PDB-6lfv: Crystal structure of PCB4scFv(hN56D)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lfv

タイトル

Crystal structure of PCB4scFv(hN56D)

要素

PCB4scFv(hN56D)

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Co-PCB / antibody fragment

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Nakamura, T. / Yamagata, Y. / Morioka, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of PCB4scFv(hN56D)
著者: Nakamura, T. / Morioka, H.

履歴

登録	2019年12月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lfv.cif.gz	110.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lfv.ent.gz	80 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lfv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lfv_validation.pdf.gz	417 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lfv_full_validation.pdf.gz	416.9 KB	表示
XML形式データ	6lfv_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	6lfv_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/6lfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/6lfv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3esuS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1j05-1 3juy-1 1jv5-d 3esv-1 3wbd-1 6ffj-3 6ffj-2 4f9l-2 1bfv-d 5npj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PCB4scFv(hN56D)

27.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.420, 92.420, 53.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4
Space group name Hall	I4
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: 抗体	PCB4scFv(hN56D) 分子量: 27237.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES, PEG 8000, ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→32.78 Å / Num. obs: 41553 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 29.21 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 25.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / R_merge(I) obs: 0.527 / Num. unique obs: 1322

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ESU

3esu

解像度: 1.9→32.78 Å / SU ML: 0.2093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.22 / 位相誤差: 23.7117

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2308	1775	5.12 %
R_work	0.1885	-	-
obs	0.1907	34655	98.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1787	0	0	107	1894

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	1825
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5208	2475
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0422	278
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0038	310
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.719	658

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2858	156	-
R_work	0.2762	2496	-
obs	-	-	98.08 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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