PDB-6lng: Rapid crystallization of streptavidin using charged peptides

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lng

タイトル

Rapid crystallization of streptavidin using charged peptides

要素

Streptavidin

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / BIOTIN-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.80000150972 Å

データ登録者

Minamihata, K. / Tsukamoto, K. / Adachi, M. / Shimizu, R. / Mishina, M. / Kuroki, R. / Nagamune, T.

引用

ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2020
タイトル: Genetically fused charged peptides induce rapid crystallization of proteins.
著者: Minamihata, K. / Tsukamoto, K. / Adachi, M. / Shimizu, R. / Mishina, M. / Kuroki, R. / Nagamune, T.

履歴

登録	2019年12月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lng.cif.gz	198.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lng.ent.gz	128.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lng.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lng_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lng_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	6lng_validation.xml.gz	36.8 KB	表示
CIF形式データ	6lng_validation.cif.gz	52.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/6lng ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/6lng	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ry1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5n99-2 4y5d-d 5n99-3 4cpi-2 4cph-d 4y59-d 4bx5-d 4cpf-1 1n9y-d 6ud6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

B: Streptavidin

C: Streptavidin

D: Streptavidin

E: Streptavidin

F: Streptavidin

ヘテロ分子

79 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Streptavidin

B: Streptavidin

C: Streptavidin

D: Streptavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Streptavidin

F: Streptavidin

ヘテロ分子

E: Streptavidin

F: Streptavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.2929992676, 80.8290023804, 132.647994995
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 99.8460006714, 90.0
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-390- HOH
2	1	E-319- HOH

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 13081.144 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Mixture of Two kinds of proteins, which have RRRRRRY or DDDDDDY attached at C-terminal respectively, was used in this study. 由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 712 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 30% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 5000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→37.1 Å / Num. obs: 78148 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.67 % / B_iso Wilson estimate: 16.1760765111 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 13.91
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / R_merge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 5742

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3RY1

3ry1

解像度: 1.80000150972→37.0878676876 Å / SU ML: 0.181418679282 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3434970804 / 位相誤差: 22.4923699741

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.218630423995	3904	4.99967983608 %
R_work	0.181202411082	74181	-
obs	0.183059438376	78085	99.6210864739 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.5692769581 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.80000150972→37.0878676876 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5430	0	36	712	6178

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00711940769588	5598
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.12428121395	7656
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0475062416558	852
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00440049026037	960
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.7395209215	1890

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.80000150972-1.822	0.297895841683	136	0.249416829336	2572	X-RAY DIFFRACTION	98.5085485631
1.822-1.845	0.254433398483	140	0.228028327767	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.6118560339
1.845-1.8693	0.278154552142	138	0.208393211127	2592	X-RAY DIFFRACTION	99.5260663507
1.8693-1.8949	0.2530124204	139	0.199533778621	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.6079828938
1.8949-1.922	0.224176855326	139	0.192630676763	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.5703544576
1.922-1.9507	0.254251218088	137	0.189233785495	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.7091966558
1.9507-1.9811	0.217448587394	141	0.182564721347	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.7169143666
1.9811-2.0136	0.246743213181	138	0.177536955534	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.7115037865
2.0136-2.0483	0.18622232664	139	0.173134262987	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.6776504298
2.0483-2.0856	0.216281544734	139	0.175183242	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.7833152763
2.0856-2.1257	0.21842576952	141	0.168832718482	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.6835443038
2.1257-2.1691	0.194118509857	137	0.164529824338	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.9634502924
2.1691-2.2162	0.229329116679	142	0.168271722046	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.9292035398
2.2162-2.2678	0.241465319746	137	0.174641911217	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.6015936255
2.2678-2.3245	0.23595620048	141	0.183354977341	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.8936547324
2.3245-2.3873	0.247936012892	142	0.189590876781	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.9294781382
2.3873-2.4575	0.276448124156	138	0.18893459119	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.8192335503
2.4575-2.5369	0.216339557438	137	0.177132186061	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.8911860718
2.5369-2.6275	0.21456786321	140	0.18276828539	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.8572448251
2.6275-2.7327	0.220689432346	142	0.181578992175	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.8591549296
2.7327-2.857	0.207735931469	138	0.173829452593	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.9275624774
2.857-3.0076	0.204984766211	141	0.180930545354	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.7523000708
3.0076-3.1959	0.202207841569	140	0.175365487004	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.786628734
3.1959-3.4425	0.211410577978	138	0.172837250603	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.7482919813
3.4425-3.7886	0.198604440093	141	0.174000271737	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.5406360424
3.7886-4.3361	0.197170399797	140	0.167257537431	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.4675186368
4.3361-5.4603	0.191710473013	141	0.166605150949	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.5399858457
5.4603-37.0878676876	0.23621471919	142	0.220304535258	2700	X-RAY DIFFRACTION	97.8313253012

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