1773-0.01090.18280.13870.01650.2526-0.1475-0.06370.0868-14.5568-20.0934-21.0466
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 268
2X-RAY DIFFRACTION2A279 - 561
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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