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- PDB-6lhd: Crystal structure of p53/BCL-xL fusion complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lhd
タイトルCrystal structure of p53/BCL-xL fusion complex
要素fusion protein of Bcl-2-like protein 1 and Isoform 6 of Cellular tumor antigen p53
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / complex / interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis ...apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / 受精 / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / negative regulation of helicase activity / regulation of cell cycle G2/M phase transition / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / regulation of fibroblast apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of mitophagy / negative regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of programmed necrotic cell death / regulation of growth / 転写 (生物学) / bone marrow development / circadian behavior / histone deacetylase regulator activity / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / germ cell nucleus / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Bcl-2 family protein complex / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / negative regulation of glial cell proliferation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / negative regulation of neuroblast proliferation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / response to cycloheximide / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / positive regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of DNA replication / ER overload response / B cell lineage commitment / cellular response to alkaloid / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / thymocyte apoptotic process / hepatocyte apoptotic process / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / T cell proliferation involved in immune response / cardiac septum morphogenesis / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / entrainment of circadian clock by photoperiod / BH3 domain binding / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / germ cell development / Zygotic genome activation (ZGA) / necroptotic process / apoptotic mitochondrial changes / rRNA transcription / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / マイトファジー / SUMOylation of transcription factors / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / general transcription initiation factor binding / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of anoikis / Transcriptional Regulation by VENTX / response to X-ray / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / ヘイフリック限界 / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / chromosome organization / neuroblast proliferation
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2ファミリー / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Bcl-2ファミリー / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
P53遺伝子 / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.499 Å
データ登録者Wei, H. / Chen, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81372904, 81570537, 81974074 and 31900880 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2021
タイトル: Structural insight into the molecular mechanism of p53-mediated mitochondrial apoptosis.
著者: Wei, H. / Qu, L. / Dai, S. / Li, Y. / Wang, H. / Feng, Y. / Chen, X. / Jiang, L. / Guo, M. / Li, J. / Chen, Z. / Chen, L. / Zhang, Y. / Chen, Y.
履歴
登録2019年12月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: fusion protein of Bcl-2-like protein 1 and Isoform 6 of Cellular tumor antigen p53
B: fusion protein of Bcl-2-like protein 1 and Isoform 6 of Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8504
ポリマ-83,7192
非ポリマー1312
1,892105
1
A: fusion protein of Bcl-2-like protein 1 and Isoform 6 of Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9252
ポリマ-41,8601
非ポリマー651
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: fusion protein of Bcl-2-like protein 1 and Isoform 6 of Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9252
ポリマ-41,8601
非ポリマー651
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.221, 68.850, 75.028
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.270, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 fusion protein of Bcl-2-like protein 1 and Isoform 6 of Cellular tumor antigen p53 / / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53


分子量: 41859.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCLX, P53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817, UniProt: P04637
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.15 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M sodium malonate pH 7.0, 20%(w/v) polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.499→50 Å / Num. obs: 23478 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.899 / Rmerge(I) obs: 0.1158 / Rrim(I) all: 0.1386 / Net I/σ(I): 7.89
反射 シェル解像度: 2.499→2.599 Å / Rmerge(I) obs: 0.6334 / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / Num. unique obs: 2185 / CC1/2: 0.766 / Rrim(I) all: 0.7549

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KMD, 2YXJ
解像度: 2.499→49.217 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2601 1210 5.16 %
Rwork0.2018 22237 -
obs0.2048 23447 97.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.58 Å2 / Biso mean: 58.2423 Å2 / Biso min: 18.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.499→49.217 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5007 0 2 105 5114
Biso mean--40.61 42.2 -
残基数----644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045123
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5926954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043758
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004908
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.4443043
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4995-2.59960.33451350.2617228992
2.5996-2.71790.29731430.2545244997
2.7179-2.86110.2631280.2352252599
2.8611-3.04040.34031360.2324249699
3.0404-3.27510.28081630.2148249799
3.2751-3.60460.30681290.2088239495
3.6046-4.12590.21981370.1915247297
4.1259-5.19730.21251050.1612573100
5.1973-49.20.23491340.1911254297
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1012-3.1659-1.82845.91354.14034.72140.37650.48940.7027-0.8199-0.4709-0.1882-0.621-0.12150.0630.42960.075-0.03730.4830.04350.428748.67518.308138.115
26.3229-0.058-5.90516.0643-1.67917.1228-0.8399-0.825-0.6191.4669-0.2585-0.0568-0.12570.08350.970.60950.1988-0.1050.7251-0.0090.705850.7998.617146.624
35.383-3.6766-2.30116.95144.60545.0709-0.8032-0.94930.33781.73341.0634-0.76040.1930.80210.01860.96570.1722-0.25990.74470.07050.878762.9989.166151.253
48.8509-5.0835-3.10065.87382.48733.588-0.3365-0.54170.4260.60230.3226-0.45570.38790.39450.00160.54560.057-0.1480.4034-0.02460.308457.64412.983142.875
58.5376-5.6150.23593.7194-0.24362.1763-0.4935-1.96190.55451.63320.5847-0.1573-0.30940.3937-0.31080.73790.0510.05221.0405-0.10890.649314.42417.87172.013
66.8992-0.2876-6.7110.75350.10977.8297-0.4878-2.14770.31180.50390.7320.1576-0.2682-0.2002-0.16250.58130.238-0.01711.49890.09490.63614.34513.578175.122
76.67661.3876-2.1182.0123-0.71682.26760.0451-0.7052-0.5113-0.22540.63880.60520.6327-0.1457-0.64090.90360.2068-0.25840.9171-0.00610.88593.3749.515161.932
86.27942.8855-5.59563.2659-1.89047.1478-0.4407-0.9101-0.6990.2589-0.1197-1.04690.04540.63290.48260.50230.1443-0.06940.75740.07880.6319.10510.991167.56
96.3691.9099-4.17747.3004-1.2937.5749-0.0919-0.03560.64850.2756-0.0020.5027-0.4631-0.9443-0.01870.50130.1126-0.07780.6574-0.03760.64869.49218.783161.258
103.06980.9759-1.99520.643-0.54241.86440.6694-0.29120.88510.68340.23320.8054-1.1289-1.3842-0.72410.84310.31580.35811.43470.04081.4674-3.30819.212178.63
111.6936-0.81741.46823.5996-0.78421.730.07750.14430.0154-0.051-0.0758-0.14270.06080.19370.01970.3994-0.0414-0.09030.2453-0.03730.326421.1624.469145.138
124.9183-1.04290.75353.4672-0.06833.09990.07860.126-0.23330.01590.00740.03130.0560.0801-0.07260.2872-0.0203-0.05720.1732-0.0070.191516.41-6.671142.769
137.5626-0.20330.14146.87094.60143.105-0.3033-0.4660.1198-0.5424-0.35181.91810.4054-1.08740.4770.6060.0126-0.19180.44360.01940.5987.52814.066136.423
142.451-0.0235-0.45864.1296-2.51271.75710.0909-0.25210.00360.725-0.04620.0747-0.4064-0.15810.13490.57670.0727-0.11170.2771-0.08910.392241.9659.996181.492
152.07140.36270.36215.33770.10081.7635-0.034-0.08520.27310.1031-0.0085-0.1403-0.08820.0490.02850.4058-0.0045-0.08530.2065-0.0280.2740.4055.751179.009
161.5277-0.7974-1.8612.47141.0577.379-0.1483-0.0795-0.11350.20240.10480.61550.6954-0.5504-0.08840.6119-0.1248-0.27980.40260.01270.65929.928-6.614171.209
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189.1465-0.2867-1.36076.46061.79574.6710.0645-0.2413-0.36510.23610.00880.17080.08640.3118-0.04240.41740.0698-0.05550.1893-0.00070.208341.932-8.752178.35
195.28791.56153.78569.29492.9536.2685-0.07090.86130.43680.35840.2891-1.4502-0.46921.1066-0.22950.39960.0709-0.12560.417-0.01880.43152.2972.055181.948
202.76-0.17860.3454.499-0.63412.13970.15660.0028-0.0368-0.09720.02380.42730.3655-0.1636-0.19760.4843-0.0061-0.07520.1922-0.0260.278137.2082.128176.816
215.8639-5.5292-4.8415.93465.05454.8759-0.41850.2888-0.4639-0.7516-0.59262.2123-0.865-1.45110.6580.5331-0.0514-0.21220.60450.13140.596832.22519.106168.591
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 3:44 )B3 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 45:81 )B45 - 81
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 82:96 )B82 - 96
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 97:155 )B97 - 155
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 3:20 )A3 - 20
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 21:58 )A21 - 58
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 59:96 )A59 - 96
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 97:116 )A97 - 116
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 117:136 )A117 - 136
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 137:149 )A137 - 149
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 162:221 )A162 - 221
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 222:341 )A222 - 341
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 342:355 )A342 - 355
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 163:189 )B163 - 189
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 190:234 )B190 - 234
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 235:246 )B235 - 246
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 247:260 )B247 - 260
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND RESID 261:279 )B261 - 279
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN B AND RESID 280:295 )B280 - 295
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN B AND RESID 296:343 )B296 - 343
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN B AND RESID 344:355 )B344 - 355

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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