PDB-6llg: Crystal Structure of Fagopyrum esculentum M UGT708C1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6llg

タイトル

Crystal Structure of Fagopyrum esculentum M UGT708C1

要素

UDP-glycosyltransferase 708C1

キーワード

TRANSFERASE / C-glycosides / C-glucosyltransferases / crystal structures / catalytic mechanism

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxyflavanone C-glucosyltransferase / 2-hydroxyflavanone C-glucosyltransferase activity / UDP-glucosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Fagopyrum esculentum (ソバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wang, X. / Liu, M.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 2020
タイトル: Crystal Structures of theC-Glycosyltransferase UGT708C1 from Buckwheat Provide Insights into the Mechanism ofC-Glycosylation.
著者: Liu, M. / Wang, D. / Li, Y. / Li, X. / Zong, G. / Fei, S. / Yang, X. / Lin, J. / Wang, X. / Shen, Y.

履歴

登録	2019年12月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月16日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author Item: _audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name ..._audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6llg.cif.gz	354.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6llg.ent.gz	288 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6llg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/6llg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/6llg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6llwC 6llzC 2acvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6llz-2 6llw-1 5v2k-1 2ac7-d 5u6m-2 6su7-2 5v2j-1 5v2j-2 3d24-d 2buw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-glycosyltransferase 708C1

B: UDP-glycosyltransferase 708C1

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-glycosyltransferase 708C1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
50.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: UDP-glycosyltransferase 708C1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.745, 144.247, 69.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-763- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 18 through 166 or (resid 167...
2	1	(chain B and (resid 18 through 250 or (resid 251...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	ALA	ALA	(chain A and (resid 18 through 166 or (resid 167...	A	A	18 - 166	18 - 166
1	2	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain A and (resid 18 through 166 or (resid 167...	A	A	167	167
1	3	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain A and (resid 18 through 166 or (resid 167...	A	A	18 - 457	18 - 457
1	4	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain A and (resid 18 through 166 or (resid 167...	A	A	18 - 457	18 - 457
1	5	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain A and (resid 18 through 166 or (resid 167...	A	A	18 - 457	18 - 457
1	6	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain A and (resid 18 through 166 or (resid 167...	A	A	18 - 457	18 - 457
2	1	ASP	ASP	ASN	ASN	(chain B and (resid 18 through 250 or (resid 251...	B	B	18 - 250	18 - 250
2	2	GLU	GLU	GLU	GLU	(chain B and (resid 18 through 250 or (resid 251...	B	B	251	251
2	3	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain B and (resid 18 through 250 or (resid 251...	B	B	18 - 457	18 - 457
2	4	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain B and (resid 18 through 250 or (resid 251...	B	B	18 - 457	18 - 457
2	5	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain B and (resid 18 through 250 or (resid 251...	B	B	18 - 457	18 - 457
2	6	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain B and (resid 18 through 250 or (resid 251...	B	B	18 - 457	18 - 457

#1: タンパク質	UDP-glycosyltransferase 708C1 / C-glucosyltransferase a / FeCGTa / UDP-glucose:2-hydroxyflavanone C-glucosyltransferase 分子量: 50429.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fagopyrum esculentum (ソバ) / 遺伝子: UGT708C1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0A1HA03, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE 分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.15 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 7.0, 26.5% (w/v) polyethylene glycol 5000, 20% (w/v) benzamidine hydrochloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.099→50 Å / Num. obs: 58782 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.124 / Χ²: 0.844 / Net I/σ(I): 5.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	6.6	0.623	2896	0.886	0.26	0.676	0.492	99.8
2.14-2.18	6.5	0.555	2879	0.902	0.233	0.603	0.51	99.6
2.18-2.22	6.5	0.505	2920	0.92	0.213	0.549	0.535	99.6
2.22-2.26	6.2	0.67	2886	0.853	0.29	0.731	1.292	99.3
2.26-2.31	5.8	0.411	2910	0.934	0.184	0.452	0.65	99.6
2.31-2.37	6.5	0.359	2909	0.949	0.151	0.39	0.671	99.9
2.37-2.42	6.7	0.321	2922	0.954	0.133	0.348	0.706	99.8
2.42-2.49	6.7	0.265	2915	0.967	0.109	0.287	0.647	99.8
2.49-2.56	6.6	0.254	2892	0.968	0.106	0.275	0.735	99.7
2.56-2.65	6.5	0.211	2927	0.979	0.089	0.23	0.74	99.5
2.65-2.74	6.4	0.19	2919	0.976	0.081	0.207	0.825	99.4
2.74-2.85	5.9	0.166	2927	0.983	0.073	0.182	0.796	99.5
2.85-2.98	6.7	0.149	2939	0.985	0.061	0.161	0.845	100
2.98-3.14	6.7	0.133	2969	0.988	0.055	0.144	0.93	99.7
3.14-3.33	6.6	0.113	2941	0.99	0.047	0.122	0.996	99.6
3.33-3.59	6.3	0.103	2925	0.99	0.045	0.113	1.127	99.1
3.59-3.95	6.2	0.09	2954	0.992	0.039	0.098	1.035	98.8
3.95-4.52	6.5	0.084	2988	0.993	0.036	0.091	1.064	99.6
4.52-5.7	6	0.08	3010	0.992	0.036	0.088	1.136	98.7
5.7-50	6.1	0.075	3154	0.995	0.033	0.083	1.172	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ACV

2acv

解像度: 2.1→33.963 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.78

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2112	1998	3.4 %
R_work	0.1738	-	-
obs	0.1751	58684	99.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 139.62 Å² / B_iso mean: 47.4101 Å² / B_iso min: 20 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→33.963 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6745	0	34	327	7106
B_iso mean	-	-	79.66	47.78	-
残基数	-	-	-	-	870

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6961
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.117	9479
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1061
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1215
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.43	4141

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3976	X-RAY DIFFRACTION	10.405	TORSIONAL
1	2	B	3976	X-RAY DIFFRACTION	10.405	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1-2.1512	0.2826	137	0.2248	3897	97
2.1512-2.2093	0.2238	141	0.2073	4004	100
2.2093-2.2743	0.3008	141	0.2112	4002	99
2.2743-2.3477	0.2611	141	0.1997	4007	100
2.3477-2.4316	0.2468	143	0.19	4027	100
2.4316-2.5289	0.2648	142	0.1917	4034	100
2.5289-2.644	0.2528	141	0.1842	4035	100
2.644-2.7833	0.1961	143	0.183	4016	99
2.7833-2.9576	0.2434	143	0.187	4073	100
2.9576-3.1858	0.2339	144	0.1894	4089	100
3.1858-3.5061	0.1932	143	0.1808	4052	99
3.5061-4.0128	0.2085	143	0.1603	4070	99
4.0128-5.053	0.1696	147	0.1426	4127	99
5.053-33.963	0.1874	149	0.1649	4253	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2207	0.0909	0.5566	1.5225	-0.2134	3.3751	0.0821	-0.0164	-0.0568	0.0433	0.0325	-0.0513	-0.0424	-0.0225	-0.0947	0.2968	0.0186	0.0156	0.2428	0.0009	0.2865	-13.2575	36.4878	-22.4233
2	0.6069	0.0923	-0.2409	6.2467	0.2491	1.2862	-0.0004	-0.0658	-0.102	0.1357	0.0761	-0.3482	0.0648	0.1451	-0.0562	0.2699	0.0193	-0.0047	0.315	0.0019	0.2612	-11.5953	16.9291	-37.4862
3	2.2244	-0.4025	0.784	2.0837	0.7557	3.333	0.0109	-0.0265	-0.179	-0.0089	-0.0435	0.2609	0.106	-0.2663	0.0173	0.2646	-0.0339	-0.03	0.2342	0.0213	0.2435	17.3282	22.1796	-12.8859
4	2.2496	-0.139	1.271	2.8862	-0.1616	3.6036	0.0957	0.3466	-0.1744	-0.1155	-0.0079	-0.5403	0.1781	0.5858	-0.1145	0.2641	0.003	0.0082	0.3774	-0.0161	0.3842	37.4993	18.2336	-8.198
5	2.1353	1.8615	-0.5988	6.4464	0.5985	1.103	-0.086	0.2234	-0.1149	-0.3545	-0.016	0.3385	0.0273	-0.257	0.1151	0.4498	-0.0236	-0.0641	0.377	0.0004	0.2882	14.6873	-2.6089	3.717
6	1.2562	1.0808	0.0329	7.2657	0.4406	0.7959	0.0725	-0.1183	-0.2041	0.1194	-0.1152	-0.1595	0.1436	0.0565	0.0106	0.3378	-0.0128	-0.0531	0.3186	0.0177	0.2507	28.4677	8.6023	7.0382

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 18 through 245 )	A	18 - 245
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 246 through 457 )	A	246 - 457
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 18 through 139 )	B	18 - 139
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 140 through 245 )	B	140 - 245
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 246 through 360 )	B	246 - 360
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 361 through 457 )	B	361 - 457

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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