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万見
- PDB-6ln2: Crystal structure of full length human GLP1 receptor in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ln2
タイトルCrystal structure of full length human GLP1 receptor in complex with Fab fragment (Fab7F38)
要素
  • Fab7F38_heavy chain
  • Fab7F38_light chain
  • Glucagon-like peptide 1 receptor,Rubredoxin,Glucagon-like peptide 1 receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Full length Human GLP1 receptor / Class B / Fab7F38 / TMD / NAM PF06372222 / LCP
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane catabolic process / glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / hormone secretion / positive regulation of blood pressure / post-translational protein targeting to membrane, translocation / response to psychosocial stress / regulation of heart contraction / peptide hormone binding / activation of adenylate cyclase activity ...alkane catabolic process / glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / hormone secretion / positive regulation of blood pressure / post-translational protein targeting to membrane, translocation / response to psychosocial stress / regulation of heart contraction / peptide hormone binding / activation of adenylate cyclase activity / negative regulation of blood pressure / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon-type ligand receptors / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (s) signalling events / learning or memory / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / iron ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / : / Rubredoxin domain / Rubredoxin ...GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / : / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Few Secondary Structures / Irregular / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-97Y / Rubredoxin / Glucagon-like peptide 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Clostridium pasteurianum (バクテリア)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wu, F. / Yang, L. / Hang, K. / Laursen, M. / Wu, L. / Han, G.W. / Ren, Q. / Roed, N.K. / Lin, G. / Hanson, M. ...Wu, F. / Yang, L. / Hang, K. / Laursen, M. / Wu, L. / Han, G.W. / Ren, Q. / Roed, N.K. / Lin, G. / Hanson, M. / Jiang, H. / Wang, M. / Reedtz-Runge, S. / Song, G. / Stevens, R.C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Full-length human GLP-1 receptor structure without orthosteric ligands.
著者: Wu, F. / Yang, L. / Hang, K. / Laursen, M. / Wu, L. / Han, G.W. / Ren, Q. / Roed, N.K. / Lin, G. / Hanson, M.A. / Jiang, H. / Wang, M.W. / Reedtz-Runge, S. / Song, G. / Stevens, R.C.
履歴
登録2019年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucagon-like peptide 1 receptor,Rubredoxin,Glucagon-like peptide 1 receptor
B: Fab7F38_light chain
C: Fab7F38_heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,2066
ポリマ－102,4043
非ポリマー8023
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area41000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.040, 64.660, 322.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 BC

#2: 抗体 Fab7F38_light chain


分子量: 23307.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Fab7F38_heavy chain


分子量: 24476.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Glucagon-like peptide 1 receptor,Rubredoxin,Glucagon-like peptide 1 receptor / GLP-1R / Rd / GLP-1R


分子量: 54619.996 Da / 分子数: 1
変異: S193C,I196F,S225A,M233C,S271A,I317C,G318I,K346A,C347F,G361C,E387D
由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of GLP1 receptor (UNP residues 24-260), Rubredoxin (UNP residues 1-54) and GLP1 receptor (UNP residues 262-439)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア)
遺伝子: GLP1R
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43220, UniProt: P00268
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-97Y / N-{4-[(R)-(3,3-dimethylcyclobutyl)({6-[4-(trifluoromethyl)-1H-imidazol-1-yl]pyridin-3-yl}amino)methyl]benzene-1-carbonyl}-beta-alanine


分子量: 515.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28F3N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 200-300 mM Ammonium formate, 36% PEG 400, 5%-10% (w/v) Guanidine hydrochloride
PH範囲: pH 6.2-6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→45.7 Å / Num. obs: 22019 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.626 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3109 / CC1/2: 0.526 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NX2

5nx2


解像度: 3.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.453
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1098 4.99 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.215 21990 97 %-
原子変位パラメータBiso max: 261 Å2 / Biso mean: 136.81 Å2 / Biso min: 58.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--27.2666 Å20 Å20 Å2
2--21.8594 Å20 Å2
3---5.4073 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6472 0 52 0 6524
Biso mean--160.86 --
残基数----876
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2848SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes109HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1011HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6720HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion911SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8084SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6720HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9229HARMONIC20.94
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.54
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.9
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 135 4.74 %
Rwork0.244 2711 -
all0.245 2846 -
obs--95.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.33690.42690.98760.6010.06615.72180.1417-0.12190.15230.0815-0.19150.01860.1344-0.38460.04990.60790.03210.1003-0.4806-0.0846-0.429320.530230.334773.4657
20.7241-0.5759-0.20613.5183-0.70680.98440.01040.07310.2354-0.09880.0733-0.06890.17880.1585-0.0837-0.26780.0043-0.04080.0244-0.00270.338615.508159.76490.3
31.0976-0.7520.05284.2593-0.9722.1476-0.2367-0.30230.09030.68340.21960.32060.1887-0.47010.0171-0.30470.0180.0517-0.1408-0.05630.1137.266461.800516.3734
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A29 - 474
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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