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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lfw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PCB4scFv(hN56D) in complex with PCB#126 | ||||||
![]() | PCB4scFv(hN56D) | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / Co-PCB / antibody fragment | ||||||
機能・相同性 | Chem-OMF![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nakamura, T. / Yamagata, Y. / Morioka, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of PCB4scFv(hN56D) in complex with PCB#126 著者: Nakamura, T. / Morioka, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 726.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 726.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3esuS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 27237.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-OMF / |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.85 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: CHES, 30% PEG 3000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.41→32.6 Å / Num. obs: 41510 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 12.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 26.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.41→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.318 / Num. unique obs: 2792 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3ESU 解像度: 1.41→32.6 Å / SU ML: 0.1084 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 13.9735
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.41→32.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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